Job Description O50581 Confidence 99.87% Date Tue Jul 17 17:05:03 BST 2012 Rank 70 Aligned Residues 391 % Identity 19% Template c1nl3B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca 1 subunit; PDBTitle: crystal structure of the seca protein translocation atpase2 from mycobacterium tuberculosis in apo form Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	K	S	F	I	D	R	L	P	F	E	L	T	E	A	Q	K	S	S	V	N	E	I	F	R	D	L	K	A	P	I	R	M	H	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	A	I	C	M	Y	A	L	K	T	A	G	Y	Q	S	A	L	M	V	P	T	E	I	L	A	E	Q	H	A	E	S	L
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	A	A	W	R	V	L	D	Q	R	P	F	D	V	Q	V	M	G	A	A	A	L	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	C	V	L	P	A	Y	L	N	A	L	A	G	N	G	V	H	I	V	T	V	N	D	Y	L	A	K	R	D	S	E	W	M
Template Known Secondary structure										S																T	.	.	.	.	.	.	.	.	T							T	T	S						T									T	T	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.									.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		334	.	.	.	.	.		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.													.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Query SS confidence								.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Query Sequence		M	A	L	F	G	D	.	S	M	N	V	A	L	L	T	G	S	V	K	G	K	K	R	K	I	L	L	E	Q	L	E	N	G	T	I	D	C	L	I	G	T	H	A	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	D	V	I	F	H	N	V	G	L	V	I	T	D	E	Q	H	R	F	G	.	.
Query Conservation								.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Alig confidence								.																						.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	V	H	R	F	L	G	L	Q	V	G	V	I	L	A	T	M	T	P	D	E	R	R	V	A	Y	N	.	.	.	.	.	.	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	H	S	L	D	D	L	V	Q	R	G	H	H	Y	A	I	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D
Template Known Secondary structure								T	T								T	T												.	.	.	.	.	.	S	S																	T	T		S	S	T	T	T												T	T						T	G
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170							.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
																	399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	Q	R	Q	L	L	R	E	K	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	D	G	A	S	N	W	Y	T	E	F	A	R	L	A	P	L	M	E	K	D	V	H	Y	E	V	D	L	R	K	R	T	V	G	V	H	E	K	G	V	E	F	V	E	D	Q	L	G	I	D	N	L	Y	E	A	A	N	S	P	L	V	S	Y	L	N	N	A	L	K
Template Known Secondary structure		G	G	G	S										S												G	G	G	S		B	T	T	T					T	T	T	T																T	T		S		T	T		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
																																																																						411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	N	V	L	F	M	T	A	T	P	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	E	L	F	S	R	D	K	D	Y	I	V	R	D	G	E	V	L	I	V	D	E	F	T	G	R	V	L	I	G	R	R	Y	N	E	G	M	H	Q	A	I	E	A	K	E	H	V	E	I	K	A	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	L	Q	N	Y	F	R	L	Y	D	K	L	A	G	M	T	G	T	A	Q
Template Known Secondary structure								B	T	T	T				S	S	S					B		S	S	S			B		T	T				S	T	T									T	T																				T	T		S							S			G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.				.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.
Query Sequence		P	R	T	L	A	I	S	V	F	G	E	M	D	V	S	S	I	K	Q	L	P	K	G	R	.	.	.	K	P	I	I	T	T	W	A	K	H	E	Q	Y	D	K	V	L	M	Q	M	T	S	E	L	K	K	G	R	Q	A	Y	V	I	C	P	L	I	E	S	S	E	H	L	E	D	V	Q	N	V	V	A	L	Y
Query Conservation																										.	.	.
Alig confidence																										.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	A	A	E	L	H	E	I	Y	K	L	G	V	V	S	I	P	T	N	M	P	M	I	R	E	D	Q	S	D	L	I	Y	K	T	E	E	A	K	Y	I	A	V	V	D	D	V	A	E	R	Y	A	K	G	Q	P	V	L	I	G	T	T	S	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	E	Y	L	S
Template Known Secondary structure		G	G																		S	S													S	S																			T								S				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.										.	.	.	.	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	S	L	Q	Q	Y	Y	G	V	S	R	V	G	L	L	H	G	K	L	S	A	D	E	K	D	E	V	M	Q	K	F	S	N	H	E	I	N	V	L	V	S	T	T	V	V	E	V	G	V	N	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.																												.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.																												.	.
Template Sequence		R	Q	F	T	K	.	.	R	R	I	P	H	N	V	L	N	A	K	Y	H	E	Q	E	A	T	I	I	A	V	A	G	R	R	G	.	.	G	V	T	V	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	N	V	D	F	L	T	D	Q	R	L	R	E	R	G	L	D	P	V	E	T	P	E	E	Y	E
Template Known Secondary structure						T	.	.	T	T								S	S	S										T	T	T	S	T	T	.	.							T	T		S	T	T	S				T	T														T	T			T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.	.																												.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.			.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
																											552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	T	F	M	M	I	Y	D	A	D	R	F	G	L	S	T	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	S	D	Q	Q	S	Y	C	V	L	I	A	S	P	K	T	.	.	.	.	.	.	.	E	T	G	I	E	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		A	A	W	H	S	E	L	P	I	V	K	E	E	A	S	K	E	A	K	E	V	I	E	A	G	G	L	Y	V	L	G	T	E	R	H	E	.	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	R	F	Y	L	S	L	G	D	E	L	M	R	R	F	N	G	A	A	L	E	T
Template Known Secondary structure																									T	T	S						S	S			S	.	.	S									T	T	S	S	G	G	G											T	T	S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.			560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.								610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.					.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query Sequence		M	T	I	M	T	Q	T	T	D	G	.	.	.	.	.	.	.	F	E	L	S	E	R	D	L	E	M	R	G	P	G	D	F	F	G	V	K	Q	S	G	L	P	D	F	L	V	A	N	L	V	E	D	Y	R	M	L	E	V	A	R	D	E	A	.	.	.	.	A	E	L	I	Q	S	G	V	F	F	E	N	T
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	T	R	L	N	L	P	D	D	V	P	I	E	A	K	M	V	T	R	A	I	K	S	A	Q	T	Q	V	E	Q	Q	N	F	E	V	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	V	L	K	Y	D	E	V	M	N	Q	Q	R	K	V	I	Y	A	E	R	R	R	I	L	E	G	E	N	L	K	D	Q	A
Template Known Secondary structure						T	T			T	T	S		B																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																											T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.										.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
		669	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	H	L	R	H	F	V	E	E	N	L	L	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	D	M	V	R	D	V	I	T	A	Y	V	D	G
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.