Job Description O06446 Confidence 99.78% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 47 Aligned Residues 316 % Identity 20% Template c2p6uA_ PDB info PDB header:dna binding protein Chain: A: PDB Molecule:afuhel308 helicase; PDBTitle: apo structure of the hel308 superfamily 2 helicase Resolution 3.14 Å

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		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.
Query SS confidence																			.	.
Query Sequence		T	P	Y	K	V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N
Query Conservation																			.	.
Alig confidence																			.	.																																																			.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		I	L	F	P	P	Q	A	E	A	V	E	K	V	F	S	G	K	N	L	L	L	A	M	P	T	A	A	G	K	T	L	L	A	E	M	A	M	V	R	E	A	I	K	G	G	K	S	L	Y	V	V	P	L	R	A	L	A	G	E	K	Y	E	S	F	K	K	W	E	K	.	I	G	L	R	I	G	I	S	T	G
Template Known Secondary structure						S	S	T							T	T		S							S	S																			T								S	S												G	G	G	G	T	.	T	T								S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A
Query Conservation
Alig confidence									.																.											.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.																.											.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	E	S	R	D	E	.	H	L	G	D	C	D	I	I	V	T	T	S	E	K	A	.	D	S	L	I	R	N	R	A	S	W	.	.	.	.	.	.	I	K	A	V	S	C	L	V	V	D	E	I	H	L	L	D	S	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	A	T	L	E	I	L
Template Known Secondary structure				S				T	.	T	G	G	G		S										.						T	T		S	S	.	.	.	.	.	.	G	G	G							T	T	G	G	G	G	G		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure									.																.											.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.		.	.	.	.	130	.	.	.	.	.							.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.														.	.	.	.	.	160	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	K	M	R	R	M	N	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	V	I	G	L	S	A	T	A	P	N	V	T	E	I	A	E	W	L	D	A	D	Y	Y	V	S	D	W	R	P	V	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T									T										S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																	173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.						.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	.	.	.	.	.	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	E	G	V	L	C	E	G	T	L	E	L	F	D	G	A	F	S	T	S	R	R	V	K	F	E	E	L	V	E	E	C	V	A	E	N	G	G	V	L	V	F	E	S	T	R	R	G	A	E	K	T	A	V	K	L	S	A	I	T	A	K	Y	V	E	N	E	G	L	E	K	A	I	L	E	E	N	E	G
Template Known Secondary structure									T	T							T	T						B														T	S							S	S																	T	T												T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
															462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.			.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L	A	V	I	G	T	.	.	E	R	H	E	S	R	R	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	M	S	R	K	L	A	E	C	V	R	K	G	A	A	F	H	H	A	G	L	L	N	G	Q	R	R	V	V	E	D	A	F	R	R	G	N	I	K	V	V	V	A	T	P	T	L	V	N	L	P	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	I	V	R	S	L	Y	R	F	K	R	I	K	V	S	E
Template Known Secondary structure													T	S						T	T	S															T	S								T	T							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.											.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.			.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	.	.	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	S	L	Q	D	E
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	Q	M	A	G	R	A	G	R	P	G	M	D	E	R	G	E	A	I	I	I	V	G	K	R	D	R
Template Known Secondary structure							T	T				T	T	T		S	S									S	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390