Job Description A0AVF1 Confidence 100.00% Date Sat Jun 16 10:27:57 BST 2012 Rank 9 Aligned Residues 456 % Identity 9% Template c4ebaC_ PDB info PDB header:structural protein/rna binding protein Chain: C: PDB Molecule:mrna 3'-end-processing protein rna14; PDBTitle: crystal structure of the rna14-rna15 complex Resolution 3.30 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.		.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.
Query SS confidence																																																																			.
Query Sequence		T	G	A	I	T	L	L	E	F	K	R	H	V	G	E	E	E	E	D	T	N	L	W	I	G	Y	C	A	F	H	L	G	D	Y	K	R	A	L	E	E	Y	E	N	A	T	K	E	E	N	C	N	S	E	V	W	V	N	L	A	C	T	Y	F	F	L	.	G	M	Y	K	Q	A	E	A	A	G	F	K	A	S
Query Conservation																																																																			.
Alig confidence																																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	V	I	G	K	L	N	D	M	I	E	E	Q	P	T	D	I	F	L	Y	V	K	L	L	K	H	H	V	S	L	K	Q	W	K	Q	V	Y	E	T	F	D	K	L	H	D	R	F	P	L	M	A	N	I	W	C	M	R	L	S	L	E	F	D	K	E	L	D	A	A	V	I	E	P	V	L	A	R	C	L
Template Known Secondary structure														S	S	T	T													G	G	G	T																	T	T													T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	S	R	L	Q	N	R	L	L	F	H	L	A	H	K	F	N	D	E	K	K	L	M	S	F	H	Q	N	L	Q	D	V	T	E	D	Q	L	S	L	A	S	I	H	Y	M	R	S	H	Y	Q	E	A	I	D	I	Y	K	R	I	L	L	D	N	R	E	Y	L	A	L	N	V	Y	V	A	L	C	Y	Y	K	L
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.
Template Conservation																.	.	.
Template Sequence		S	K	E	L	G	N	N	D	L	S	L	W	L	S	.	.	.	Y	I	T	Y	V	R	K	K	N	D	I	I	T	G	G	E	E	A	R	N	I	V	I	Q	A	F	Q	V	V	V	D	K	C	A	I	F	E	P	K	S	I	Q	F	W	N	E	Y	L	H	F	L	E	H	W	K	P	V	N	K	F	E	E	Q
Template Known Secondary structure		S	S	S	S											.	.	.							T	T	S		T	T	T	S	S	S																	T	T	T	T		T	T												T	T	S					S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.
Template SS confidence
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.				.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	Y	D	V	S	Q	E	V	L	A	V	Y	L	Q	Q	I	P	D	S	T	I	A	L	N	L	K	A	C	N	H	F	R	L	Y	N	G	R	A	A	E	A	E	L	K	S	L	M	D	N	A	S	S	S	F	E	F	A	K	E	L	I	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	R	V	Q	Y	I	R	K	L	Y	K	T	L	L	C	Q	P	M	D	C	L	E	S	M	W	Q	R	Y	T	Q	W	E	Q	D	V	N	Q	L	T	A	R	R	H	I	G	E	L	S	A	Q	Y	M	N	A	R	S	L	Y	Q	D	W	L	N	I	T	K	G	L	K	R	N	L	P	I	T	L	N	Q	A	T
Template Known Secondary structure															S	S	S			T	T												T	T	T	T		T	T	T					T	T	T																				T	T							S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																			263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	V	V	F	R	G	G	E	G	A	L	Q	V	L	P	P	L	V	D	V	I	P	E	A	R	L	N	L	V	I	Y	Y	L	R	Q	D	D	V	Q	E	A	.	Y	N	L	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template Conservation
Template Sequence		E	S	N	L	P	K	P	N	E	Y	D	V	Q	Q	L	L	I	W	L	E	W	I	R	W	E	S	D	N	K	L	E	L	S	D	D	L	H	K	A	R	M	T	Y	V	Y	M	Q	A	A	Q	H	V	C	F	A	P	E	I	W	F	N	M	A	N	Y	Q	G	E	K	N	T	D	S	T	V	I	T	K	Y	L
Template Known Secondary structure		S	S	S	S			T	T																			T			S																						T	T	T															T	S			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	L	E	P	T	T	P	Q	E	Y	I	L	K	G	V	V	N	A	A	L	G	Q	E	M	G	S	R	D	H	M	K	I	A	Q	Q	F	F	Q	L	V	G	G	S	A	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	D	T	I	P	G	R	Q	C	M	A	S	C
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.
Template Sequence		K	L	G	Q	Q	C	I	P	N	S	.	.	.	.	A	V	L	A	F	S	L	S	E	Q	Y	E	L	N	T	K	I	P	E	I	E	T	T	I	L	S	C	I	D	R	I	H	L	D	L	A	A	L	M	E	D	D	P	T	N	E	S	A	I	N	Q	L	K	S	K	L	T	Y	V	Y	C	V	Y	M	N	T
Template Known Secondary structure								S	T	T		.	.	.	.														T	T																										T		T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.					360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.			.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.
Query SS confidence																																					.	.
Query Sequence		F	F	L	L	K	Q	F	D	D	V	L	I	Y	L	N	S	F	K	S	Y	F	Y	N	D	D	I	F	N	F	N	Y	A	Q	A	K	.	.	A	A	T	G	N	T	S	E	G	E	E	A	F	L	L	I	Q	S	E	K	M	K	N	D	Y	I	Y	L	S	W	L	A	R	C	Y	I	M	N	K	K	P	R	L
Query Conservation																																					.	.
Alig confidence																																					.	.																						.
Template Conservation																																																												.
Template Sequence		M	K	R	I	Q	G	L	A	A	S	R	K	I	F	G	K	C	R	R	L	K	K	L	V	T	P	D	I	Y	L	E	N	A	Y	I	E	Y	H	I	S	K	D	T	K	T	A	C	K	V	L	E	L	G	L	K	Y	F	A	.	T	D	G	E	Y	I	N	K	Y	L	D	F	L	I	Y	V	N	E	E	S	Q
Template Known Secondary structure																				T	T	G	G	G	S		T															S											T	T					S	.	S														T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.		.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.					.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.
Query Sequence		A	W	E	L	Y	L	K	M	E	T	S	G	E	S	F	S	.	.	.	.	L	L	Q	L	I	A	N	D	C	Y	K	M	G	Q	F	Y	Y	S	A	K	A	F	D	V	L	E	R	L	D	P	N	P	E	Y	W	E	G	K	R	G	A
Query Conservation																		.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	S	L	F	E	S	S	I	D	K	I	S	D	S	H	L	L	K	M	I	F	Q	K	V	I	F	F	E	S	K	V	G	S	L	N	S	V	R	T	L	E	K	R	F	F	E	K	F	P	E	V	N	K	L	E	E	F	T	N	K
Template Known Secondary structure										T	T	T																						S																S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.