Job Description O06446 Confidence 99.84% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 36 Aligned Residues 280 % Identity 21% Template c2jlrA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:serine protease subunit ns3; PDBTitle: dengue virus 4 ns3 helicase in complex with amppnp Resolution 2.0 Å

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		97	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.		.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																								.
Query SS confidence								.	.																								.
Query Sequence		A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	.	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A
Query Conservation								.	.																								.
Alig confidence								.	.																								.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	R	K	K	R	L	T	I	M	D	L	H	P	G	A	G	K	T	K	R	I	L	P	S	I	V	R	E	A	L	K	R	R	L	R	T	L	I	L	A	P	T	R	V	V	A	A	E	M	E	E	A	L	R	.	.	.	.	.	.	G	L	P	I	R	Y	Q	T	P	A	V	K	S	D	H	T	G	R	E
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T									T	T	S	S	T	T	T	T												T	T								S	S											T	T	.	.	.	.	.	.	T	S							T	T	S	S					S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.							.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.											.								.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.											.								.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	I	V	D	L	M	C	H	A	T	F	.	T	T	R	L	L	S	S	.	.	.	.	.	.	.	T	R	V	P	N	Y	N	L	I	V	M	D	E	A	H	F	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	C	S	V	A	A	R	G	Y	I	S	T	R	V	E	M	G	E
Template Known Secondary structure		.	.	.											.								.	.	.	.	.	.	.	S						S						S	T	T			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.											.								.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					256	.	.	.	260	.	.	.	.	.		.	.	.	.	270	.	.								.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	A	I	F	M	T	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	G	S	T	D	P	F	P	Q	S	N	S	P	I	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T				S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																							309	310	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Query SS confidence																																																																									.	.
Query Sequence		Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N
Query Conservation																																																																									.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.							.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.
Template Sequence		D	I	E	R	E	I	P	E	R	S	W	N	T	G	F	D	W	I	T	D	Y	Q	G	K	T	V	W	F	V	P	S	I	K	A	G	N	D	I	A	N	C	L	R	K	S	G	K	R	V	I	Q	L	S	R	K	T	F	D	T	E	Y	.	.	.	.	P	K	T	K	L	T	D	W	D	F	V	V	T	T	D
Template Known Secondary structure									S	S			S	S	S									S							S	S														T	T								T	T	T					G	.	.	.	.	G	G	G	G	S	S			S						G
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.					.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.														510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	A	V	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	S	L	Q	D	E
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation											.																														.
Template Sequence		I	S	E	M	G	A	N	F	R	.	A	G	R	V	I	D	P	R	R	C	L	K	P	V	I	L	T	D	G	P	E	R	V	I	L	A	G	P	I	.	P	V	T	P	A	S	A	A	Q	R	R	G	R	I	G	R	N	P	A	Q	E	D	D	Q	Y	V	F	S	G	D	P	L
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T					.		S																S	S	S										.												T	T	S	S			T	T										S
Template Predicted Secondary structure											.																														.
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.