Job Description P32020 Confidence 99.88% Date Tue Jul 30 13:21:56 BST 2013 Rank 61 Aligned Residues 280 % Identity 20% Template c2uv8C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:fatty acid synthase subunit alpha (fas2); PDBTitle: crystal structure of yeast fatty acid synthase with stalled2 acyl carrier protein at 3.1 angstrom resolution Resolution 3.10 Å

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		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.						.	.	.	.	.					.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	A	K	E	A	G	Q	K	A	L	E	D	A	Q	I	P	.	.	.	.	.	Y	S	A	V	E	.	.	.	.	Q	A	C	V	G	Y	V	Y	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	V	L	V	S	V	V	E	A	F	I	A	S	G	I	T	D	P	Y	E	M	Y	K	Y	V	H	V	S	E	V	G	N	C	S	G	S	G	M	G	G	V	S	A	L	R	G	M	F	K	D	R	F	K	D	E	P	V	Q	N	D
Template Known Secondary structure														T	T			S	G	G	G					S		G	G	G								S	S											T	T	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1214	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.
									69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	T	S	G	Q	R	A	I	Y	H	S	L	G	L	T	G	I	P	I	I	N	V	N	N	N	C	S	T	G	S	T	A	L	F	M	A	H	Q	L	I	Q	G	G	L	A	N	C	V	L	A	L	G	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																									.
Template Sequence		I	L	Q	E	S	F	I	N	T	M	S	A	W	V	N	M	L	L	I	S	S	S	G	.	P	I	K	T	P	V	G	A	C	A	T	S	V	E	S	V	D	I	G	V	E	T	I	L	S	G	K	A	R	I	C	I	V	G	G	Y
Template Known Secondary structure							S	T	T										T	T				S	.								G	G	G															T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		1274	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.									.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	M	E	R	G	S	I	G	T	K	F	S	D	R	T	T	P	T	D	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	V	L	I	D	K	Y	G	L	S	A	H	P	I	T	P	Q	M	F	G	Y	A	G	K	E	H	M	E	K
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																			.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	D	F	.	Q	E	E	G	S	F	E	F	G	N	M	K	A	T	S	N	T	L	E	E	F	E	H	G	R	T	P	A	E	M	S	R	P	A	T	T	T	R	N	G	F	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					.											T	T		B									T	T			G	G	G	S			T	T	B	T	T			S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1333	.	.		.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	T	K	V	E	H	F	A	K	I	G	W	K	N	H	K	H	S	V	N	N	T	Y	S	Q	F	Q	D	E	Y	S	L	E	E	V	M	K	S	K	P	V	F	D	F	L	T	I	L	Q	C	C	P	T	S	D	G	A	A	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	Q	G	A	G	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																							1378	.	1380	.	.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	L	S	S	E	E	F	V	Q	Q	Y	G	L	Q	S	K	A	V	E	I	V	A	Q	E	M	M	T	D	L	P	S	T	F	E	E	K	S	I	I	K	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.										.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.										.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	I	I	M	Q	A	D	L	A	L	K	M	G	V	P	I	Y	G	I	.	V	A	M	A	A	T	A	T	D	.	.	.	.	.	K	I	G	R	S	V	P	A	P	G	K	G	I	L	T	T	A	R	E	H	H	S	S	V	K	Y
Template Known Secondary structure														T							.										.	.	.	.	.		S		S		T	T				S	G	G	G	G	G	G					S			S	S
Template Predicted Secondary structure																					.										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1385	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1410	.	.						.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	P	N	L	N	M	K	Y	R	K	R	Q	L	V	T	R	E	A	Q	I	K	D	W	V	E	N	E	L	E	A	L	K	L	E	A	E	E	I	P	S	E	D	Q	N	E	F	L	L	E	R	T	R	E	I	H	N	E	A	E
Template Known Secondary structure				G	G	G																																T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1439	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.
																	277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	D	M	S	K	E	A	A	R	R	C	Y	E	K	S	G	L	T	P	N	D	V	D	V	I	E	L	H	D	C	F	S	V	.	N	E	L	I	T	Y	E	A	L	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	L	R	A	A	Q	Q	Q	W	G	N	D	F	Y	K	R	D	P	R	I	A	P	L	R	G	A	L	A	T	Y	G	L	T	I	D	D	L	G	V	A	S	F	H	G	T	S	T	K	A	N	D	K	N	E	S	A	T	I	N
Template Known Secondary structure												T	T	S	T	T	T	T		S	S	S									T	T	T			G	G	G										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1499	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.		.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.																									.	.	.
Query SS confidence																																		.																									.	.	.
Query Sequence		L	C	P	E	G	Q	G	G	T	L	V	D	R	G	D	N	T	Y	G	G	K	W	V	I	N	P	S	G	G	L	I	S	.	K	G	H	P	L	G	A	T	G	L	A	Q	C	A	E	L	C	W	Q	L	R	G	E	A	.	.	.
Query Conservation																																		.																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.						.																									.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	E	M	M	K	H	L	G	R	S	E	G	N	P	V	I	G	.	.	.	V	F	Q	K	F	L	T	G	H	P	K	G	A	A	G	A	W	M	M	N	G	A	L	Q	I	L	N	S	G	I	I	P	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.							T			T	T						.	.	.			T						B		G	G	G														T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template SS confidence
										1559	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.
																							377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	R	Q	V	P	G	A	K	V	A	L	Q	H	N	L	G	L	G	G	A	V	V	V	T	L	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	R	N	A	D	N	V	D	K	I	L	E	Q	F	E	Y	V	L	Y	P	S	K	T	L	K	T	D	G	V	R	A	V	S	I	T	S	F	G	F	G	Q	K	G	G	Q	A	I	V
Template Known Secondary structure			T	T		S	S	B		G	G	G	G	G		T	T					S	S					S												T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1608	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.