Job Description A0AVT1 Confidence 100.00% Date Tue Apr 3 14:58:27 BST 2012 Rank 5 Aligned Residues 425 % Identity 31% Template c2nvuB_ PDB info PDB header:protein turnover, ligase Chain: B: PDB Molecule:maltose binding protein/nedd8-activating enzyme PDBTitle: structure of appbp1-uba3~nedd8-nedd8-mgatp-ubc12(c111a), a2 trapped ubiquitin-like protein activation complex Resolution 2.80 Å

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		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	P	L	A	A	A	V	G	G	V	A	S	Q	E	V	L	K	A	V	T	G	K	F	S	P	L	C	Q	W	L	Y	L	E	A	A	D	I	V	E	S	L	G	K	P	E	C	E	E	F	L	P	R	G	D	R	Y	D	A	L	R	A	C	I	G	D	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Sequence		I	P	Q	M	S	A	F	W	Y	A	V	R	T	A	V	I	N	A	A	S	G	R	Q	T	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	A	A	A	Q	T	N	A	A	A	D	W	.	.	.	E	G	R	W	N	H	V	K	K	F	L	E	R	S	G	P	F	T	H	P	D	F	E	P	S	T	E	S
Template Known Secondary structure		S	T	T																	T	T	S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S	S		.	.	.	T	T	T	T									S			T	T	S		T	T					S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template SS confidence
		1334	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.										1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.				.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.
			455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	C	Q	K	L	Q	N	L	N	I	F	L	V	G	C	G	A	I	G	C	E	M	L	K	N	F	A	L	L	G	V	G	T	S	K	E	K	G	M	I	T	V	T	D	P	D	L	I	E	K	S	N	L	N	R	Q	F	L	F	R	P	H	H	I	Q	K	P	K	S	Y	T	A	A	D	A	T	L	K	I	N
Query Conservation		.
Alig confidence		.																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	F	L	L	D	T	C	K	V	L	V	I	G	A	G	G	L	G	C	E	L	L	K	N	L	A	L	S	G	F	R	.	.	.	.	.	.	Q	I	H	V	I	D	M	D	T	I	D	V	S	N	L	N	R	Q	F	L	F	R	P	K	D	I	G	R	P	K	A	E	V	A	A	E	F	L	N	D	R	V
Template Known Secondary structure								T									S	S											T	T	T			.	.	.	.	.	.									B			G	G	G	G	G	T		T	T			G	G	G	T	T	S	B													S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2042	.	.	.	.	.	.	.	2050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2070	.	.	.							.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2110	.	.	.	.	.
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.													.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	I	K	I	D	A	H	L	N	K	V	C	P	T	T	E	T	I	Y	N	D	E	F	Y	T	K	Q	D	V	I	I	T	A	L	D	N	V	E	A	R	R	Y	V	D	S	R	C	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	L	R	P	L	L	D	S	G	T	M	G	T	K	G	H	T	E
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.
Template Sequence		P	N	C	N	V	V	P	H	F	N	K	I	Q	D	.	.	.	.	.	F	N	D	T	F	Y	R	Q	F	H	I	I	V	C	G	L	D	S	I	I	A	R	R	W	I	N	G	M	L	I	S	L	L	N	Y	E	D	G	V	L	D	P	S	S	I	V	P	L	I	D	G	G	T	E	G	F	K	G	N	A	R
Template Known Secondary structure		T	T								S		G	G	G	.	.	.	.	.	S							T		S							S															T					T	T				G	G	G											T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2116	.	.	.	2120	.	.	.	.	.	.	.	.	.						2130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2190
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.			.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.
Query SS confidence																	.	.
Query Sequence		V	I	V	P	H	L	T	E	S	Y	N	S	H	R	D	.	.	P	P	E	E	E	I	P	F	C	T	L	K	S	F	P	A	A	I	E	H	T	I	Q	W	A	R	D	K	F	E	S	S	F	S	H	K	P	S	L	F	N	K	F	W	Q	T	Y	S	S	A	E	E	V	L	Q	K	I	Q	S	G	H	S	L
Query Conservation																	.	.
