Job Description O50581 Confidence 99.85% Date Tue Jul 17 17:05:03 BST 2012 Rank 81 Aligned Residues 271 % Identity 18% Template c2vl7A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:xpd; PDBTitle: structure of s. tokodaii xpd4 Resolution 2.25 Å

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		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	A	Q	K	S	S	V	N	E	I	F	R	D	L	K	A	P	I	R	M	H	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	A	I	C	M	Y	A	L	K	T	A	G	Y	Q	S	A	L	M	V	P	T	E	I	L	A	E	Q	H	A	E	S	L	M	A	L	F	G	D	S	M	N	V	A	L
Query Conservation
Alig confidence																					.	.																								.	.	.																									.	.	.
Template Conservation																					.	.																								.	.	.																									.	.	.
Template Sequence		R	Q	W	Q	A	E	K	L	G	E	A	I	N	A	L	K	H	G	K	.	.	T	L	L	L	N	A	K	P	G	L	G	K	T	V	F	V	E	V	L	G	M	Q	L	.	.	.	K	K	K	V	L	I	F	T	R	T	H	S	Q	L	D	S	I	Y	K	N	A	K	L	L	.	.	.	G	L	K	T	G	F
Template Known Secondary structure																		T	T		.	.								T	T	S														.	.	.	T								S													G	G	G	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.																								.	.	.																									.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.			.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50				.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.				.	.	.	.	.	80
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.													.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	G	S	V	K	G	K	K	R	K	I	L	L	E	Q	L	E	N	G	T	I	D	C	L	I	G	T	H	A	L	I	Q	D	D	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	H	N	V	G	L	V	I	T	D	E	Q	H	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	A	N	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	D	V	I	A	M	T	Y	P	Y	L	F	Q	K	P	I	R	N	S	V	F	C	N	K	D	D	C	L	K	L	E	D	Y	L	I	V	I	D	E	A	H	N	L	L	E	A	D	K	W	F	T	R	K	I	S	R	K	M	L
Template Known Secondary structure				T	T	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G		S						T					S								S		S	S	T	T	S			G	G	G						T	T	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.															.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	A	L	K	E	I	E	I	V	E	R	L	N	R	I	D	A	K	K	V	K	D	Y	I	N	L	L	I	D	Y	M	S	K	L	I	K	D	G	R	C	H	E	L	S	L	M	P	L	P	D	R	E	T	N	G	E	L	I	V	V	T	R	A	Y	L	N	I	D	E	G	P	V	K	K	S	S	L	K	S
Template Known Secondary structure														T	T																				T	S			S	S	S					S																						T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
																								398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	N	Q	R	Q	L	L	R	E	K	G	A	M	T	N	V	L	F	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	I	S	V	F	G	E	M	D	V	S	S	I	K	Q	L	P	K	G	R	K	P	I	I	T	T	W	A	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	K	F	V	E	M	K	G	D	L	Y	N	C	N	G	S	L	V	K	V	P	S	D	V	N	Q	L	I	E	D	A	L	N	V	K	T	F	K	V	L	M	S	G	T	L	P	E	.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	L	T	N	S	Y	K	I	V	V	N	E	S	G	R	G	E	Y	Y	Y	C	P	N
Template Known Secondary structure								S								T	T							S										T			S	S							S	S			T	.	.	.	.	.	.	.	T				T	T																		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.								.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
										456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.		.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	Q	Y	D	K	V	L	M	Q	M	T	S	E	L	K	.	K	G	R	Q	A	Y	V	I	C	P	L	I	E	S	S	E	H	L	E	D	V	Q	N	V	V	A	L	Y	E	S	L	Q	Q	Y	Y	G	V	S	R	V	G	L	L	H	G	K	L	S	A	D	E	K	D	E	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Sequence		V	T	S	E	L	R	K	R	N	S	N	I	P	I	Y	S	I	L	L	K	R	I	Y	E	N	S	S	K	S	V	L	V	F	F	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	M	L	E	S	V	R	I	H	L	S	G	I	P	V	I	E	E	N	K	K	T	R	H	E	.	.	.	.	E
Template Known Secondary structure						G	G	G																		T		S	S							S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T		T	T	S					S	T	T	T					.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.														.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.					420
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	Q	K	F	S	N	H	E	I	N	V	L	V	S	T	T	V	V	E	V	G	V	N	V	P	N	A	T	F	M	M	I	Y	D	A	D	R	F	G	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	H	Q	L	R	G	R	V	G
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	E	L	M	K	T	G	K	Y	L	V	M	L	V	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	S	L	V	L	A	G	L	P	Y	P	N	V	S	D	D	M	V	R	K	R	I	E	R	L	S	K	L	T	G	K	D	E	D	S	I	I	H	D	L	T	A	I	V	I	K	Q	T	I	G	R	A	F
Template Known Secondary structure								T	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.								S						T	T	S															T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.										.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	D	Q	Q	S	Y	C	V	L	I	A	S	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	D	P	N	D	Y	V	K	I	Y	L	C	D	S
Template Known Secondary structure			S	T	T									S	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520