Job Description O08387 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 9 Aligned Residues 353 % Identity 22% Template c3mp7A_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:preprotein translocase subunit secy; PDBTitle: lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the2 mechanism of insertion into membranes Resolution 2.90 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	R	N	K	I	F	F	T	L	A	M	L	V	I	F	K	I	G	T	Y	I	P	A	P	G	V	N	P	A	A	F	D	N	P	Q	G	S	Q	G	A	T	E	L	L	N	T	F	G	G	G	A	L	K	R	F	S	I	F	A	M	G	I	V	P	Y	I	T	A	S	I	V	M	Q	L	L	Q	M	D	I	V
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.															.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.															.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	E	R	F	M	W	T	G	V	A	L	I	L	Y	Y	V	L	A	E	I	P	V	Y	G	I	P	E	R	.	.	.	.	.	.	.	I	Q	D	Y	F	Q	F	L	R	V	V	L	A	G	.	.	R	N	G	S	I	L	T	L	G	I	G	P	I	V	T	A	G	I	I	L	Q	L	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T																	S	B		T	T			S	S	.	.	.	.	.	.	.				S		S	S	T	T	T	T	T		S	.	.		T	T	B	T	T	S	S	T	T										T	T		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.															.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.								.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.			.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	K	F	S	E	W	A	K	Q	G	E	V	G	R	R	K	L	N	N	V	T	R	Y	L	A	I	S	L	A	F	I	Q	S	I	G	M	A	F	Q	F	N	N	Y	L	K	G	A	L	I	I	N	Q	S	I	M	S	Y	L	L	I	A	L	V	L	T	A	G	T	A	F	L	I	W	L	G	D	Q	I	T	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	V	F	S	V	F	M	C	F	F	E	A	A	V	W	I	L	G	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	R	V	A	I	A	V	L	M	I	L	Q	L	A	M	G	G	I	V	L	I	I	L	D	E	L	V	S	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.										.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	V	G	N	G	I	S	I	I	I	F	A	G	I	L	S	T	L	P	A	S	L	I	Q	F	G	Q	T	A	F	V	G	Q	E	D	T	S	L	A	W	L	K	V	L	G	L	L	V	S	L	I	L	L	T	V	G	A	I	Y	V	L	E	A	V	R	K	I	P	I	Q	Y	A	K	K	Q	T	A	Q	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	G	I	G	S	G	I	S	L	F	I	A	A	G	V	S	Q	T	I	L	T	R	S	L	N	P	L	T	D	P	N	P	L	T	G	Q	P	A	I	V	G	A	I	P	Y	F	I	Q	H	I	L	K	G	D	L	W	G	A	I	Y	R	G	G	S	A	P	D	M	L	S	V	V	A	T	I	V	V	F	F	I
Template Known Secondary structure			S	S	S																				S										S	S	S				S															S		S	S				S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		254					.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.														.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.									.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	G	S	Q	A	T	Y	L	P	L	K	V	N	S	A	G	V	I	P	V	I	F	A	M	A	F	F	L	L	P	R	T	L	T	L	F	Y	P	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	W	A	Q	N	I	A	N	A	A	N	P	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	N
Query Conservation			.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	V	Y	F	E	S	M	R	V	E	I	Y	P	I	R	F	L	Y	V	S	N	I	P	I	I	L	T	F	A	L	Y	A	N	I	Q	L	W	A	R	V	L	D	R	L	G	H	P	W	L	G	R	F	D	P	T	T	G	S	P	I	S	G	F	V	L	Y	V	I	P	P	R	N	I	F	S	V	I	D	N	P
Template Known Secondary structure																	S	S	S	S	T	T																						T	T	S			S	S	B					T	T	S					B	S	G	G	G	S				S	S	S	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	M	V	V	Y	I	V	L	I	I	L	F	T	Y	F	Y	A	F	V	Q	V	N	P	E	K	M	A	D	N	L	K	K	Q	G	S	Y	V	P	G	I	R	P	G	E	Q	T	K	K	Y	I	T	K	V	L	Y	R	L	T	F	V	G	S	I	F	L	A	V	I	S	I	L	P	I	L	A	T	K	F	M
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	A	I	V	Y	L	I	L	T	V	I	F	S	L	L	F	G	Y	L	W	V	.	.	.	E	L	T	G	L	D	A	R	S	I	A	R	I	P	G	F	R	R	D	P	R	T	.	.	.	.	.	L	E	K	P	Y	V	T	F	W	G	S	L	T	V	A	L	I	A	V	L	A	D	F	L	G	A	L	G
Template Known Secondary structure																								.	.	.			S	S	T	T	G	G	G						T	T	T	T	T	T	S	T	.	.	.	.	.	T				T																				T		S	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.				.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.						390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	P	Q	S	I	Q	I	G	G	T	S	L	L	I	V	I	G	V	A	I	E	T	M	K	S	L	E	A	Q	V	S	Q	K	E	Y	K	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	T	G	I	L	L	T	V	G	I	L	Y	R	F	Y	E	E	I	A	R	E	Q	I	T	E	M	F	P	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		S																									S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.