Job Description P27986 Confidence 100.00% Date Tue Apr 3 14:59:12 BST 2012 Rank 2 Aligned Residues 247 % Identity 26% Template c2oq1A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:tyrosine-protein kinase zap-70; PDBTitle: tandem sh2 domains of zap-70 with 19-mer zeta1 peptide Resolution 1.90 Å

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		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350			.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.																																					.
Query SS confidence																										.	.																																					.
Query Sequence		S	L	Q	D	A	E	W	Y	W	G	D	I	S	R	E	E	V	N	E	K	L	R	D	T	.	.	A	D	G	T	F	L	V	R	D	A	S	T	K	M	H	G	D	Y	T	L	T	L	R	K	G	G	N	N	K	L	I	K	I	F	H	R	.	D	G	K	Y	G	F	S	D	P	L	T	F	S	S	V	V	E
Query Conservation																										.	.																																					.
Alig confidence																										.	.														.																							.
Template Conservation																																									.
Template Sequence		P	A	A	H	L	P	F	F	Y	G	S	I	S	R	A	E	A	E	E	H	L	K	L	A	G	X	A	D	G	L	F	L	L	R	Q	C	L	R	S	.	L	G	G	Y	V	L	S	L	V	H	D	V	R	F	H	H	F	P	I	E	R	Q	L	N	G	T	Y	A	I	A	G	G	K	A	H	C	G	P	A	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	T		T	T	B		B	S													T	T			T	T								S	S	S	.	T	T									T	T											T	T	S					T	T	S			B	S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.		.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	N	H	Y	R	N	E	S	L	A	Q	Y	N	P	K	L	D	V	K	L	L	Y	P	V	S	K	Y	Q	Q	D	Q	V	V	K	E	D	N	I	E	A	V	G	K	K	L	H	E	Y	N	T	Q	F	Q	E	K	S	R	E	Y	D	R	L	Y	E	E	Y	T	R	T	S	Q	E	I	Q	M	K	R	T	A
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	C	E	F	Y	S	R	D	P	D	G	.	.	.	.	.	L	P	C	N	L	R	K	P	C	N	R	P	S	G	L	E	P	Q	P	G	V	F	D	C	L	R	D	A	X	V	R	D	Y	V	R	Q	T	W	K	L	E	G	E	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T	.	.	.	.	.	S	S	S				S	B					T	T				B																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.						.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	A	F	N	E	T	I	K	I	F	E	E	Q	C	Q	T	Q	E	R	Y	S	K	E	Y	I	E	K	F	K	R	E	G	N	E	K	E	I	Q	R	I	M	H	N	Y	D	K	L	K	S	R	I	S	E	I	I	D	S	R	R	R	L	E	E	D	L	K	K	Q	A	A	E	Y	R	E	I	D	K	R	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	A	I	I	S	Q	A	P	Q	V	E	K	L	I	A	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.			.	640	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.
Query SS confidence																																																																													.	.
Query Sequence		N	S	I	K	P	D	L	I	Q	L	R	K	T	R	D	Q	Y	L	M	W	L	T	Q	K	G	V	R	Q	K	K	L	N	E	W	L	G	N	E	N	T	E	D	Q	Y	S	L	V	E	D	D	E	D	L	P	H	H	D	E	K	T	W	N	V	G	S	S	N	R	N	K	A	E	N	L	L	.	.	R	G	K
Query Conservation																																																																													.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	H	E	R	X	P	W	Y	H	S	S	L	T	R	E	E	A	E	R	K	L	Y	S	G	A	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	S	T	T	B		S	S												S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																								159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	G	T	F	L	V	R	E	S	S	K	Q	G	C	Y	A	C	S	V	V	V	D	G	E	V	K	H	C	V	I	N	K	T	A	T	G	Y	G	F	A	E	P	Y	N	L	Y	S	S	L	K	E	L	V	L	H	Y	Q	H	T	S	L	V	Q	H	N	D	S	L	N	V	T	L	A	Y	P	V	Y
Query Conservation
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	G	K	F	L	L	R	P	R	K	E	Q	G	T	Y	A	L	S	L	I	Y	G	K	T	V	Y	H	Y	L	I	S	Q	D	K	A	G	K	Y	C	I	P	E	G	T	K	F	D	T	L	W	Q	L	V	E	Y	L	K	L	K	A	.	.	.	.	.	D	G	L	I	Y	C	L	K	E	A	C	P
Template Known Secondary structure			T	T								S	S	T	T									T	T											T	T	S				S	T	T	S			B	S	S													.	.	.	.	.	T	T	S	S	S				S	B
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.						.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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