Job Description O00459 Confidence 99.70% Date Fri May 25 09:44:30 BST 2012 Rank 110 Aligned Residues 160 % Identity 18% Template c2xp1A_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:spt6; PDBTitle: structure of the tandem sh2 domains from antonospora locustae2 transcription elongation factor spt6 Resolution 2.20 Å

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		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	W	G	D	I	S	R	E	E	V	N	E	K	L	R	D	T	P	D	G	T	F	L	V	R	D	A	S	S	K	I	Q	G	E	Y	T	L	T	L	R	K	G	G	N	N	K	L	I	K	V	F	H	R	D	G	H	Y	G	F	S	E	P	L	T	F	C	S	V	V	D	L	I	N	H	Y	R	H	E	S
Query Conservation
Alig confidence					.														.													.	.																																													.	.	.	.
Template Conservation					.														.													.	.																																													.	.	.	.
Template Sequence		L	F	K	.	N	F	N	V	T	E	S	E	N	Y	L	R	S	.	S	T	D	D	F	L	I	R	K	G	S	R	.	.	H	G	Y	C	V	L	V	I	K	F	A	S	D	V	F	V	H	M	K	I	E	E	H	S	E	H	Y	T	C	S	N	K	H	F	E	D	I	D	E	V	I	S	V	Y	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T			.														.	S	S									S	S	.	.	T	T										T	T											S	S					T	T				S	S								T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.														.													.	.																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		794	.	.		.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.		810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.			.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	Q	Y	N	A	K	L	D	T	R	L	L	Y	P	V	S	K	Y	Q	Q	D	Q	I	V	K	E	D	S	V	E	A	V	G	A	Q	L	K	V	Y	H	Q	Q	Y	Q	D	K	S	R	E	Y	D	Q	L	Y	E	E	Y	T	R	T	S	Q	E	L	Q	M	K	R	T	A	I	E	A	F	N	E	T	I	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	P	I	L	R	N	L	K	S	I	K	A	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																															866	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	E	E	Q	G	Q	T	Q	E	K	C	S	K	E	Y	L	E	R	F	R	R	E	G	N	E	K	E	M	Q	R	I	L	L	N	S	E	R	L	K	S	R	I	A	E	I	H	E	S	R	T	K	L	E	Q	Q	L	R	A	Q	A	S	D	N	R	E	I	D	K	R	M	N	S	L	K	P	D	L	M	Q
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	K	I	R	D	Q	Y	L	V	W	L	T	Q	K	G	A	R	Q	K	K	I	N	E	W	L	G	I	K	N	E	T	E	D	Q	Y	A	L	M	E	D	E	D	D	L	P	H	H	E	E	R	T	W	Y	V	G	K	I	N	R	T	Q	A	E	E	M	L	S	G	K	R	D	G	T	F	L	I	R	E	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	F	N	S	P	E	D	A	E	K	L	L	S	S	F	D	G	S	K	V	V	Y	A	F	Y	F	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B		S		T	T	T	S						T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																						881	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.
			650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	S	Q	R	G	C	Y	A	C	S	V	V	V	D	G	D	T	K	H	C	V	I	Y	R	T	A	T	G	F	G	F	A	E	P	Y	N	L	Y	G	S	L	K	E	L	V	L	H	Y	Q	H
Query Conservation		.
Alig confidence		.																							.	.							.	.
Template Conservation																									.	.							.	.
Template Sequence		R	K	Y	P	G	K	L	T	F	A	Y	N	N	G	S	I	L	E	E	Y	I	G	V	.	.	S	D	M	L	T	Y	.	.	N	N	S	T	F	K	D	I	D	S	F	V	A	Y	R	K	R
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T								S	S	S									.	.	S	S	S				.	.	T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.							.	.
Template SS confidence
		909	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.			.	.	.	.	.	.			.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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