Email l.a.kelley@imperial.ac.uk Description O43719 Date Wed May 9 18:03:47 BST 2012 Unique Job ID b2e2908703b3d74b

Secondary structure and disorder prediction

		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60
Sequence		M	S	G	T	N	L	D	G	N	D	E	F	D	E	Q	L	R	M	Q	E	L	Y	G	D	G	K	D	G	D	T	Q	T	D	A	G	G	E	P	D	S	L	G	Q	Q	P	T	D	T	P	Y	E	W	D	L	D	K	K	A	W	F
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?								?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?																			?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Sequence		P	K	I	T	E	D	F	I	A	T	Y	Q	A	N	Y	G	F	S	N	D	G	A	S	S	S	T	A	N	V	E	D	V	H	A	R	T	A	E	E	P	P	Q	E	K	A	P	E	P	T	D	A	R	K	K	G	E	K	R	K	A
Secondary structure
SS confidence
Disorder														?			?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?			?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
Sequence		E	S	G	W	F	H	V	E	E	D	R	N	T	N	V	Y	V	S	G	L	P	P	D	I	T	V	D	E	F	I	Q	L	M	S	K	F	G	I	I	M	R	D	P	Q	T	E	E	F	K	V	K	L	Y	K	D	N	Q	G	N	L
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?																																		?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Sequence		K	G	D	G	L	C	C	Y	L	K	R	E	S	V	E	L	A	L	K	L	L	D	E	D	E	I	R	G	Y	K	L	H	V	E	V	A	K	F	Q	L	K	G	E	Y	D	A	S	K	K	K	K	K	C	K	D	Y	K	K	K	L
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																						?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Sequence		S	M	Q	Q	K	Q	L	D	W	R	P	E	R	R	A	G	P	S	R	M	R	H	E	R	V	V	I	I	K	N	M	F	H	P	M	D	F	E	D	D	P	L	V	L	N	E	I	R	E	D	L	R	V	E	C	S	K	F	G	Q
Secondary structure
SS confidence
Disorder						?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Sequence		I	R	K	L	L	L	F	D	R	H	P	D	G	V	A	S	V	S	F	R	D	P	E	E	A	D	Y	C	I	Q	T	L	D	G	R	W	F	G	G	R	Q	I	T	A	Q	A	W	D	G	T	T	D	Y	Q	V	E	E	T	S	R
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																																?		?	?	?				?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Sequence		E	R	E	E	R	L	R	G	W	E	A	F	L	N	A	P	E	A	N	R	G	L	R	R	S	D	S	V	S	A	S	E	R	A	G	P	S	R	A	R	H	F	S	E	H	P	S	T	S	K	M	N	A	Q	E	T	A	T	G	M
Secondary structure
SS confidence
Disorder														?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?								?	?	?	?									?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Sequence		A	F	E	E	P	I	D	E	K	K	F	E	K	T	E	D	G	G	E	F	E	E	G	A	S	E	N	N	A	K	E	S	S	P	E	K	E	A	E	E	G	C	P	E	K	E	S	E	E	G	C	P	K	R	G	F	E	G	S	C
Secondary structure
SS confidence
Disorder																						?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Sequence		S	Q	K	E	S	E	E	G	N	P	V	R	G	S	E	E	D	S	P	K	K	E	S	K	K	K	T	L	K	N	D	C	E	E	N	G	L	A	K	E	S	E	D	D	L	N	K	E	S	E	E	E	V	G	P	T	K	E	S	E
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																									?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Sequence		E	D	D	S	E	K	E	S	D	E	D	C	S	E	K	Q	S	E	D	G	S	E	R	E	F	E	E	N	G	L	E	K	D	L	D	E	E	G	S	E	K	E	L	H	E	N	V	L	D	K	E	L	E	E	N	D	S	E	N	S
Secondary structure
SS confidence
Disorder																		?	?															?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
Sequence		E	F	E	D	D	G	S	E	K	V	L	D	E	E	G	S	E	R	E	F	D	E	D	S	D	E	K	E	E	E	E	D	T	Y	E	K	V	F	D	D	E	S	D	E	K	E	D	E	E	Y	A	D	E	K	G	L	E	A	A	D
Secondary structure
SS confidence
Disorder																					?	?																									?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720
Sequence		K	K	A	E	E	G	D	A	D	E	K	L	F	E	E	S	D	D	K	E	D	E	D	A	D	G	K	E	V	E	D	A	D	E	K	L	F	E	D	D	D	S	N	E	K	L	F	D	E	E	E	D	S	S	E	K	L	F	D	D
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																						?		?	?							?		?					?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Sequence		S	D	E	R	G	T	L	G	G	F	G	S	V	E	E	G	P	L	S	T	G	S	S	F	I	L	S	S	D	D	D	D	D	D	I
Secondary structure
SS confidence
Disorder			?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence

Confidence Key
High(9)											Low (0)

?	Disordered
	Alpha helix
	Beta strand