Job Description Q92569 Confidence 98.20% Date Fri May 25 09:38:24 BST 2012 Rank 105 Aligned Residues 274 % Identity 11% Template c1yvlB_ PDB info PDB header:signaling protein Chain: B: PDB Molecule:signal transducer and activator of transcription PDBTitle: structure of unphosphorylated stat1 Resolution 3.00 Å

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		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	N	I	D	A	V	G	K	K	L	Q	E	Y	H	S	Q	Y	Q	E	K	S	K	E	Y	D	R	L	Y	E	E	Y	T	R	T	S	Q	E	I	Q	M	K	R	T	A	I	E	A	F	N	E	T	I	K	I	F	E	E	Q	C	H	T	Q	E	Q	H	S	K	E	Y	I	E	R	F	R	R	E	G	N	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	S	K	V	R	N	V	K	D	K	V	M	C	I	E	H	E	I	K	S	L	E	D	L	Q	D	E	Y	D	F	K	C	K	T	L	Q	N	R	E	H	D	Q	K	Q	E	Q	L	L	L	K	K	M	Y	L	M	L	D	N	K	R	K	E	V	V	H	K	I	I	E	L	L	N	V	T	E	L	T	Q	N	A
Template Known Secondary structure																																					T	T					T	T			T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1143	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.
		251	.			.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.
Query SS confidence				.	.
Query Sequence		K	E	.	.	I	E	R	I	M	M	N	Y	D	K	L	K	S	R	L	G	E	I	H	D	S	K	M	R	L	E	Q	D	L	K	N	Q	A	L	D	N	R	E	I	D	K	K	M	N	S	I	K	P	D	L	I	Q	L	R	K	I	R	D	Q	H	L	V	W	L	N	H	K	G	V	R	Q	K	R	L	N	V
Query Conservation				.	.
Alig confidence				.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	N	D	E	L	V	E	W	K	R	R	Q	Q	S	A	C	I	G	G	P	P	N	A	C	L	D	Q	L	Q	N	W	F	T	I	V	A	E	S	L	Q	Q	V	R	Q	Q	L	K	K	L	E	E	L	E	Q	K	Y	T	Y	E	H	D	P	I	T	K	N	K	Q	V	L	W	D	R	T	F	S	L	F	Q
Template Known Secondary structure					T															T		S					S																																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1231	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	G	I	K	N	E	D	A	D	E	N	Y	F	I	N	E	E	D	E	N	L	P	H	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	I	Q	S	S	F	V	V	E	R	Q	P	C	M	P	T	H	P	Q	R	P	L	V	L	K	T	G	V	Q	F	T	V	K	L	R	L	L	V	K	L	Q	E	L	N	Y	N	L	K	V	K	V	L	F	D	K	D	V	N	E	R	N	T	V	K	G	F	R	K	F	N	I	L	G	T	H	T	K	V	M
Template Known Secondary structure							T										T	T		T	T		T	T				T	T	S									S	S			G	G	G	T	T									S		S		S	T	T	T	S	S	S	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1311	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	M	E	E	S	T	N	G	S	L	A	A	E	F	R	H	L	Q	L	K	E	Q	G	P	L	I	V	T	E	E	L	H	S	L	S	F	E	T	Q	L	C	Q	P	G	L	V	I	D	L	E	T	T	S	L	P	V	V	V	I	S	N	V	S	Q	L	P	S	G	W	A	S	I	L	W	Y	N	M	L	V	A
Template Known Secondary structure						S	S	S																		S	S		S															T	T										S						S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1391	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	R	N	L	S	F	F	L	T	P	P	C	A	R	W	A	Q	L	S	E	V	L	S	W	Q	F	S	S	V	T	K	R	G	L	N	V	D	Q	L	N	M	L	G	E	K	L	L	G	P	N	A	S	P	D	G	L	I	P	W	T	R	F	C	K	E	N	I	N	D	K	N	F	P	F	W	L	W	I	E
Template Known Secondary structure		S	S			S			T	T	S																		T	T	T	S	S																S		S	S			T	T										T	S			T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
															354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.			.	.	390	.	.	.	.	.	.	.				.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.											.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.											.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	K	T	W	F	V	E	D	I	N	R	V	Q	A	E	D	L	L	Y	G	K	P	D	G	A	F	L	I	R	E	S	S	K	.	.	K	G	C	Y	A	C	S	V	V	A	.	.	.	D	G	E	V	K	H	C	V	I	Y	S	T	A	R	G	Y	G	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.											.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	L	E	L	I	K	K	H	L	L	P	L	W	N	D	G	C	I	M	G	F	I	S	K	E	R	E	R	A	L	L	K	D	Q	Q	P	G	T	F	L	L	R	F	S	E	S	S	R	E	G	A	I	T	F	T	W	V	E	R	S	N	G	G	E	P	D	F	H	A	V	E	P	Y	T	K	K	E	L	S
Template Known Secondary structure											T						T	T				B											T	T	S		S	T	T								S	S		S	S														S	S									B						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	P	Y	N	L	Y	S	S	L	K	E	L	V	L	H	Y	Q	Q	T	S	L	V	Q	H	N	D	S	L	N	V	R	L	A	Y	P
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		A	V	.	.	.	.	.	.	T	F	P	D	I	I	R	N	Y	K	V	M	A	A	E	N	I	P	E	N	.	P	L	K	Y	L	Y	P
Template Known Secondary structure		T	S	.	.	.	.	.	.														T	T	S					.				B		T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		1641	.							.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.		.	.	.	.	.	.	.