Job Description O50581 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:03 BST 2012 Rank 33 Aligned Residues 324 % Identity 21% Template c2d7dA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein b; PDBTitle: structural insights into the cryptic dna dependent atp-ase2 activity of uvrb Resolution 2.10 Å

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		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	F	E	L	T	E	A	Q	K	S	S	V	N	E	I	F	R	D	L	K	A	P	I	R	M	H	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	A	I	C	M	Y	A	L	K	T	A	G	Y	Q	S	A	L	M	V	P	T	E	I	L	A	E	Q	H	A	E	S	L	M	A	L	F	G	D	S
Query Conservation
Alig confidence																										.																									.	.	.																											.
Template Conservation																										.																									.	.	.																											.
Template Sequence		S	K	Y	Q	P	Q	G	D	Q	P	K	A	I	E	K	L	V	K	G	I	Q	E	G	K	.	K	H	Q	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	F	T	V	S	N	L	I	K	E	V	.	.	.	N	K	P	T	L	V	I	A	H	N	K	T	L	A	G	Q	L	Y	S	E	F	K	E	F	F	P	.	N
Template Known Secondary structure			S					T	T														T	T		.	S								T	T	S														.	.	.									S	S																T	.	T
Template Predicted Secondary structure																										.																									.	.	.																											.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.		.
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.					.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Query Sequence		M	N	V	A	L	L	T	G	S	V	K	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	K	I	L	L	E	Q	L	E	N	G	T	I	D	C	L	I	G	T	H	A	L	I	Q	D	D	V	I	.	.	.	.	F	H	N	V	G	L	V	I	T
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	V	E	Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	Q	T	D	T	F	I	E	K	D	A	S	I	N	D	E	I	D	K	L	R	H	S	A	T	S	A	L	F	E	R	R	D	V	I	I	I	A	S	V	S	C	I	Y	G	L	G	S	P	E	E	Y	R	E	M	V	V	S	L	R	T
Template Known Secondary structure		S																			T	T	T	T																												S								G	G	G	G	S		B															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	E	Q	H	R	F	G	V	N	Q	R	Q	L	L	R	E	K	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	M	E	I	E	R	N	E	L	L	R	K	L	V	D	I	Q	Y	A	R	N	D	I	D	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	D	V	V	E	I	F	P	A	S	R	D	E	H	C	V	R	V	E	F	F	G	D	E	I	E	R	I	R	E	V	D	A	L	T	G	E	I	L	G	D	R	D	H	V	A	I
Template Known Secondary structure		T		B													T	T					S	S	S			T	T						T	T							T	T		S	S								S	S	S	B									T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	P	A	S	H	F	V	T	R	A	E	K	M	E	K	A	I	Q	N	I	E	K	E	L	E	E	Q	L	K	V	M	H	E	N	G	K	L	L	E	A	Q	R	L	E	Q	R	T	R	Y	D	L	E	M	M	R	E	M	G	F	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	H	L	T	L	R	P	P	G	S	T	P	Y
Template Known Secondary structure				S	S	S	S																												T	T																							S			T	T	G	G	G	G					T	T			T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
																																																																411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	N	V	L	F	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	L	D	Y	F	P	D	D	F	M	I	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	V	R	G	M	F	N	G	D	Q	A	R	K	Q	V	L	V	D	H	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	E	K	H	M	H	N	I	V	Y	V	S	A	T	P	G	P	Y	E	I	E	H
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	S		S	S							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S											T		S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	F	G	E	M	D	V	S	S	I	K	Q	L	P	K	G	R	K	P	I	I	T	T	W	A	K	H	E	Q	Y	D	K	V	L	M	Q	M	T	S	E	L	K	K	G	R	Q	A	Y	V	I	C	P	L	I	E	S	S	E	H	L	E	D	V	Q	N	V	V	A	L	Y	E	S	L	Q	Q	Y	Y	G	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation		.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Sequence		.	.	.	T	D	E	M	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	I	D	V	R	P	I	E	G	Q	I	D	D	L	I	G	E	I	Q	A	R	I	E	R	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	E	D	L	T	D	Y	L	K	E	.	.	I	G
Template Known Secondary structure		.	.	.		S	S								T	T												S	T	T														T	T	T								S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template SS confidence
					404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.										.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.			.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.					.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.
Query Sequence		S	R	V	G	L	L	H	G	K	L	S	A	D	E	K	D	E	V	M	Q	K	F	S	N	H	E	I	N	V	L	V	S	T	T	V	V	E	V	G	V	N	V	P	N	A	T	F	M	M	I	Y	D	A	D	R	.	.	.	.	F	G	L	S	T	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	S	D	Q	Q	S	Y
Query Conservation																																																									.	.	.	.
Alig confidence																																																									.	.	.	.																			.
Template Conservation																																																																															.
Template Sequence		I	K	V	N	Y	L	H	S	E	I	K	T	L	E	R	I	E	I	I	R	D	L	R	L	G	K	Y	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	E	.	G	R
Template Known Secondary structure									T	T																T	S		S					S				S	T	T				T	T							T	T	T	T			T	T	T	T	S										T	T	T	T	S	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	V	L	I	A	S	P	K	T	E	T	G	I	E	R	M	T	I	M	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	I	M	Y	A	D	K	I	T	K	S	M	E	I	A	I	N	E	T	K
Template Known Secondary structure							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.