Job Description O06446 Confidence 99.77% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 52 Aligned Residues 319 % Identity 17% Template c2z0mA_ PDB info PDB header:rna binding protein Chain: A: PDB Molecule:337aa long hypothetical atp-dependent rna PDBTitle: crystal structure of hypothetical atp-dependent rna2 helicase from sulfolobus tokodaii Resolution 1.90 Å

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		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		V	R	E	G	S	K	R	V	F	N	M	T	P	Y	K	V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.																						.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.
Template Sequence		I	E	Q	A	I	R	E	M	G	F	K	N	F	T	E	V	Q	S	K	T	I	P	L	M	L	Q	G	K	N	V	V	V	R	A	K	T	G	S	G	K	T	A	A	Y	A	I	P	I	L	E	L	.	.	.	G	M	K	S	L	V	V	T	P	T	R	E	L	T	R	Q	V	A	S	H	I	R	D	I	G	R
Template Known Secondary structure									T	T			S														T	T									T	T	S	S													.	.	.	T								S	S															T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.				.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	M	D	T	K	V	A	E	V	Y	G	G	M	P	Y	K	A	Q	I	N	R	V	R	N	A	D	I	V	V	A	T	P	G	R	L	L	D	L	W	S	K	G	V	I	D	.	.	.	.	.	.	L	S	S	F	E	I	V	I	I	D	E	A	D	L	M	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S									T	T	S										T	T		S															T	T	S			.	.	.	.	.	.	G	G	G		S						S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.							.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	E	M	G	F	I	D	D	I	K	I	I	L	A	Q	T	S	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.		T	T													T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	T	G	L	F	S	A	T	I	P	E	E	I	R	K	V	V	K	D	F	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							S														S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																												161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Sequence		T	N	Y	E	E	I	E	A	C	I	G	L	A	N	V	E	H	K	F	V	H	V	K	D	D	W	R	S	K	V	Q	A	.	.	.	.	.	L	R	E	N	K	D	K	G	V	I	V	F	V	R	T	R	N	R	V	A	.	.	.	.	K	L	V	R	L	F	D	N	A	I	E	L	R	G	D	L	P	Q	S
Template Known Secondary structure			S							S	G	G	G	G	G									S	S	S	S							.	.	.	.	.			T				S	S						S							.	.	.	.				T	T		T	T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.						.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.					.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																												.
Query SS confidence														.	.																												.
Query Sequence		E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L	.	A	V	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	S	L	Q	D
Query Conservation														.	.																												.
Alig confidence														.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	N	R	N	I	D	A	F	R	E	G	E	Y	D	M	L	I	T	T	D	V	A	S	R	G	L	D	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	E	K	V	I	N	F	D	A	P	Q	D	L	R	T	Y	I	H	R	I	G	R	T	G	R	M	G	R	K	G	E	A	I	T	F	I	L	N	E	Y
Template Known Secondary structure												T	T	S		S										T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.		B	S					S	S			S	S									T	T	B		G	G	G										S	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.										.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		550	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	M	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	L	E	K
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.