Job Description A0PJK1 Confidence 93.82% Date Tue Apr 3 14:59:03 BST 2012 Rank 9 Aligned Residues 359 % Identity 14% Template d2a65a1 SCOP info SNF-like SNF-like SNF-like Resolution 1.65

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		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.						.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																																																		.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.																																																		.	.
Query Sequence		A	S	L	F	A	S	S	E	G	S	G	L	F	I	G	L	A	G	S	G	A	A	G	G	.	.	.	.	.	L	A	V	A	G	F	E	W	N	A	T	Y	V	L	L	A	L	A	W	V	F	V	P	I	Y	I	S	S	E	I	V	T	L	P	E	Y	I	Q	K	R	Y	G	G	Q	R	I	R	M	Y	.	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.																																																		.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																																																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	M	A	G	N	A	V	G	L	G	N	F	L	R	F	P	V	Q	A	A	E	N	G	G	G	A	F	M	I	P	Y	I	I	A	F	L	L	V	G	I	P	L	M	W	I	E	W	A	M	G	R	Y	G	G	A	Q	G	H	G	T	T	P	A	I	F	Y	L	L	W	R	N	R	F	A	K	I	L	G	V
Template Known Secondary structure									S	S					T									T	T	T														T																	T	T	T			S									S		S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	V	L	S	L	L	L	S	V	F	T	K	I	S	L	D	L	Y	A	G	A	L	F	V	H	I	C	L	G	W	N	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	T	I	L	T	L	G
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	L	W	I	P	L	V	V	A	I	Y	Y	V	Y	I	E	S	W	T	L	G	F	A	I	K	F	L	V	G	L	V	P	E	P	P	P	T	D	P	D	S	I	L	R	P	F	K	E	F	L	Y	S	Y	I	G	V	P	K	G	D	E	P	I	L	K	P	S	L	F	A	Y	I	V	F	L	I	T	M	F
Template Known Secondary structure																															T																										T			S	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.					.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.
Query Sequence		I	T	A	L	Y	T	I	A	G	G	L	A	A	V	I	Y	T	D	A	L	Q	T	L	I	M	V	V	G	A	V	I	L	T	I	K	A	F	D	Q	I	.	.	.	.	G	G	Y	G	Q	L	E	A	A	Y	A	Q	A	I	P	S	R	T	I	A	N	T	T	C	H	L	P	R	T	D	A	M	H	M	F	R
Query Conservation																																										.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	N	V	S	I	L	I	R	G	I	S	K	G	I	E	R	F	A	K	I	A	M	P	T	L	F	I	L	A	V	F	L	V	I	R	V	F	L	L	E	T	P	N	G	T	A	A	D	G	L	N	F	L	W	T	P	D	F	E	K	L	K	D	P	G	V	W	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T		T	T	T	T																								T	T				T	T												S			T	T	S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	H	T	G	D	L	P	W	T	G	M	T	F	G	L	T	I	M	A	T	W	Y	W	C	T	D	Q	V	I	V	Q	R	S	L	S	A	R	D	L	N	H	A	K	A	G	S	I	L	A	S	Y	L	K	M	L	P	M	G	L	I	I	M	P	G	M	I	S	R	A	L	F	P	D	D	V	G	C	V	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	V	G	Q	I	F	F	T	L	S	L	G	F	G	A	I	I	T	Y	A	S	Y	V	R	K	D	Q	D	I	V	L	S	G	L	T	A	A	T	L	N	E	K	A	E	V	I	L	G	G	S	I	S	I	P	A	A	V	A	F	F	G	V	A	N	A	V	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T	S	S							T	T	S		T	T	S																			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360					.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.
Query Sequence		P	S	E	C	L	R	A	C	G	A	E	V	G	C	S	N	I	A	Y	P	K	L	V	M	E	L	.	.	.	.	M	P	I	G	L	R	G	L	M	I	A	V	M	L	A	A	L	M	S	S	L	T	S	I	F	N	S	S	S	T	L	F	T	M	D	I	W	R	R	L	R	P	R	S	G	E	R	E	L	L
Query Conservation																												.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																																	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	A	F	N	L	G	F	I	T	L	P	A	I	F	S	Q	T	A	G	G	T	F	L	G	F	L	W	F	F	L	L	F	F	A	G	L	T	S	S	I	A	I	M	Q	P	M	I	A	F	L	.	E	D	E	L	K	L	S	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.			S	S					T							T	T	S	T	T																																.			T	S						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		314	.	.									.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.		.	.	370	.	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	G	R	L	V	I	V	A	L	I	G	V	S	V	A	W	I	P	V	L	Q	D	S	N	S	G	Q	L	F	I	Y	M	Q	S	V	T	S	S	L	A	P	P	V	T	A	V	F	V	L	G	V	F	W	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	H	A	V	L	W	T	A	A	I	V	F	F	S	A	H	L	V	M	F	L	N	K	S	L	D	E	M	D	F	W	A	G	T	I	G	V	V	F	F	G	L	T	E	L	I	I	F	F	W	I	F	G	A
Template Known Secondary structure		.	.	.																				B	T	T									T	T	T																T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.