Job Description P29349 Confidence 100.00% Date Tue Jan 22 11:46:53 GMT 2013 Rank 4 Aligned Residues 422 % Identity 29% Template c3sr9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:receptor-type tyrosine-protein phosphatase s; PDBTitle: crystal structure of mouse ptpsigma Resolution 2.40 Å

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		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.				.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.
Query SS confidence															.	.	.
Query Sequence		I	T	A	A	G	I	N	A	R	V	E	Q	L	.	.	.	V	K	G	G	F	W	E	E	F	E	S	L	Q	Q	D	S	R	D	T	F	S	R	N	E	G	Y	K	Q	E	N	R	L	K	N	R	Y	R	N	I	L	P	Y	D	H	T	R	V	K	L	L	D	V	E	H	S	V	A	G	A	E	Y	I	N	A
Query Conservation															.	.	.
Alig confidence															.	.	.																.	.																																					.
Template Conservation																																	.	.																																					.
Template Sequence		I	P	I	T	D	M	A	E	H	M	E	R	L	K	A	N	D	S	L	K	L	S	Q	E	Y	E	S	I	D	P	G	.	.	Q	Q	F	T	W	E	H	S	N	L	E	A	N	K	P	K	N	R	Y	A	N	V	I	A	Y	D	H	S	R	V	I	L	Q	P	L	E	.	G	I	M	G	S	D	Y	I	N	A
Template Known Secondary structure				T	T	S																											.	.										S	T	T	T	G	G	G		S	S	T	T					G	G	G								T	.	T		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.																																					.
Template SS confidence
		1332	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.			.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	I	R	L	P	T	D	G	D	L	Y	N	M	S	S	S	S	E	S	L	N	S	S	V	P	S	C	P	A	C	T	A	A	Q	T	Q	R	N	C	S	N	C	Q	L	Q	N	K	T	C	V	Q	C	A	V	K	S	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.
Template Sequence		N	Y	V	D	.	.	G	Y	R	R	Q	N	A	Y	I	A	T	Q	G	P	L	P	E	T	F	G	D	F	W	R	M	V	W	E	Q	R	S	A	T	V	V	M	M	T	R	L	E	E	K	S	R	I	K	C	D	Q	Y	W	P	N	R	G	T	E	T	Y	G	F	I	Q	V	T	L	L	D	T	M	E	L	A
Template Known Secondary structure						.	.		T	T													G	G	G											T	T								S		S			T	T			S					S		S	S	S					T	T												S
Template Predicted Secondary structure						.	.
Template SS confidence
		1409	1410	.	.			.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.
									346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	P	Y	S	N	C	A	T	C	S	R	K	S	D	S	L	S	K	H	K	R	S	E	S	S	A	S	S	S	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	S	G	S	G	P	G	S	S	G	T	S	G	V	S	S	V	N	G	P	G	T	P	T	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	F	C	V	R	T	F	S	L	H	K	N	G	S	S	E	K	R	E	V	R	H	F	Q	F	T	A	W	P	D	H	G	V	P	E	Y	P	T	P	F	L	A	F	L	R	R	V	K	T	C	N	P	P	D	A	G	P	I	V	V	H	C	S	A	G	V	G	R	T	G	C	F	I	V	I	D	A	M	L	E
Template Known Secondary structure		S											S	S																	S	S	S			S		S													S	S		T	T	S							S	S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1487	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.
		403																.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	G	T	A	G	C	L	V	G	L	L	K	R	H	S	N	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	K	T	E	K	T	V	D	V	Y	G	H	V	T	L	M	R	S	Q	R	N	Y	M	V	Q	T	E	D	Q	Y	G	F	I	H	E	A	L	L	E	A	V	G	C	G	N	T	E	V	P	A	R	S	L	Y	T	Y	I	Q	K	L	A	Q	V	E	P	G	E	H	V	T	G	M	E	L	E	F	K	R	L
Template Known Secondary structure				T	T	S	S													T	T	S	T	T	S	S		S																	S							G	G	G									T	S			T	T		S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1567	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.
																																		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	V	S	I	S	M	A	E	R	E	R	E	R	E	R	E	M	F	K	T	Y	I	A	T	Q	G	C	L	L	T	Q	Q	V	N	T	V	T	D	F	W	N	M	V	W	Q	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.
Template Sequence		A	F	I	T	A	S	L	P	C	N	K	F	K	N	R	L	V	N	I	L	P	Y	E	S	S	R	V	C	L	Q	P	I	R	G	V	E	G	S	D	Y	I	N	A	S	F	I	D	G	Y	R	Q	Q	K	A	Y	I	A	T	Q	G	P	L	.	.	.	.	A	E	T	T	E	D	F	W	R	A	L	W	E	N
Template Known Secondary structure				T	T	T	S		T	T		T	T	T		S		S	S	S				T	T	T	B							T	T		T	T		S			S							S	S	S	T	T										.	.	.	.	T	T	T											T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.
Template SS confidence
		1647	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.					.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.
Query SS confidence																																																											.
Query Sequence		N	T	R	V	I	V	M	T	T	K	E	Y	E	R	G	K	E	K	C	A	R	Y	W	P	D	E	G	R	S	E	Q	F	G	H	A	R	I	Q	C	V	S	E	N	S	T	S	D	Y	T	L	R	E	F	L	V	S	W	.	R	D	Q	P	A	R	R	I	F	H	Y	H	F	Q	V	W	P	D	H	G	V	P
Query Conservation																																																											.
Alig confidence																														.																													.
Template Conservation																														.
Template Sequence		N	S	T	I	V	V	M	L	T	K	L	R	E	M	G	R	E	K	C	H	Q	Y	W	P	A	E	R	S	.	A	R	Y	Q	Y	F	V	V	D	P	M	A	E	Y	N	M	P	Q	Y	I	L	R	E	F	K	V	T	D	A	R	D	G	Q	S	R	T	V	R	Q	F	Q	F	T	D	W	P	E	Q	G	A	P
Template Known Secondary structure		T								S		S	B		S	S	S	B		S				S		S	S	S		.				T	T												S	S											T	T	T														S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																														.
Template SS confidence
		1731	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	P	G	C	V	L	N	F	L	Q	D	V	N	T	R	Q	S	H	L	A	Q	A	G	E	K	P	G	P	I	C	V	H	C	S	A	G	I	G	R	T	G	T	F	I	V	I	D	M	I	L	D	Q	I	V	R	N	G	L	D	T	E	I	D	I	Q	R	T	I	Q	M	V	R	S	Q	R	S	G	L	V
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.																																		.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.																																		.	.	.
Template Sequence		K	S	G	E	G	F	I	D	F	I	G	Q	V	H	K	T	K	E	Q	F	G	Q	.	.	.	.	D	G	P	I	S	V	H	C	S	A	G	V	G	R	T	G	V	F	I	T	L	S	I	V	L	E	R	M	R	Y	E	G	V	.	.	.	V	D	I	F	Q	T	V	K	V	L	R	T	Q	R	P	A	M	V
Template Known Secondary structure		S		S																	T	T		.	.	.	.		S						S	S	S	S	S																			T			.	.	.												T	T	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																																		.	.	.
Template SS confidence
		1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1830	.					.	.	.	.	.	.	.	.	1840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1880	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	E	A	Q	Y	K	F	V	Y	Y	A	V	Q	H	Y	I	Q	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	T	E	D	E	Y	Q	F	C	F	Q	A	A	L	E	Y	L	G	S
Template Known Secondary structure			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1883	.	.	.	.	.	.	1890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1900	.