Job Description O06446 Confidence 99.41% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 78 Aligned Residues 430 % Identity 12% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

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		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.																																																																	.
Query SS confidence															.	.																																																																	.
Query Sequence		V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	.
Query Conservation															.	.																																																																	.
Alig confidence															.	.																						.	.	.																									.	.	.														.
Template Conservation																																						.	.	.																									.	.	.
Template Sequence		L	K	D	K	V	I	E	G	L	R	N	N	F	L	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	L	E	V	.	.	.	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	.	.	.	R	E	I	T	F	S	F	L	V	G	K	P	S	S
Template Known Secondary structure												T	T									S	S	S	S										T	T	T	.	.	.		S							S	S	S	G	G	G									S		.	.	.											S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.																									.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.				.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70				.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
			167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.												.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	I	I	S	G	E	A	E
Query Conservation		.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																					.											.	.	.	.	.																		.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.											.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		C	L	E	S	E	N	S	L	Y	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	.	F	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	.	.	.	.	.	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	D	.	K	V	N	E	L	E	E	R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S	K	S	E
Template Known Secondary structure								T	T	T	T		S						T				.							T	T	S		.	.	.	.	.			S	T	T							T	G	G	G	S	G	.	G	G										T	T								S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																							.											.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.	.	.						.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.		.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.
Template Sequence		E	S	R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E	L	E	I	L	A	D	D	Y	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	.	.	.	.	F	F	S	L	L	S	I	G	S	F	I	P	F
Template Known Secondary structure		T														T	T					S	S					S	S														T									T	T					T	T	S					.	.	.	.								S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.
Template SS confidence
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.					.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	T
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Y	S	K	R	L	V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M	E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V	S	G	S	Y
Template Known Secondary structure				T	T									S	T	T	T	S	G	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								S	S										T	T				S											S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.														.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.		.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.
Query SS confidence																																												.
Query Sequence		V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	.	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E
Query Conservation																																												.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																				.																				.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template Sequence		E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M	R	S	.	.	.	.	.	.	.	D	N	M	W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S	R	I	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D	S	S	V	E
Template Known Secondary structure								S					T	T	T			.	.	.	.	.	.	.																	T	S	S	S							S	S									T	T		.	.	.	.		S							S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template SS confidence
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.								.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.					.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.			.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	A	V	T	I	A	T	N	M	A	.	.	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L	A	V	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	R	H	E	S	R	R
Query Conservation																						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.								.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.
Template Sequence		D	L	Y	S	A	I	S	A	N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G	K	L	A	E	G	I	E	L	R	.	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y	P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A	Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V
Template Known Secondary structure					T	T	S	S	S			S							S	S	S	S	S		S	S					.	S	S	S	S		S								S							S									T	T	T			S	S	S	T	T					T
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.		.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	S	L	Q	D	E	L	M	I	R	F	G	S	E	R	L	Q	K	M	M	S	R	L
Query Conservation
Alig confidence																.								.	.	.	.	.
Template Conservation																.								.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	K	Q	A	I	G	R	A	I	R	D	V	N	.	D	K	C	N	V	W	L	.	.	.	.	.	L	D	K	R	F	E	S	L	Y	W	K	K	N	L	K	C	L
Template Known Secondary structure									T	T			S	S	S	.								.	.	.	.	.		S	G	G	G	G	S							T	T		S
Template Predicted Secondary structure																.								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.						.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.