Job Description A0FGR8 Confidence 100.00% Date Sat Jun 16 10:27:15 BST 2012 Rank 1 Aligned Residues 237 % Identity 36% Template c2r83B_ PDB info PDB header:endocytosis, exocytosis Chain: B: PDB Molecule:synaptotagmin-1; PDBTitle: crystal structure analysis of human synaptotagmin 1 c2a-c2b Resolution 2.70 Å

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		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420				.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.			.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.																										.	.
Query SS confidence																																														.	.	.																										.	.
Query Sequence		Q	L	R	F	P	V	P	K	G	V	L	R	I	H	F	I	E	A	Q	D	L	Q	G	K	D	T	Y	L	K	G	L	V	K	G	K	S	D	P	Y	G	I	I	R	V	.	.	.	G	N	Q	I	F	Q	S	R	V	I	K	E	N	L	S	P	K	W	N	E	V	Y	E	A	L	.	.	V	Y	E	H	P	G
Query Conservation																																														.	.	.																										.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.													.	.	.																										.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	D	Y	D	F	Q	N	N	Q	L	L	V	G	I	I	Q	A	A	E	L	P	A	L	D	M	.	.	.	.	.	.	G	G	T	S	D	P	Y	V	K	V	F	L	L	P	D	K	K	K	K	F	E	T	K	V	H	R	K	T	L	N	P	V	F	N	E	Q	F	T	F	K	V	P	Y	S	E	L	A	G
Template Known Secondary structure							T	T	T	T														S		S	S	.	.	.	.	.	.	T	T												T			S										S		S	S													G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.							.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.		.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.							.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	E	L	E	I	E	L	F	D	E	D	P	.	D	K	D	D	F	L	G	S	L	M	I	D	L	I	E	V	E	K	E	R	L	L	D	E	W	F	T	L	D	E	V	P	K	.	.	.	.	.	.	G	K	L	H	L	R	L	E	W	L	T	L	M	P	N	A	S	N	L	D	K	V	L	T	D	I	K	A
Query Conservation														.																																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																																		.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	L	V	M	A	V	Y	D	F	D	R	F	S	K	H	D	I	I	G	E	F	K	V	P	M	N	T	V	D	F	G	H	V	T	E	E	W	R	D	L	Q	S	A	E	K	E	E	Q	E	K	L	G	D	I	C	F	S	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													S	S	S												G	G	G				S	S									B			S	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	D	Q	A	N	D	G	L	S	S	A	L	L	I	L	Y	L	D	S	A	R	N	L	P	S	G	K	K	I	S	S	N	P	N	P	V	V	Q	M	S	V	G	H	K	A	Q	E	S	K	I	R	Y	K	T	N	E	P	V	W	E	E	N	F	T	F	F	I	H	N	P	K	R	Q	D	L	E	V	E	V
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	E	Q	H	Q	C	S	L	G	N	L	K	V	P	L	S	Q	L	L	T	S	E	D	M	T	V	S	Q	R	F	Q	L	S	N	S	G	P	N	S	T	I	K	M	K	I	A	L	R	V	L	H	L	E	K	R	E	R	P	P	D	H	Q	H	S	A	Q	V	K	R	P	S	V	S	K	E	G	R	K	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	K	S	H	M	S	G	S	P	G	P	G	G	S	N	T	A	P	S	T	P	V	I	G	G	S	D	K	P	G	M	E	E	K	A	Q	P	P	E	A	G	P	Q	G	L	H	D	L	G	R	S	S	S	S	L	L	A	S	P	G	H	I	S	V	K	E	P	T	P	S	I	A	S	D	I	S	L	P	I
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		765	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820		.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		A	T	Q	E	L	R	Q	R	L	R	Q	L	E	N	G	T	T	L	G	Q	S	P	L	G	Q	I	Q	L	T	I	R	H	S	S	Q	R	N	K	L	I	V	V	V	H	A	C	R	N	L	I	A	F	S	E	D	G	.	S	D	P	Y	V	R	M	Y	L	L	P	D	K	R	R	S	G	R	R	K	T	H	V
Query Conservation																																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	P	T	A	G	K	L	T	V	V	I	L	E	A	K	N	L	K	K	M	D	V	G	G	L	S	D	P	Y	V	K	I	H	L	M	Q	N	G	K	R	L	K	K	K	K	T	T	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T											S					S	T	T	S													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		844	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.													.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	K	T	L	N	P	V	F	D	Q	S	F	D	F	S	V	S	L	P	E	V	Q	R	R	T	L	D	V	A	V	K	N	S	G	G	F	L	S	K	D	K	G	L	L	G	K	V	L	V	A	L	A	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	A	K	G	W	T	Q	W	Y	D	L	T
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.
Template Sequence		K	K	N	T	L	N	P	Y	Y	N	E	S	F	S	F	E	V	P	F	E	Q	I	Q	K	V	Q	V	V	V	T	V	L	D	Y	D	K	I	G	.	.	K	N	D	A	I	G	K	V	F	V	G	Y	N	S	T	G	A	E	L	R	H	W	S	D	M	L	A	N	P	R	R	P	I	A	Q	W	H	T	L	Q
Template Known Secondary structure				S		S	S													T	T	T	G	G	G												S	S	S	.	.												T	T															S	T	T	S									B
Template Predicted Secondary structure																																								.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.			.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
		912
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		409