Job Description O06446 Confidence 99.74% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 54 Aligned Residues 338 % Identity 18% Template c2i4iA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx3x; PDBTitle: crystal structure of human dead-box rna helicase ddx3x Resolution 2.20 Å

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		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure																														.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	E	G	S	K	R	V	F	N	M	T	P	Y	K	V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	R	G	V	H
Query Conservation																														.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	M	G	N	I	E	L	T	R	Y	T	R	P	T	P	V	Q	K	H	A	I	P	I	I	K	E	K	R	D	L	M	A	C	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	L	L	P	I	L	S	Q	I	Y	S	D	G	P	G	E	A	L	R	A	M	K	E	N	G	R	Y	G	R	R	K	Q	Y	P	I	S	L
Template Known Secondary structure										T			S														T	T									T	T	S																														B	T	T	B	S		S	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I
Query Conservation
Alig confidence																																																																					.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	I	Y	E	E	A	R	K	F	S	Y	R	S	R	V	R	P	C	V	V	Y	G	G	A	D	I	G	Q	Q	I	R	D	L	E	R	G	C	H	L	L	V	A	T	P	G	R	L	V	D	M	M	E	R	G	K	I	G	.	.	.	.	.	L	D	F	C	K	Y	L	V
Template Known Secondary structure					S	S																T	T	S	S								S	S	S										T	T			S															T	T	S	B		.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.						.	.	340	.	.	.	.	.
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.
Template Sequence		L	D	E	A	D	R	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	G	F	E	P	Q	I	R	R	I	V	E	Q	D	T	M	P	P	K	G	V	R	H	T	M	M	F	S	A	T	F	P	K	E	I	Q	M	L	A	R	D	F	L	D	E	Y	I	F	L	A	V	G	T	.	.
Template Known Secondary structure			S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T										T	S	S	S				B	T	T	B							S															S	S									.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	N	I	T	Q	K	V	V	W	V	E	E	S	D	K	R	S	F	L	L	D	L	L	N	A	T	G	K	D	S	L	T	L	V	F	V	E	T	K	K	G	A	D	S	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S										G	G	G											T			T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.																												.
Query SS confidence																																			.	.																												.
Query Sequence		S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L	.	A	V	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	D	Q	L
Query Conservation																																			.	.																												.
Alig confidence																																			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	F	L	Y	H	E	G	Y	A	C	T	S	I	H	G	D	R	S	Q	R	D	R	E	E	A	L	H	Q	F	R	S	G	K	S	P	I	L	V	A	T	A	V	A	A	R	G	L	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	K	H	V	I	N	F	D	L	P	S	D	I	E	E	Y	V	H	R
Template Known Secondary structure								T	T								T	T	S															T	S	S											T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.										.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	R	S	G	R	Q	G	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	S	L	Q	D	E	L	M	I	R	F	G	S	E	R	L	Q	K	M	M	S	R	L
Query Conservation
Alig confidence								.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	R	T	G	R	.	.	N	L	G	L	A	T	S	F	F	N	E	R	N	.	.	.	.	.	.	.	I	N	I	T	K	D	L	L	D	L	L
Template Known Secondary structure			T	T	B			.	.											G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		529	530	.	.	.	.			.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.								.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.