Job Description O06446 Confidence 99.84% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 35 Aligned Residues 339 % Identity 20% Template c1s2mA_ PDB info PDB header:rna binding protein Chain: A: PDB Molecule:putative atp-dependent rna helicase dhh1; PDBTitle: crystal structure of the dead box protein dhh1p Resolution 2.10 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.				.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.																				.	.	.
Query SS confidence																														.	.																				.	.	.
Query Sequence		V	R	E	G	S	K	R	V	F	N	M	T	P	Y	K	V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	.	.	.	L	N	A	L	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E
Query Conservation																														.	.																				.	.	.
Alig confidence																														.	.																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	M	G	I	F	E	A	G	F	E	K	P	S	P	I	Q	E	E	A	I	P	V	A	I	T	G	R	D	I	L	A	R	A	K	N	G	T	G	K	T	A	A	F	V	I	P	T	L	E	K	V	K	P	K	L	N	K	I	Q	A	L	I	M	V	P	T	R	E	L	A	L	Q	T	S	Q	V	V	R	T
Template Known Secondary structure									T	T			S															T									T	T	S																T	T	S		S								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.			.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	.	.	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.										.											.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.											.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	K	H	C	G	I	S	C	M	V	T	T	G	G	T	N	L	R	D	D	I	L	R	L	N	E	T	V	H	I	L	V	G	T	P	G	R	V	.	L	D	L	A	S	R	K	V	A	D	.	.	.	.	.	.	L	S	D	C	S	L	F	I	M	D	E	A	D	K	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	T								S	S	S									T	T	S			S										.						T	T		S		.	.	.	.	.	.		T	T								S					S	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.											.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.							.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	D	F	K	T	I	I	E	Q	I	L	S	F	L	P	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S												T	T	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Q	S	L	L	F	S	A	T	F	P	L	T	V	K	E	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	I	Y	N	M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V	L	N	A
Query Conservation
Alig confidence																																																			.
Template Conservation																																																			.
Template Sequence		M	V	K	H	L	H	K	P	Y	E	I	N	L	M	E	E	L	T	L	K	G	I	T	Q	Y	Y	A	F	V	E	E	R	Q	K	L	H	C	L	N	T	L	F	S	K	L	Q	I	N	Q	.	A	I	I	F	C	N	S	T	N	R	V	E	L	L	A	K	K	I	T	D	L	G	Y	S	C	Y	Y	S	H	A
Template Known Secondary structure							S	S					S			S	S		B		T	T										G	G	G												S			S		.						S	S															T								T
Template Predicted Secondary structure																																																			.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.																												.
Query SS confidence																			.	.																												.
Query Sequence		K	N	H	E	R	E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L	.	A	V	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	K	G	D	S	R	F	Y
Query Conservation																			.	.																												.
Alig confidence																			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	M	K	Q	Q	E	R	N	K	V	F	H	E	F	R	Q	G	K	V	R	T	L	V	C	S	D	L	L	T	R	G	I	D	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	N	V	V	I	N	F	D	F	P	K	T	A	E	T	Y	L	H	R	I	G	R	S	G	R	F	G	H	L	G	L	A	I	N	L
Template Known Secondary structure		T	S														T	T	S	S	S					S	S		S	S	S	S				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T							S	S			S	S										B	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350										.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	L	Q	D	E	L	M	I	R	F	G	S	E	R	L	Q	K	M	M	S	R	L	G	L	D
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	N	W	N	D	.	.	.	.	.	.	.	R	F	N	L	Y	K	I	E	Q	E	L	G	T	E
Template Known Secondary structure				G	G	G	.	.	.	.	.	.	.												T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.								.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.