Job Description P20936 Confidence 98.21% Date Fri May 25 10:08:08 BST 2012 Rank 242 Aligned Residues 301 % Identity 23% Template c3ig3A_ PDB info PDB header:signaling protein, membrane protein Chain: A: PDB Molecule:plxna3 protein; PDBTitle: crystal strucure of mouse plexin a3 intracellular domain Resolution 1.99 Å

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		724	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.			.	.	.	.	.	740	.	.	.				.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.						.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.		.
Predicted Secondary structure													.	.										.	.	.																				.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence													.	.										.	.	.																				.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		S	E	F	K	E	L	I	L	Q	K	E	.	.	L	H	V	V	Y	A	L	S	H	.	.	.	V	C	G	Q	D	R	T	L	L	A	S	I	L	L	R	I	F	L	H	.	.	.	.	.	E	K	L	E	S	L	L	L	C	T	L	N	D	R	E	I	S	M	E	D	E	A	T	T	L	F	R	A	T	.	T
Query Conservation													.	.										.	.	.																				.	.	.	.	.																														.
Alig confidence													.	.										.	.	.																				.	.	.	.	.																														.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	F	G	Q	L	L	H	S	R	A	F	L	L	T	F	I	H	T	L	E	A	Q	S	S	F	S	M	R	D	R	G	T	V	A	S	L	T	M	V	A	L	Q	S	R	L	D	Y	A	T	G	L	L	K	Q	L	L	A	D	L	I	E	K	N	L	E	S	K	N	H	P	K	L	L	L	R	R	T	E	S
Template Known Secondary structure								T	T														T		T	T																	T	G	G	G																						T	T			S	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1332	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.
		793	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.		.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
Predicted Secondary structure																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	S	T	L	M	E	Q	Y	M	K	A	T	A	T	Q	F	V	H	H	A	L	K	D	S	I	L	K	I	M	E	S	.	K	Q	S	C	E	L	S	P	S	K	L	E	K	N	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	E	K	M	L	T	N	W	F	T	F	L	L	H	K	F	L	K	E	C	A	G	E	P	L	F	L	L	Y	C	A	I	K	Q	Q	M	E	K	G	P	I	D	A	I	T	G	E	A	R	Y	S	L	S	E	D	K	L	I	R	Q	Q	I	D	Y	K	T	L	T	L	H	C	V	C	P	E	S	E	A	Q
Template Known Secondary structure															T							T	T																T	T	S		B		T	T	T			B	T	T		S	S	G	G	G	B			S														T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1412	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	V	K	V	L	N	C	D	S	I	T	Q	A	K	D	K	L	L	D	T	V	Y	K	G	I	P	Y	S	Q	R	P	K	A	E	D	M	D	L	E	W	R	Q	G	R	M	A	R	I	I	L	Q	D	E	D	I	T	T	K	I	E	C	D	W	K	R	V	N	S	L	A	H	Y	Q	V	T	D	G	S	L
Template Known Secondary structure								T	T		B													T	T	T	S		G	G	G	S			G	G	G							S		S	S							S	S	S	T	T					T	T						B	T	T	T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1494	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.
																											841	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.				.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	T	N	L	T	H	L	L	N	I	L	S	E	L	V	E	K	I	F	M	A	.	.	.	S	E	I	L	P	P	T	L	R	Y	I	Y	G	C	L	Q	K	S	V	Q	H	K	W	P	T	N	T	T	M	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	L	V	P	K	G	T	K	L	W	H	L	V	R	N	H	V	S	E	I	Y	L	T	R	L	L	A	T	K	G	T	L	Q	K	F	V	D	D	L	F	E	T	V	F	S	T	A	H	R	G	S	A	L	P	L	A	I	K	Y	M	F	D	F	L	D	E	Q	A	D	Q	R	Q	I	S	D	P	D	V	R
Template Known Secondary structure													S	S																																T		S	S	G	G	G																				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1574	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.
		893	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.		.	.	950	.	.	.	.	.	.			.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.										.	.
Query SS confidence																																																									.										.	.
Query Sequence		T	R	V	V	S	G	F	V	F	L	R	L	I	C	P	A	I	L	N	P	R	M	F	N	I	I	S	D	S	P	S	P	I	A	A	R	T	L	I	L	V	A	K	S	V	Q	N	L	A	N	L	V	E	F	G	.	A	K	E	P	Y	M	E	G	V	.	.	N	P	F	I	K	S	N	K	H	R	M	I	M
Query Conservation																																																									.										.	.
Alig confidence																										.	.																														.										.	.
Template Conservation																										.	.
Template Sequence		H	T	W	K	S	N	C	L	P	L	R	F	W	V	N	V	I	K	N	P	Q	F	V	F	.	.	D	I	H	K	N	S	I	T	D	A	C	L	S	V	V	A	Q	T	F	M	D	S	C	S	T	S	E	H	R	L	G	K	D	S	P	S	N	K	L	L	Y	A	K	D	I	P	N	Y	K	S	W	V	E	R
Template Known Secondary structure									T	T	T	T									G	G	G	T	B	.	.	S																						T			S						T	T	S							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.
Template SS confidence
		1714	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.			.	.	1740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.
		970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	D	E	L	G	N	V	P	E	L	P	D	T	T	E	H	S	R	T	D	L	S	R	D	L	A	A	L	H	E	I	C	V	A	H	S	D	E	L	R	T	L	S	N	E	R	G	A	Q	Q	H	V	L	K	K	L	L	A	I	T	E	L	L	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	R	D	I	A	K	M	A	S	I	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	M	D	A	Y	L	V	E	Q	S	R	L	H	A	N	D	F	N	V	L	S	A	L	S	E	L	Y	F	Y	V	T	K	Y	R	Q	E	I	L	T	S	L	D	R
Template Known Secondary structure									S						.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	T	S	S																T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1792	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.										.	.	.	.	.	1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1840	.	.	.	.	.	.	.	.