Job Description O08387 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 8 Aligned Residues 367 % Identity 20% Template d1rh5a_ SCOP info Preprotein translocase SecY subunit Preprotein translocase SecY subunit Preprotein translocase SecY subunit Resolution 3.20

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	R	T	K	E	V	R	N	K	I	F	F	T	L	A	M	L	V	I	F	K	I	G	T	Y	I	P	A	P	G	V	N	P	A	A	F	D	N	P	Q	G	S	Q	G	A	T	E	L	L	N	T	F	G	G	G	A	L	K	R	F	S	I	F	A	M	G	I	V	P	Y	I	T	A	S	I	V	M	Q	L	L
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Sequence		V	K	E	I	T	F	K	E	K	L	K	W	T	G	I	V	L	V	L	Y	F	I	M	G	C	I	D	V	Y	T	A	G	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	I	P	A	I	F	E	F	W	Q	T	I	T	A	S	.	.	R	I	G	T	L	I	T	L	G	I	G	P	I	V	T	A	G	I	I	M	Q	L	L
Template Known Secondary structure		S	S																						T	T	S	B				S	S	.	.	.	.	.	.	.					S			T	T						T		.	.		T	T	B	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template SS confidence
		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.								50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.			.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	M	D	I	V	P	K	F	S	E	W	A	K	Q	G	E	V	G	R	R	K	L	N	N	V	T	R	Y	L	A	I	S	L	A	F	I	Q	S	I	G	M	A	F	Q	F	N	N	Y	L	K	G	A	L	I	I	N	Q	S	I	M	S	Y	L	L	I	A	L	V	L	T	A	G	T	A	F	L	I	W	L	G
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	S	.	.	.	G	I	I	Q	M	D	L	S	I	P	E	N	R	A	L	F	Q	G	C	Q	K	L	L	S	I	I	M	C	F	V	E	A	V	L	F	V	G	A	G	A	F	G	.	.	.	.	.	.	.	I	L	T	P	L	L	A	F	L	V	I	I	Q	I	A	F	G	S	I	I	L	I	Y	L	D
Template Known Secondary structure					.	.	.	T	T	S					S	S																													T	T	S	S		.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.				.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.								.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.
Query SS confidence																																								.	.
Query Sequence		D	Q	I	T	Q	F	G	V	G	N	G	I	S	I	I	I	F	A	G	I	L	S	T	L	P	A	S	L	I	Q	F	G	Q	T	A	F	V	G	.	.	Q	E	D	T	S	L	A	W	L	K	V	L	G	L	L	V	S	L	I	L	L	T	V	G	A	I	Y	V	L	E	A	V	R	K	I	P	I	Q	Y	A
Query Conservation																																								.	.
Alig confidence																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	V	S	K	Y	G	I	G	S	G	I	G	L	F	I	A	A	G	V	S	Q	T	I	F	V	G	A	L	G	P	E	G	Y	L	W	K	F	L	N	S	L	I	Q	G	V	P	N	I	E	Y	I	A	P	I	I	G	T	I	I	V	F	L	M	V	V	Y	A	E	C	M	R	V	E	I	P	L	A	H	G
Template Known Secondary structure								S	S	S																					S	T	T										T	T	T	T				G	G	G	T																	T	T										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290												.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	Q	T	A	Q	R	L	G	S	Q	A	T	Y	L	P	L	K	V	N	S	A	G	V	I	P	V	I	F	A	M	A	F	F	L	L	P	R	T	L	T	L	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	K	E	W	A	Q	N	I	A	N	A	A	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	R	I	K	G	A	V	G	K	Y	P	I	K	F	V	Y	V	S	N	I	P	V	I	L	A	A	A	L	F	A	N	I	Q	L	W	G	L	A	L	Y	R	M	G	I	P	I	L	G	H	Y	E	G	G	R	A	V	D	G	I	A	Y	Y	L	S	T	P	Y	G	L	S	S	V	I	S	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	S	S	T	T									S		T	T		S																						T	T	S			T	T			B		S	S	S	B	S	S	S	T	T	G	G	G					S	S	S				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
				306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																									.
Query SS confidence		.	.																									.
Query Sequence		.	.	S	S	N	V	G	M	V	V	Y	I	V	L	I	I	L	F	T	Y	F	Y	A	F	V	Q	.	V	N	P	E	K	M	A	D	N	L	K	K	Q	G	S	Y	V	P	G	I	R	P	G	E	Q	T	K	K	Y	I	T	K	V	L	Y	R	L	T	F	V	G	S	I	F	L	A	V	I	S	I	L	P	I
Query Conservation		.	.																									.
Alig confidence		.	.																									.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	I	H	A	I	V	Y	M	I	A	M	I	I	T	C	V	M	F	G	I	F	W	V	E	T	T	G	L	D	P	K	S	M	A	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	E	K	A	I	E	H	R	L	K	R	Y	I	P	P	L	T	V	M	S	S	A	F	V	G	F	L	A	T	I	A	N
Template Known Secondary structure																												T		S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.												.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	T	K	F	M	G	L	P	Q	S	I	Q	I	G	G	T	S	L	L	I	V	I	G	V	A	I	E	T	M	K	S	L	E	A	Q	V
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	I	G	A	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T	G	V	L	L	T	V	S	I	V	Y	R	M	Y	E	Q	L	L	R	E	R
Template Known Secondary structure						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.		S																			T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.									400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.