Job Description P20936 Confidence 98.45% Date Fri May 25 10:08:08 BST 2012 Rank 236 Aligned Residues 295 % Identity 20% Template c3hm6X_ PDB info PDB header:signaling protein Chain: X: PDB Molecule:plexin-b1; PDBTitle: crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin b1 Resolution 2.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		724	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.			.	.	.	.	.	740	.	.	.				.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.						.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.		.
Predicted Secondary structure													.	.										.	.	.																					.	.	.	.	.																													.
Query SS confidence													.	.										.	.	.																					.	.	.	.	.																													.
Query Sequence		S	E	F	K	E	L	I	L	Q	K	E	.	.	L	H	V	V	Y	A	L	S	H	.	.	.	V	C	G	Q	D	R	T	L	L	A	S	I	L	L	R	I	F	L	H	E	.	.	.	.	.	K	L	E	S	L	L	L	C	T	L	N	D	R	E	I	S	M	E	D	E	A	T	T	L	F	R	A	T	.	T
Query Conservation													.	.										.	.	.																					.	.	.	.	.																													.
Alig confidence													.	.										.	.	.																					.	.	.	.	.																		.	.										.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		G	Q	L	S	N	L	L	N	S	K	L	F	L	T	K	F	I	H	T	L	E	T	Q	R	T	F	S	A	R	D	R	A	Y	V	A	S	L	L	T	V	A	L	H	G	K	L	E	Y	F	T	D	I	L	R	T	L	L	S	D	L	V	A	Q	Y	V	A	K	.	.	N	P	K	L	M	L	R	R	T	E	T
Template Known Secondary structure									T																T	T																	T	T	T																						T	S	.	.		G	G	G	T	T		S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		1604	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670			.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.
		793	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.		.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
Predicted Secondary structure																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	S	T	L	M	E	Q	Y	M	K	A	T	A	T	Q	F	V	H	H	A	L	K	D	S	I	L	K	I	M	E	S	.	K	Q	S	C	E	L	S	P	S	K	L	E	K	N	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	V	E	K	L	L	T	N	W	M	S	I	C	L	Y	T	F	V	R	D	S	V	G	E	P	L	Y	M	L	F	R	G	I	K	H	Q	V	D	K	G	P	V	D	S	V	T	G	K	A	K	Y	T	L	N	D	N	R	L	L	R	E	D	V	E	Y	R	P	L	T	L	N	A	L	L	A	A	Q	G	V	P
Template Known Secondary structure																						T	T																	T	S		B		T	T	T			B	S	S		S		S	S	S	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1682	.	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1760	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	V	L	D	C	D	T	I	S	Q	A	K	E	K	M	L	D	Q	L	Y	K	G	V	P	L	T	Q	R	P	D	P	R	T	L	D	V	E	W	R	S	G	V	A	G	H	L	I	L	S	D	E	D	V	T	S	E	V	Q	G	L	W	R	R	L	N	T	L	Q	H	Y	K	V	P	D	G	A	T	V	A
Template Known Secondary structure						T	T	S	B													T	T	T	S		G	G	G	S			G	G	G								S	S	S							S	S	S	T	T					T	T						B	T	T	T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1769	1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1840	.	.	.	.	.	.	.	.
																										841	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	T	N	L	T	H	L	L	N	I	L	S	E	L	V	E	K	I	F	M	A	S	E	I	L	P	P	T	L	R	Y	I	Y	G	C	L	Q	K	S	V	Q	H	K	W	P	T	N	T	T	M	R	T	R	V	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	P	C	G	G	I	R	P	W	H	L	V	K	P	S	I	P	E	I	Y	L	T	R	L	L	S	M	K	G	T	L	Q	K	F	V	D	D	L	F	Q	V	I	L	S	T	S	R	P	V	P	L	A	V	K	Y	F	F	D	L	L	D	E	Q	A	Q	Q	H	G	I	S	D	Q	D	T	I	H	I	W	K
Template Known Secondary structure												S	S	S																																	S	S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1849	1850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1920	.	.	.	.	.	.	.	.
		897	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.		.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		S	G	F	V	F	L	R	L	I	C	P	A	I	L	N	P	R	M	F	N	I	I	S	D	S	P	S	P	I	A	A	R	T	L	I	L	V	A	K	S	V	Q	N	L	A	N	L	V	E	F	G	A	.	K	E	P	Y	M	E	G	V	N	P	F	I	K	S	N	K	H	R	M	I	M	F	L	D	E	L	G
Query Conservation																																																						.
Alig confidence																						.	.																															.												.	.	.	.
Template Conservation																						.	.																																											.	.	.	.
Template Sequence		T	N	S	L	P	L	R	F	W	I	N	I	I	K	N	P	Q	F	V	F	.	.	D	V	Q	T	S	D	N	M	D	A	V	L	L	V	I	A	Q	T	F	M	D	A	C	T	L	A	D	S	P	I	N	K	L	L	Y	A	R	D	I	P	R	Y	.	.	.	.	K	R	M	V	E	R	Y	Y	A	D	I	R
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	T								G	G	G	T	B	.	.	S																																		T	T	T	T					.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		1978	.	1980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1990	.	.	.	.	.	.	.			.	.	2000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2030	.	.	.	.	.	.	.	.	.					2040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2050	.
		976	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	P	E	L	P	D	T	T	E	H	S	R	T	D	L	S	R	D	L	A	A	L	H	E	I	C	V	A	H	S	D	E	L	R	T	L	S	N	E	R	G	A	Q	Q	H	V	L	K	K	L	L	A	I	T	E	L	L	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	T	V	P	A	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	M	N	S	V	L	A	E	L	S	W	N	Y	S	G	D	L	G	A	R	V	A	L	H	E	L	Y	K	Y	I	N	K	Y	Y	D	Q	I	I	T	A	L	E	E
Template Known Secondary structure			S						.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	S		S																		T										T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2058	.	2060	.	.	.	.										.	.	.	.	.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.	.	.	.	.	.	.