Job Description A0AVF1 Confidence 100.00% Date Sat Jun 16 10:27:57 BST 2012 Rank 12 Aligned Residues 402 % Identity 10% Template c2uy1A_ PDB info PDB header:rna-binding protein Chain: A: PDB Molecule:cleavage stimulation factor 77; PDBTitle: crystal structure of cstf-77 Resolution 2.0 Å

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		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	E	D	T	N	L	W	I	G	Y	C	A	F	H	L	G	D	Y	K	R	A	L	E	E	Y	E	N	A	T	K	E	E	N	C	N	S	E	V	W	V	N	L	A	C	T	Y	F	F	L	G	M	Y	K	Q	A	E	A	A	G	F	K	A	S	K	S	R	L	Q	N	R	L	L	F	H	L	A	H	K	F
Query Conservation
Alig confidence																																				.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		S	S	P	S	A	I	M	E	H	A	R	R	L	Y	M	S	K	D	Y	R	S	L	E	S	L	F	G	R	C	L	K	K	S	Y	.	N	L	D	L	W	M	L	Y	I	E	Y	V	R	K	V	S	K	L	Y	E	V	Y	E	F	T	L	G	Q	F	E	N	Y	W	D	S	Y	G	L	Y	K	E	Y	I	E	E
Template Known Secondary structure																	T	T													S	T	T			.																		T											S	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	E	K	K	L	M	S	F	H	Q	N	L	Q	D	V	T	E	D	Q	L	S	L	A	S	I	H	Y	M	R	S	H	Y	Q	E	A	I	D	I	Y	K	R	I	L	L	D	N	R	E	Y	L	A	L	N	V	Y	V	A	L	C	Y	Y	K	L	D	Y	Y	D	V	S	Q	E	V	L	A	V	Y	L	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	K	I	E	D	E	Q	T	R	I	E	K	I	R	N	G	Y	M	R	A	L	Q	T	P	M	G	S	L	S	E	L	W	K	D	F	E	N	F	E	L	E	L	N	K	I	T	G	K	K	I	V	G	D	T	L	P	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S		S	S																	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.											.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	P	D	S	T	I	A	L	N	L	K	A	C	N	H	F	R	L	Y	N	G	R	A	A	E	A	E	L	K	S	L	M	D	N	A	S	S	S	F	E	F	A	K	E	L	I	R	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	V	F	R	G	G	E	G	A	L	Q	V	L	P	P	L	V	D	V	I
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	S	S	F	Q	R	Y	Q	Q	I	Q	P	L	I	R	G	W	S	V	K	N	A	A	R	L	I	D	L	E	M	E	N	G	M	K	L	G	G	R	P	H	E	S	R	M	H	F	I	H	N	Y	I	L	D	S	F	Y	Y	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T		S													T		T	T																						T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	A	R	L	N	L	V	I	Y	Y	L	R	Q	D	D	V	Q	E	A	Y	N	L	I	K	D	L	E	P	T	T	P	Q	E	Y	I	L	K	G	V	V	N	A	A	L	G	Q	E	M	G	S	R	D	H	M	K	I	A	Q	Q	F	F	Q	L	V	G	G	S	A	S	E	C	D	T	I	P	G	R	Q	C
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	V	Y	F	F	Y	S	E	Y	L	I	G	I	G	Q	K	E	K	A	K	K	V	V	E	R	G	I	E	M	S	D	G	.	.	.	.	.	M	F	L	S	L	Y	Y	G	L	V	M	D	E	E	A	V	Y	G	D	L	K	R	K	Y	S	F	S	.	.	.	.	.	.	K	E	L	D	L	L	R	I	N
Template Known Secondary structure															T	T																		S	.	.	.	.	.	S										T	T		T										T				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.						.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.							.	.	.	.	.	.	.	280	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	S	C	F	F	L	L	K	Q	F	D	D	V	L	I	Y	L	N	S	F	K	S	Y	F	Y	N	D	D	I	F	N	F	N	Y	A	Q	A	K	A	A	T	G	N	T	S	E	G	E	E	A	F	L	L	I	Q	S	E	K	M	K	N	D	Y	I	Y	L	S	W	L	A	R	C	Y	I	M	N	K	K	P
Query Conservation
Alig confidence																																																														.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		H	L	N	Y	V	L	K	K	R	G	L	E	L	F	R	K	L	F	I	E	L	G	N	E	G	V	G	P	H	V	F	I	Y	C	A	F	I	E	Y	Y	A	T	G	S	R	A	T	P	Y	N	I	F	S	S	G	L	L	K	H	P	.	D	S	T	L	L	K	E	E	F	F	L	F	L	L	R	I	G	D	E
Template Known Secondary structure																							T	T	S																					S															T	.	T																T
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.		.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.								.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	A	W	E	L	Y	L	K	M	E	T	S	G	E	S	F	S	L	L	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	I	A	N	D	C	Y	K	M	G	Q	F	Y	Y	S	A	K	A	F	D	V	L	E	R	L	D	P	N	P	E	Y	W	E	G	K	R	G	A	C	V	G	I	F	Q	M	I
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	N	A	R	A	L	F	K	R	L	E	K	T	S	R	M	W	D	S	M	I	E	Y	E	F	M	V	G	S	M	E	L	F	R	E	L	V	D	Q	K	M	D	A	I	K	A	D	A	I	L	P	P	L	P	P	R	N	V	Q	M	E	G	I	L	G	R	Y	H	C	F	L	D	S	F
Template Known Secondary structure											S			B															S																		T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.