Job Description A0AVI2 Confidence 99.95% Date Wed May 9 17:44:31 BST 2012 Rank 1 Aligned Residues 226 % Identity 27% Template c1dqvA_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: A: PDB Molecule:synaptotagmin iii; PDBTitle: crystal structure of synaptotagmin iii c2a/c2b Resolution 3.20 Å

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		1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																															.	.
Query SS confidence																																					.																															.	.
Query Sequence		P	Q	P	C	L	V	R	V	Y	M	V	R	A	I	N	L	Q	P	Q	D	Y	N	G	L	C	D	P	Y	V	I	L	K	L	G	K	.	T	E	L	G	N	R	D	M	Y	Q	P	N	T	L	D	P	I	F	G	M	M	F	E	L	T	C	N	I	P	L	.	.	E	K	D	L	E	I	Q	L	Y	D	F	D
Query Conservation																																					.																															.	.
Alig confidence																																					.																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	S	D	Q	L	V	V	R	I	L	Q	A	L	D	L	P	A	K	D	S	N	G	F	S	D	P	Y	V	K	I	Y	L	L	P	D	R	K	K	K	F	Q	T	K	V	H	R	K	T	L	N	P	I	F	N	E	T	F	Q	F	S	V	P	L	A	E	L	A	Q	R	K	L	H	F	S	V	Y	D	F	D
Template Known Secondary structure		S	S	S																	S	T	T	S											T	T	S	T	T	S									S		S	S													G	G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		1587	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	S	P	D	D	K	I	G	T	T	V	I	D	L	E	N	R	L	L	S	G	F	G	A	H	C	G	L	S	K	S	Y	C	Q	S	G	P	F	R	W	R	D	Q	M	P	P	S	Y	L	L	E	R	Y	A	K	R	K	G	L	P	P	P	L	F	S	P	E	E	D	A	V	F	Y	N	G	K	K	F	K
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	S	R	H	D	L	I	G	Q	V	V	L	D	N	L	L	E	L	A	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S													T	T	G	G	G	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		1667	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	S	F	E	P	K	T	P	T	V	H	G	L	G	P	K	K	E	R	L	A	L	Y	L	L	H	T	Q	G	L	V	P	E	H	V	E	T	R	T	L	Y	S	H	S	Q	P	G	I	D	Q	G	K	V	Q	M	W	V	D	I	F	P	K	K	L	G	P	P	G	P	Q	V	N	I	N	P	R	K	P	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	D	R	P	L	W	R	D	I	L	E	G	G	S	E	K	A	D	L	G	E	L	N	F	S	L	C	Y	L	P	T	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S								B			S	S			S													T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		1747	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790			.	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.
Query SS confidence																																														.	.
Query Sequence		R	K	A	S	E	H	S	G	H	R	Y	E	L	R	C	I	I	W	K	T	A	N	V	D	L	V	D	D	N	L	S	R	E	K	T	S	D	I	Y	I	K	G	W	L	.	.	Y	G	L	E	K	D	M	Q	K	T	D	I	H	Y	H	S	L	T	G	E	A	D	F	N	W	R	F	I	F	T	M	D	Y	L
Query Conservation																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.												.	.																			.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.																																.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	T	V	T	I	I	K	A	S	N	L	K	A	M	D	L	T	.	.	.	.	G	F	S	D	P	Y	V	K	A	S	L	I	S	E	G	R	R	L	K	K	R	K	T	S	I	K	K	N	T	L	N	.	.	P	T	Y	N	E	A	L	V	F	D	V	A	P	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S					S	S	S	.	.	.	.	S												T	T			T	T	S									S		S	S	.	.													S	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.																																.	.
Template SS confidence
													445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.					.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.			.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
		1825	.	.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1870	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	E	R	T	C	V	Q	S	Q	K	D	Y	I	W	S	L	D	A	T	S	M	K	F	P	A	R	L	I	I	Q	V	W	D	N	D	I	F	S	P	D	D	F	L	G	V	L	E	L	D	L	S	D
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	V	E	N	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	I	A	V	V	D	Y	D	C	I	G	H	N	E	V	I	G	V	C	R	V	G	P	E	A
Template Known Secondary structure		G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S											S	S		T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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