Job Description O50581 Confidence 99.98% Date Tue Jul 17 17:05:03 BST 2012 Rank 52 Aligned Residues 334 % Identity 20% Template c1z3iX_ PDB info PDB header:recombination/dna binding Chain: X: PDB Molecule:similar to rad54-like; PDBTitle: structure of the swi2/snf2 chromatin remodeling domain of eukaryotic2 rad54 Resolution 3.00 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.				.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.								.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	L	P	F	E	L	T	E	A	Q	K	S	S	V	N	E	I	F	R	.	.	.	D	L	K	A	P	I	R	M	H	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	A	I	C	M	Y	A	L	K	T	A	G	.	.	.	.	.	.	.	Y	Q	S	A	L	M	V	P	T	E	I	L	A	E	Q
Query Conservation																						.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation																																																																											.
Template Sequence		P	V	L	S	K	V	L	R	P	H	Q	R	E	G	V	K	F	L	W	D	C	V	T	G	R	R	I	E	N	S	Y	G	C	I	M	A	D	E	M	G	L	G	K	T	L	Q	C	I	T	L	I	W	T	L	L	K	Q	S	P	D	C	K	P	E	I	D	K	V	I	V	V	S	P	.	S	S	L	V	R	N
Template Known Secondary structure						T	T																	T	T	S	S	S	T	T										T	T	S																		T	T	S	S		S		S								.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.					.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.				.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.																		.	.	.														.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.																		.	.	.														.	.
Query Sequence		H	A	E	S	L	M	A	L	F	G	D	S	M	N	V	A	L	L	T	G	S	V	K	G	K	K	R	K	I	L	L	E	Q	L	E	N	G	T	I	.	.	.	.	D	C	L	I	G	T	H	A	L	I	Q	D	D	V	I	F	H	.	.	.	N	V	G	L	V	I	T	D	E	Q	H	R	F	.	.	G	V
Query Conservation																																									.	.	.	.																		.	.	.														.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.																		.	.	.														.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	Y	N	E	V	G	K	W	L	G	G	R	V	Q	P	V	A	I	D	G	G	S	K	D	E	I	D	S	K	L	V	N	F	I	S	Q	Q	G	M	R	I	P	T	P	I	L	I	I	S	Y	E	T	F	R	L	H	A	E	V	L	H	K	G	K	V	G	L	V	I	C	D	E	G	H	R	L	K	N	S	D
Template Known Secondary structure											G	G	G								S	S																	S	S			S															T	T	T	T	T	T	S								T	T	G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.																																																					.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Q	R	Q	L	L	R	E	K	G	A	M	T	N	V	L	F	M	T	A	T	P	I	P	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Q	T	Y	L	A	L	N	S	M	N	A	Q	R	R	V	L	I	S	G	T	P	I	Q	N	D	L	L	E	Y	F	S	L	V	H	F	V	N	S	G	I	L	G	T	A	Q	E	F	K	K	R	F	E	I	P	I	L	K	G	R	D	A	D	A	S	D	K	D	R	A	A	G	E	Q	K	L	Q	E	L	I
Template Known Secondary structure														S							S	S		S	G	G	G	G	G	G																							T									S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	S	V	F	G	E	M	D	V	S	S	I	K	Q	L	P	K	G	R	K	P	I	I	T	T	W	A	K	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	V	N	R	C	L	I	R	R	T	S	D	I	L	S	K	Y	L	P	V	K	I	E	Q	V	V	C	C	N	L	T	P	L	Q	K	E	L	Y	K	L	F	L	K	Q	A	K	P	V	E	S	L	Q	T	G	K	I	S	V	S	S	L	S	S	I	T	S	L	K	K	L	C	N	H	P	A	L	I	Y	E
Template Known Secondary structure													G	G	G	G	G	G	T	S																													G	G	G	S	S		T	T																				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																	458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	D	K	V	L	M	Q	M	T	S	E	L	.	K	K	G	R	Q	A	Y	V	I	C	P	L	I	E	S	S	E	H	L	E	D	V	Q	N	V	V	A	L	Y	E	S	L	Q	Q	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.															.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		K	C	L	T	G	E	E	G	F	D	G	A	L	D	L	F	P	Q	N	Y	S	T	K	A	V	E	P	Q	L	S	G	K	M	L	V	L	D	Y	I	L	A	M	T	R	T	T	T	S	D	K	V	V	L	V	S	N	Y	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	D	L	F	E	K	L	C	R	N	.
Template Known Secondary structure						T		T	T		T	T	G	G	G	T	S		S	S			S	S	S			G	G	G	S																										S				.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.										.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.				.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.
Query Sequence		Y	G	V	S	R	V	G	L	L	H	G	K	L	S	A	D	E	K	D	E	V	M	Q	K	F	S	N	H	E	.	.	.	I	N	V	L	V	S	T	T	V	V	E	V	G	V	N	V	P	N	A	T	F	M	M	I	Y	D	A	D	R	F	G	L	S	T	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	S	D	Q	Q
Query Conservation																															.	.	.
Alig confidence		.																													.	.	.																													.
Template Conservation		.																																																												.
Template Sequence		.	R	R	Y	L	Y	V	R	L	D	G	T	M	S	I	K	K	R	A	K	I	V	E	R	F	N	N	P	S	S	P	E	F	I	F	M	L	S	S	K	A	G	G	C	G	L	N	L	I	G	A	N	R	L	V	M	F	D	P	D	.	W	N	P	A	N	D	E	Q	A	M	A	R	V	W	R	D	G	Q	K
Template Known Secondary structure		.		T								S	S															S	T	T										G	G	G	S		T	T				T	T								S			.	S	S									T	T	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.																																																												.
Template SS confidence
			530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.		.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
		583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Y	C	V	L	I	A	S	P	K	T	E	T	G	I	E	R	M	T	I	M	T	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	T	C	Y	I	Y	R	L	L	S	T	G	T	I	E	E	K	I	L	Q	R	Q	A
Template Known Secondary structure		S										T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630