Job Description A0PJK1 Confidence 100.00% Date Tue Apr 3 14:59:03 BST 2012 Rank 2 Aligned Residues 499 % Identity 26% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	N	G	Y	F	L	A	G	R	D	M	T	W	W	P	I	G	A	S	L	F	A	S	S	E	G	S	G	L	F	I	G	L	A	G	S	G	A	A	G	G	L	A	V	A	G	F	E	W	N	A	T	Y	V	L	L	A	L	A	W	V	F	V	P	I	Y	I	S	S	E	I	V	T	L	P	E	Y	I	Q	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		X	X	X	X	X	X	A	G	K	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K
Template Known Secondary structure										S																	S					T									T		G	G	G																		T							T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Y	G	G	Q	R	I	R	M	Y	L	S	V	L	S	L	L	L	S	V	F	T	K	I	S	L	D	L	Y	A	G	A	L	F	V	H	I	C	L	G	W	N	F	Y	L	S	T	I	L	T	L	G	I	T	A	L	Y	T	I	A	G	G	L	A	A	V	I	Y	T	D	A	L	Q	T	L	I	M	V	V	G
Query Conservation
Alig confidence										.
Template Conservation										.
Template Sequence		R	F	N	K	K	L	K	T	.	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y
Template Known Secondary structure			T							.													T																	T	T																	T	T				S
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		121	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	I	L	T	I	K	A	F	D	Q	I	G	G	Y	G	Q	L	E	A	A	Y	A	Q	A	I	P	S	R	T	I	A	N	T	T	C	H	L	P	R	T	D	A	M	H	M	F	R	D	P	H	T	G	D	L	P	W	T	G	M	T	F	G	L	T	I	M	A	T	W	Y	W	C	T	D	Q	V	I	V	Q
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	V	S	F	I	G	G	T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q
Template Known Secondary structure									T	T	S														G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G	G	S		T	T					S	T									T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.														.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	L	S	A	R	D	L	N	H	A	K	A	G	S	I	L	A	S	Y	L	K	M	L	P	M	G	L	I	I	M	P	G	M	I	S	R	A	L	F	P	D	D	V	G	C	V	V	P	S	E	C	L	R	A	C	G	A	E	V	G	C	S	N	I	A	Y	P	K	L	V	M	E	L	M	P	I	G	L	R
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		R	T	L	A	A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L	K	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	.	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K
Template Known Secondary structure					S	S	S																			G	G	G	T	T																						T	T			S					S	S	S	G	G	G				.				T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340		.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		G	L	M	I	A	V	M	L	A	A	L	M	S	S	L	T	S	I	F	N	S	S	S	T	L	F	T	M	D	I	W	R	R	.	L	R	P	R	S	G	E	R	E	L	L	L	V	G	R	L	V	I	V	A	L	I	G	V	S	V	A	W	I	P	V	L	Q	D	S	N	S	G	Q	L	F	I	Y	M	Q	S
Query Conservation																																			.
Alig confidence																																			.																																					.	.
Template Conservation																																																																								.	.
Template Sequence		G	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T	A	T	I	F	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	.	.	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E
Template Known Secondary structure																															T							S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.			.	.	.	.	.	.	.	.
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	S	S	L	A	P	P	V	T	A	V	F	V	L	G	V	F	W	R	R	A	N	E	Q	G	A	F	W	G	L	I	A	G	L	V	V	G	A	T	R	L	V	L	E	F	L	N	P	A	P	P	C	G	E	P	D	T	R	P	A	V	L	G	S	I	H	Y	L	H	F	A	V	A	L	F	A	L	S	G
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K	K	T	T	S	K	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M
Template Known Secondary structure				T	T	T															T	T																						T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	V	V	A	G	S	L	L	T	P	P	P	Q	S	V	Q	I	E	N	L	T	W	W	T	L	A	Q	D	V	P	L	G	T	K	A	G	D	G	Q	T	P	Q	K	H	A	F	W	A	R	V	C	G	F	N	A	I	L	L	M	C	V	N	I	F	F	Y	A	Y	F
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I	S	V	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	M	F	V	T	D	R	S	F	N	I	A	A	Y	G	I	M	I	V	L	A	V	L	Y	T	L	F	W	V	L	Y
Template Known Secondary structure										T	T		S	S	S	S		T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S						T	T																					T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.																.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.