Alig confidence																	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	L	P	G	M	T	A	C	I	E	C	T	L	E	L	Y	P	P	Q	V	N	F	P	M	C	T	I	A	S	M	P	R	L	P	E	H	C	I	E	Y	V	R	M	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	T	S			T	T	T	S	G	G	G	S																	S											T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2191	.	.	.	.	.	.	.	.	2200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2230	.	.	.	.	.	.
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	C	F	Q	V	I	K	L	L	S	R	R	P	R	N	W	S	Q	C	V	E	L	A	R	L	K	F	E	K	Y	F	N	H	K	A	L	Q	L	L	H	C	F	P	L	D	I	R	L	K	D	G	S	L	F	W	Q	S	P	K	R	P	P	S	P	I	K	F	D	L	N	E	P	L	H	L	S	F	L	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	P	K	E	Q	P	F	G	E	G	V	P	L	D	G	D	D	P	E	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S	T	T					T	T				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																									2237	.	.	2240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2250	.	.	.	.	.
		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	A	K	L	Y	A	T	V	Y	C	I	P	F	A	E	E	D	L	S	A	D	A	L	L	N	I	L	S	E	V	K	I	Q	E	F	K	P	S	N	K	V	V	Q	T	D	E	T	A	R	K	P	D	H	V	P	I	S	S	E	D	E	R	N	A	I	F	Q	L	E	K	A	I	L	S	N	E	A	T	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	D	L	Q	M	A	V	L	S	F	E	K	D	D	D	H	N	G	H	I	D	F	I	T	A	A	S	N	L	R	A	K	M	Y	S	I	E	P	A	D	R	F	K	T	K	R	I	A	G	K	I	I	P	A	I	A	T	T	T	A	T	V	S	G	L	V	A	L	E	M	I	K	V	T	G	G	Y	P	F	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	I	Q	W	I	F	Q	K	S	L	E	R	A	S	Q	Y	N	I	R	G	V	T	Y	R	L	T	Q	G	V	V	K	R	I	I	P	A	V	A	S	T	N	A	V	I	A	A	V	C	A	T	E	V	F	K	I	A	T	S	A	Y	I	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T															T																											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				2256	.	.	.	2260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2310	.	.	.	.	.	.	.
		920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.							.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	K	N	C	F	L	N	L	A	I	P	I	V	V	F	T	E	T	T	E	V	R	K	T	K	I	R	N	G	I	S	F	T	I	W	D	R	W	T	V	H	G	K	E	D	F	T	L	L	D	F	I	N	A	V	K	E	K	Y	G	I	.	.	.	.	.	.	E	P	T	M	V	V	Q	G	V	K	M	L
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	N	Y	L	V	F	N	D	V	D	G	L	Y	T	Y	T	F	E	A	E	R	K	E	N	C	P	A	C	S	Q	L	P	.	.	.	.	.	Q	N	I	Q	F	S	P	S	A	K	L	Q	E	V	L	D	Y	L	T	N	S	A	S	L	Q	M	K	S	P	A	I	T	A	T	L	E	G	K	N	R	T	L
Template Known Secondary structure				S							S	S	S												T	T		T	T	T	S				.	.	.	.	.							T	T	S	B												T	T	T			S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2318	.	2320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2350						.	.	.	.	.	.	.	.	.	2360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2390	.	.
		994	.	.	.					.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040
Predicted Secondary structure						.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.
Query Sequence		Y	V	P	V	.	.	.	.	M	P	G	H	A	K	R	L	K	L	T	M	H	K	L	V	K	P	T	T	E	K	K	Y	V	D	L	T	V	S	F	A	P	D	I	D	G	D	E	D	L	P	G
Query Conservation						.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	Q	S	V	T	S	I	E	E	R	T	R	P	N	L	S	K	T	L	K	E	L	.	.	.	.	.	.	.	G	L	V	D	G	Q	E	L	A	V	A	D	V	T	T	P	Q	T	V	L	F
Template Known Secondary structure					S	S								G	G	G	G	G	S	B	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	T			T	T								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2393	.	.	.	.	.	.	2400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2410	.	.	.	.	.								.	.	.	.	2420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2430	.	.	.	.	.	.