Job Description A0AVF1 Confidence 99.94% Date Sat Jun 16 10:27:57 BST 2012 Rank 20 Aligned Residues 468 % Identity 12% Template c1xi4D_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: D: PDB Molecule:clathrin heavy chain; PDBTitle: clathrin d6 coat Resolution 7.90 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.		.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		L	S	R	A	K	P	A	V	G	R	G	V	Q	H	T	D	K	R	K	K	K	G	R	K	I	P	K	L	E	E	L	L	S	K	.	R	D	F	T	G	A	I	T	L	L	E	F	K	R	H	V	G	E	E	E	E	D	T	N	L	W	I	G	Y	C	A	F	H	L	G	D	Y	K	R	A	L	E	E	Y	E
Query Conservation																																				.
Alig confidence																																				.												.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	N	I	A	I	S	N	E	L	F	E	E	A	F	A	I	F	R	K	F	D	V	N	T	S	A	V	Q	V	L	I	E	H	I	G	N	L	D	R	A	Y	E	F	A	E	.	.	.	.	.	R	C	N	E	P	A	V	W	S	Q	L	A	K	A	Q	L	Q	K	G	M	V	K	E	A	I	D	S	Y	I
Template Known Secondary structure										T												T	T												S													.	.	.	.	.	T		S		T															S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1055	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100						.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		N	A	T	K	E	E	N	C	N	S	E	V	W	V	N	L	A	C	T	Y	F	F	L	G	M	Y	K	Q	A	E	A	A	G	F	K	A	S	K	S	R	L	Q	N	R	L	L	F	H	L	A	H	K	F	N	D	E	K	K	L	M	S	F	H	Q	N	L	Q	D	.	V	T	E	D	Q	L	S	L	A	S	I
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence				.	.	.	.	.																																																														.
Template Conservation				.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	.	.	.	.	.	D	D	P	S	S	Y	M	E	V	V	Q	A	A	N	T	S	G	N	W	E	E	L	V	K	Y	L	Q	M	A	R	K	K	A	R	E	S	Y	V	E	T	E	L	I	F	A	L	A	K	T	N	R	L	A	E	L	E	E	F	I	N	G	P	N	N	A	H	I	Q	Q	V	G	D	R
Template Known Secondary structure		T	S	.	.	.	.	.							T									T	T													T	T	T				T	T											S	S	S											S				S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Y	M	R	S	H	Y	Q	E	A	I	D	I	Y	K	R	I	L	L	D	N	R	E	Y	L	A	L	N	V	Y	V	A	L	C	Y	Y	K	L	D	Y	Y	D	V	S	Q	E	V	L	A	V	Y	L	Q	Q	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	Y	D	E	K	M	Y	D	A	A	K	L	L	Y	N	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	F	G	R	L	A	S	T	L	V	H	L	G	E	Y	Q	A	A	V	D	G	A	R	K	A	N	S	T	R	T	W	K	E	V	C	F	A	C	V	D	G	K	E	F	R	L	A	Q	M	C	G	L	H	I
Template Known Secondary structure						T											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T												T	T												T	T	S	S		T											T	T								T		S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1205	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.									.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	D	S	T	I	A	L	N	L	K	A	C	N	H	F	R	L	Y	N	G	R	A	A	E	A	E	L	K	S	L	M	D	N	A	S	S	S	F	E	F	A	K	E	L	.	I	R	H	N	L	V	V	F	R	G	G	E	G	A	L	Q	V	L	P	P	L	V	D	V	I	P	E	A	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																														.																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																														.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	V	H	A	D	E	L	E	E	L	I	N	Y	Y	Q	D	R	G	Y	F	E	E	L	I	T	M	L	E	A	A	L	G	L	E	R	A	H	M	G	M	F	T	E	L	A	I	L	Y	S	K	F	K	P	Q	K	M	R	E	H	L	E	L	F	W	S	R	V	N	I	P	K	V	L	R	A	A	E	Q	A	H
Template Known Secondary structure											S	S	S					T	T										T	T	T	T	T	S	S	S																		G	G	G					T	T	S	S	G	G	G	S		S											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1277	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.
			288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																																														.	.
Query SS confidence		.																																																																														.	.
Query Sequence		.	R	L	N	L	V	I	Y	Y	L	R	Q	D	D	V	Q	E	A	Y	N	L	I	K	D	L	E	P	T	T	P	Q	E	Y	I	L	K	G	V	V	N	A	A	L	G	Q	E	M	G	S	R	D	H	M	K	I	A	Q	Q	F	F	Q	L	V	G	G	S	A	S	E	C	D	T	I	P	G	R	Q	C	.	.
Query Conservation		.																																																																														.	.
Alig confidence		.																																		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.											.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Sequence		L	W	A	E	L	V	F	L	Y	D	K	Y	E	E	Y	D	N	A	I	I	T	M	M	N	H	P	T	D	A	W	K	E	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	D	I	I	T	K	V	A	N	V	E	L	Y	Y	R	A	I	Q	F	Y	L	E	F	.	.	K	P	L	L	L	N	D	L	L	M	V	L
Template Known Secondary structure													T	T												S							T	T		.	.	.	.	.	.	.	.									S	S	T													T	.	.		S	T	T								T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template SS confidence
		1357	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390									.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.
										365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.										.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	S	C	F	F	L	L	K	Q	F	D	D	V	L	I	Y	L	N	S	F	K	S	Y	F	Y	N	D	D	I	F	N	F	N	Y	A	Q	A	K	A	A	T	G	N	T	S	E	G	E	E	A	F	L	L	I	Q	S	E	K	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		S	P	R	L	D	H	T	R	A	V	N	Y	F	S	K	V	K	Q	L	P	L	V	K	P	Y	L	R	S	V	Q	N	H	.	.	N	N	K	S	V	N	E	S	L	N	N	L	F	I	T	E	E	D	Y	Q	A	L	R	T	S	I	D	A	Y	D	N	F	D	N	I	S	L	A	Q	R	L	E	K	H	E	L
Template Known Secondary structure		S	S	S													T	S		T	T	T	S								G	G	G	.	.																T	T															S											T		S	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		1427	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.			.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.										.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	I	Y	L	S	W	L	A	R	C	Y	I	M	N	K	K	P	R	L	A	W	E	L	Y	L	K	M	E	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	S	F	S	L	L	Q	L	I	A	N	D	C	Y	K	M	G	Q	F	Y	Y	S	A	K	A	F	D	V	L	E	R	L	D	P	N	P	E	Y	W	E
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	E	F	R	R	I	A	A	Y	L	F	K	G	N	N	R	W	K	Q	S	V	E	L	C	K	K	D	S	L	Y	K	D	A	M	Q	Y	A	S	E	S	K	D	T	E	L	A	E	E	L	L	Q	W	F	L	Q	E	E	K	R	E	C	F	G	A	C	L	F	T	C	Y	D	L	L	R	P	D	V	V	L	E
Template Known Secondary structure													T	T	S	S												T														S															T	T													S			S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1505	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.
		499	500
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	A
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1585	.