Job Description P08100 Confidence 100.00% Date Wed Jun 6 09:21:49 BST 2012 Rank 15 Aligned Residues 283 % Identity 22% Template c3v2yA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:sphingosine 1-phosphate receptor 1, lysozyme chimera; PDBTitle: crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a Resolution 2.80 Å

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		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Y	P	Q	Y	Y	L	A	E	P	W	Q	F	S	M	L	A	A	Y	M	F	L	L	I	V	L	G	F	P	I	N	F	L	T	L	Y	V	T	V	Q	H	K	K	L	R	T	P	L	N	Y	I	L	L	N	L	A	V	A	D	L	F	M	V	L	G	G	F	T	S	T	L	Y	T	S	L	H	G	Y	F	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																															.
Template Conservation																																																																															.
Template Sequence		G	K	L	N	I	S	A	D	K	E	N	S	I	K	L	T	S	V	V	F	I	L	I	C	C	F	I	I	L	E	N	I	F	V	L	L	T	I	W	K	T	K	K	F	H	R	P	M	Y	Y	F	I	G	N	L	A	L	S	D	L	L	A	G	V	A	Y	T	A	N	L	L	L	S	G	A	T	T	.	Y	K
Template Known Secondary structure		T		S	G	G	G	G	S	S																																	S	T	T		S																											S	G	G	G	G	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																															.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.		110	.
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	P	T	G	C	N	L	E	G	F	F	A	T	L	G	G	E	I	A	L	W	S	L	V	V	L	A	I	E	R	Y	V	V	V	C	K	P	M	S	N	F	R	F	G	E	N	H	A	I	M	G	V	A	F	T	W	V	M	A	L	A	C	A	A	P	P	L	A	G	W	S	R	Y	I	P	E	G	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	T	P	A	Q	W	F	L	R	E	G	S	M	F	V	A	L	S	A	S	V	F	S	L	L	A	I	A	I	E	R	Y	I	T	M	L	K	N	N	F	R	L	F	.	.	.	.	.	.	.	L	L	I	S	A	C	W	V	I	S	L	I	L	G	G	L	P	I	M	G	W	N	C	I	S	A	L	S	S	C
Template Known Secondary structure		S																																											.	.	.	.	.	.	.																T	T	T	T	T		B		T	T		G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.								.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	S	C	G	I	D	Y	Y	T	L	K	P	E	V	N	N	E	S	F	V	I	Y	M	F	V	V	H	F	T	I	P	M	I	I	I	F	F	C	Y	G	Q	L	V	F	T	V	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	V	L	P	L	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	H	Y	I	L	F	C	T	T	V	F	T	L	L	L	L	S	I	V	I	L	Y	C	R	I	Y	S	L	V	R	T	R	N	I	F	E	M	L	R	I	D	E	G	L	R	L	K	I	Y	K	D	T	E	G	Y	Y	T	I	G	I	G	H	L
Template Known Secondary structure			S	S	S	T	T	B	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										S				S	S					S	S	S	S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.										200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	K	S	P	S	L	N	A	A	K	S	E	L	D	K	A	I	G	R	N	T	N	G	V	I	T	K	D	E	A	E	K	L	F	N	Q	D	V	D	A	A	V	R	G	I	L	R	N	A	K	L	K	P	V	Y	D	S	L	D	A	V	R	R	A	A	L	I	N	M	V	F	Q	M	G	E	T	G	V	A
Template Known Secondary structure				S	S	S														T	S			T	T																							T	T		T	T	T							S															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1033	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.
																																											233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	A	Q	Q	Q	E	S	A	T	T	Q	K	A	E	K	E	V	T	R	M	V	I	I	M	V	I	A	F	L	I	C	W	V	P	Y	A	S	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	T	N	S	L	R	M	L	Q	Q	K	R	W	D	E	A	A	V	N	L	A	K	S	R	W	Y	N	Q	T	P	N	R	A	K	R	V	I	T	T	F	R	T	G	T	W	D	A	Y	A	S	R	S	S	E	N	V	A	L	L	K	T	V	I	I	V	L	S	V	F	I	A	C	W	A	P	L	F	I	L
Template Known Secondary structure		T										T	T												S						S															S	G	G	G	T		S	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1113	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.		.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		A	F	Y	I	F	T	H	Q	G	S	.	N	F	G	P	I	F	M	T	I	P	A	F	F	A	K	S	A	A	I	Y	N	P	V	I	Y	I	M	M	N	K	Q	F	R	N	C	M	L	T	T	I	C	C	G
Query Conservation												.
Alig confidence												.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	L	D	V	G	C	K	V	K	T	C	D	I	L	F	R	A	E	Y	F	L	V	L	A	V	L	N	S	G	T	N	P	I	I	Y	T	L	T	N	K	E	M	R	R	A	F	I	R	I	M	G	R	P
Template Known Secondary structure							T	S		T	T	T		S	T	T	T	S											G	G	G	T																		T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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