Job Description O08387 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 5 Aligned Residues 379 % Identity 21% Template c2wwbA_ PDB info PDB header:ribosome Chain: A: PDB Molecule:protein transport protein sec61 subunit alpha isoform 1; PDBTitle: cryo-em structure of the mammalian sec61 complex bound to the2 actively translating wheat germ 80s ribosome Resolution 6.48 Å

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	K	E	V	R	N	K	I	F	F	T	L	A	M	L	V	I	F	K	I	G	T	Y	I	P	A	P	G	V	N	P	A	A	F	D	N	P	Q	G	S	Q	G	A	T	E	L	L	N	T	F	G	G	G	A	L	K	R	F	S	I	F	A	M	G	I	V	P	Y	I	T	A	S	I	V	M	Q	L	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		R	K	I	Q	F	K	E	K	V	L	W	T	A	I	T	L	F	I	F	L	V	C	C	Q	I	P	L	F	G	I	.	.	.	.	.	.	M	S	S	D	S	A	D	P	F	Y	W	M	R	V	I	L	A	S	.	.	N	R	G	T	L	M	E	L	G	I	S	P	I	V	T	S	G	L	I	M	Q	L	L	A
Template Known Secondary structure																										S				S	S	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T		S												S	.	.	S		S	S	S		S	S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.							.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.			.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	D	I	V	P	K	F	S	E	W	A	K	Q	G	E	V	G	R	R	K	L	N	N	V	T	R	Y	L	A	I	S	L	A	F	I	Q	S	I	G	M	A	F	Q	F	N	N	Y	L	K	G	A	L	I	I	N	Q	S	I	M	S	Y	L	L	I	A	L	V	L	T	A	G	T	A	F	L	I	W	L	G	D
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.																																					.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.																																					.	.	.	.
Template Sequence		G	A	K	I	I	E	V	G	.	.	.	.	D	T	P	K	D	R	A	L	F	N	G	A	Q	K	L	F	G	M	I	I	T	I	G	Q	S	I	V	Y	V	M	T	G	M	Y	G	D	.	.	.	.	P	S	E	M	G	A	G	I	C	L	L	I	T	I	Q	L	F	V	A	G	L	I	V	L	L	L	D	E
Template Known Secondary structure							S			.	.	.	.	S	S	S	S		S	S																									T	S	S			.	.	.	.	S	S		S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.																																					.	.	.	.
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.					.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.					140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		170	.	.	.		.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220																										.	.	.
Predicted Secondary structure						.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	T	Q	.	F	G	V	G	N	G	I	S	I	I	I	F	A	G	I	L	S	T	L	P	A	S	L	I	Q	F	G	Q	T	A	F	V	G	Q	E	D	T	S	L	A	W	L	K	V	L	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	S
Query Conservation						.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	Q	K	G	Y	G	L	G	S	G	I	S	L	F	I	A	T	N	I	C	E	T	I	V	W	K	A	F	S	P	T	T	V	N	T	G	R	G	M	E	F	E	G	A	I	I	A	L	F	H	L	L	A	T	R	T	D	K	V	R	A	L	R	E	A	F	Y	R	Q	N	L	P	N	L	M	N	L	I	A
Template Known Secondary structure					T	T	T		S	S		S																		T			S	S		S				S			T	T	T	T											T		T	T	S	S	S	S	S	S		S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	L	L	T	V	G	A	I	Y	V	L	E	A	V	R	K	I	P	I	Q	Y	A	K	K	Q	T	A	Q	R	L	G	S	Q	A	T	Y	L	P	L	K	V	N	S	A	G	V	I	P	V	I	F	A	M	A	F	F	L	L	P	R	T	L	T	L	F	Y	P	D	K	E	W	A	Q	N	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	F	V	F	A	V	V	I	Y	F	Q	G	F	R	V	D	L	P	I	K	S	A	.	.	.	.	.	.	R	Y	R	G	Q	Y	N	T	Y	P	I	K	L	F	Y	T	S	N	I	P	I	I	L	Q	S	A	L	V	S	N	L	Y	V	I	S	Q	M	L	S	A	R	F	S	G	N	L	L	V	S	L	L
Template Known Secondary structure																	B						B		.	.	.	.	.	.	S	S	S	S	B		S				B		T	T	T	S	S																									T	S			S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270							.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
																					299	300	.	.	.	.	.													.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	N	A	A	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	N	V	G	M	V	V	Y	I	V	L	I	I	L	F	T	Y	F	Y	A	F	V	Q	.	V	N	P	E	K	M	A	D	N	L	K	K	Q	G	S	Y	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	W	S	D	T	S	S	G	G	P	A	R	A	Y	P	V	G	G	L	C	H	Y	L	S	P	P	E	S	F	G	S	V	L	E	D	P	V	H	A	V	V	Y	I	V	F	M	L	G	S	C	A	F	F	S	K	T	W	I	E	V	S	G	S	S	A	K	D	V	A	K	Q	L	K	E	Q	Q	M	V	M
Template Known Secondary structure			S	S	S	T	T		S		T	T	S	S	S			S	S	S					T	S			S	S	S	S	S				S	S																						T	T	T	S	S															T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	I	R	P	G	E	Q	T	K	K	Y	I	T	K	V	L	Y	R	L	T	F	V	G	S	I	F	L	A	V	I	S	I	L	P	I	L	A	T	K	F	M	G	L	P	Q	S	I	Q	I	G	G	T	S	L	L	I	V	I	G	V	A	I	E	T	M	K	S	L	E	A	Q	V
Query Conservation
Alig confidence											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	H	R	E	T	S	M	V	.	H	E	L	N	R	Y	I	P	T	A	A	A	F	G	G	L	C	I	G	A	L	S	V	L	A	D	F	L	G	A	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	T	G	I	L	L	A	V	T	I	I	Y	Q	Y	F	E	I	F	V	K	E	Q
Template Known Secondary structure						T	T	T	T	T	.																															S	S	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.									.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.