Job Description O50581 Confidence 99.90% Date Tue Jul 17 17:05:03 BST 2012 Rank 63 Aligned Residues 301 % Identity 14% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	Q	K	S	S	V	N	E	I	F	R	D	L	K	A	P	I	R	M	H	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	A	I	C	M	Y	A	L	K	T	A	G	Y	Q	S	A	L	M	V	P	T	E	I	L	A	E	Q	H	A	E	S	L	M	A	L	F	G	D	S	M	N	V	A	L	L
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.																							.	.	.																													.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.																							.	.	.																													.	.
Template Sequence		K	L	K	D	K	V	I	E	G	L	R	N	.	.	.	.	.	.	N	F	L	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	.	.	.	L	E	V	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	R	.	.	E	I	T	F	S	F	L
Template Known Secondary structure													T	.	.	.	.	.	.	T									S	S	S	S										.	.	.	T	T	T		S							S	S	S	G	G	G									S			.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.																							.	.	.																													.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.							.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.				.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.			.	.	.	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.						.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	S	V	K	G	K	K	R	K	I	L	L	E	Q	L	E	N	G	T	I	D	C	L	I	G	T	H	A	L	I	.	.	.	.	.	Q	D	D	V	I	F	H	N	V	G	L	V	I	T	D	E	Q	H	R	F	G	V	N	Q	R	Q	L	L	R	E	K	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.													.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	K	P	S	S	C	L	E	S	E	N	S	L	Y	.	.	.	.	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	F	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	D	K	V	N	E	L	E	E	R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S
Template Known Secondary structure				S	T	T	T							T	T	T	.	.	.	.	T		S						T										T	T	S				S	T	T							T	G	G	G	S	G	G	G										T	T								S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.					.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	E	E	S	R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E	L	E	I	L	A	D	D	Y	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	F	F	S	L	L	S	I	G	S	F	I	P	F	S
Template Known Secondary structure		S	S	S	T														T	T					S	S					S	S														T									T	T					T	T	S												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
																								411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.					.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	N	V	L	F	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	I	S	V	F	G	E	M	D	V	S	S	I	K	Q	L	.	.	.	.	P	K	G	R	K	P	I	I	T	T	W	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	S	K	R	L	V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M	E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V	S	G	S	Y	E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M
Template Known Secondary structure			T	T									S	T	T	T	S	G	G	G	G		T	T								S	S										T	T				S											S	S	S			S										S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
			455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.		.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.
Predicted Secondary structure		.																			.
Query SS confidence		.																			.
Query Sequence		.	K	H	E	Q	Y	D	K	V	L	M	Q	M	T	S	E	L	K	K	.	G	R	Q	A	Y	V	I	C	P	L	I	E	S	S	E	H	L	E	D	V	Q	N	V	V	A	L	Y	E	S	L	Q	Q	Y	Y	G	V	S	R	V	G	L	L	H	G	K	L	S	A	D	E	K	D	E	V	M	Q	K	F	S	N
Query Conservation		.																			.
Alig confidence		.																			.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Sequence		R	S	D	N	M	W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D	S	S	.	.	.	V	E	D	L	Y	S	A	I	S	A
Template Known Secondary structure																				T	S	S	S							S	S									T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S							S				.	.	.						T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.															.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.				.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
		533	.			.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																			.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.																			.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	E	.	.	I	N	V	L	V	S	T	T	V	V	E	V	G	V	N	V	P	N	.	.	.	.	.	A	T	F	M	M	I	Y	D	A	D	R	F	G	L	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	Q	L	R	G	R	V
Query Conservation				.	.																			.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.																			.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G	K	L	A	E	G	I	E	L	R	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y	P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A	Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V	T	I	K	Q	A	I	G	R	A
Template Known Secondary structure				S							S	S	S	S	S		S	S					S	S	S	S		S								S							S									T	T	T			S	S	S	T	T					T														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		436	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	S	D	Q	Q	S	Y	C	V	L	I	A	S	P	K	T	E	T	G	I	E	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	R	D	V	N	D	K	C	N	V	W	L	L	D	K	R	F	E	S	L	Y	W	K
Template Known Secondary structure				S	S	S									S	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.