Job Description P29349 Confidence 100.00% Date Tue Jan 22 11:46:53 GMT 2013 Rank 8 Aligned Residues 406 % Identity 25% Template c2nlkA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:protein tyrosine phosphatase, receptor type, g variant PDBTitle: crystal structure of d1 and d2 catalytic domains of human protein2 tyrosine phosphatase gamma (d1+d2 ptprg) Resolution 2.40 Å

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		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.				.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.															.
Query SS confidence																			.	.	.															.
Query Sequence		I	T	A	A	G	I	N	A	R	V	E	Q	L	V	K	G	G	.	.	.	F	W	E	E	F	E	S	L	Q	Q	D	S	R	D	.	T	F	S	R	N	E	G	Y	K	Q	E	N	R	L	K	N	R	Y	R	N	I	L	P	Y	D	H	T	R	V	K	L	L	D	V	E	H	S	V	A	G	A	E	Y	I	N
Query Conservation																			.	.	.															.
Alig confidence																			.	.	.															.																																.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.
Template Sequence		I	P	V	K	Q	F	V	K	H	I	G	E	L	Y	S	N	N	Q	H	G	F	S	E	D	F	E	E	V	Q	R	C	T	A	D	M	N	I	T	A	E	H	S	N	H	P	E	N	K	H	K	N	R	Y	I	N	I	L	A	Y	D	H	S	R	V	K	L	.	.	.	.	R	P	L	P	H	S	D	Y	I	N
Template Known Secondary structure				G	G	G																										T	T	G	G	G					T	T	T	T	S	G	G	G	G	G	G		S	S	T	T					T	T	T					.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.
Template SS confidence
		828	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.					.	.	.	.	.	.	900	.	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	Y	I	R	L	P	T	D	G	D	L	Y	N	M	S	S	S	S	E	S	L	N	S	S	V	P	S	C	P	A	C	T	A	A	Q	T	Q	R	N	C	S	N	C	Q	L	Q	N	K	T	C	V	Q	C	A	V	K	S	A	I	L	P	Y	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.
Template Sequence		A	N	Y	V	D	.	.	G	Y	N	K	A	K	A	Y	I	A	T	Q	G	P	L	K	S	T	F	E	D	F	W	R	M	I	W	E	Q	N	T	G	I	I	V	M	I	T	N	L	V	E	K	G	R	R	K	C	D	Q	Y	W	P	T	E	N	S	E	E	Y	G	N	I	I	V	T	L	K	S	T	K	I	H
Template Known Secondary structure							.	.		T	T													G	G	G												T								S		S			T	T								S		S	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.
Template SS confidence
		909	910	.	.	.			.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.
																										351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	A	T	C	S	R	K	S	D	S	L	S	K	H	K	R	S	E	S	S	A	S	S	S	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	S	G	S	G	P	G	S	S	G	T	S	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	C	Y	T	V	R	R	F	S	I	R	N	T	K	V	K	K	G	Q	K	G	N	P	K	G	R	Q	N	E	R	V	V	I	Q	Y	H	Y	T	Q	W	P	D	M	G	V	P	E	Y	A	L	P	V	L	T	F	V	R	R	S	S	A	A	R	M	P	E	T	G	P	V	L	V	H	C	S	A	G	V	G	R
Template Known Secondary structure		S	S											T	T	S					T	T		T	T			T	T														S	S	S	S		S		S													T			S	S									S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		987	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.																.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	S	V	N	G	P	G	T	P	T	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	G	T	A	G	C	L	V	G	L	L	K	R	H	S	N	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	T	Y	I	V	I	D	S	M	L	Q	Q	I	K	D	K	S	T	V	N	V	L	G	F	L	K	H	I	R	T	Q	R	N	Y	L	V	Q	T	E	E	Q	Y	I	F	I	H	D	A	L	L	E	A	I	L	G	K	E	T	E	V	S	S	N	Q	L	H	S	Y	V	N	S	I	L	I	P	T	R	L	E
Template Known Secondary structure																			S												T	T	T	S	T	T	S	S																			S							G	G	G									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1067	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.
																																		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	V	S	I	S	M	A	E	R	E	R	E	R	E	R	E	M	F	K	T	Y	I	A	T	Q	G	C	L	L	T	Q	Q	V	N	T	V	T	D	F	W	N	M	V	W	Q	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.
Template Sequence		K	Q	F	K	L	V	T	Q	C	F	S	A	Q	K	E	C	N	K	E	K	N	R	N	S	S	V	V	P	S	E	R	A	R	V	G	L	A	P	D	Y	I	N	A	S	Y	I	M	G	Y	Y	R	S	N	E	F	I	I	T	Q	H	P	L	.	.	.	.	P	H	T	T	K	D	F	W	R	M	I	W	D	H
Template Known Secondary structure								S					T	T	S	S	S		T	T	S		S		T	T	S				S	T	T	B									S							S	S		T	T	S									.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.
Template SS confidence
		1152	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.					.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.						.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.														.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.														.
Query Sequence		N	T	R	V	I	V	M	T	T	K	E	Y	E	R	G	K	E	K	C	A	R	Y	W	P	D	E	G	R	S	E	Q	F	G	H	A	R	I	Q	C	V	S	E	N	S	.	.	.	.	.	T	S	D	Y	T	L	R	E	F	L	V	S	W	.	R	D	Q	P	A	R	R	I	F	H	Y	H	F	Q	V	W	P
Query Conservation																																														.	.	.	.	.														.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.														.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	A	Q	I	I	V	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	V	Y	W	P	S	R	E	E	S	M	N	C	E	A	F	T	V	T	L	I	S	K	D	R	L	C	L	S	N	E	E	Q	I	I	I	H	D	F	I	L	E	A	T	Q	D	D	Y	V	L	E	V	R	H	F	Q	C	P	K	W	P
Template Known Secondary structure		T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S			S	S						T	T														T	T	S													S	S	S													S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1242	.	.	.	.	.	.	.											1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	H	G	V	P	A	D	P	G	C	V	L	N	F	L	Q	D	V	N	T	R	Q	S	H	L	A	Q	A	G	E	K	P	G	P	I	C	V	H	C	S	A	G	I	G	R	T	G	T	F	I	V	I	D	M	I	L	D	Q	I	V	R	N	G	L	D	T	E	I	D	I	Q	R	T	I	Q	M	V	R	S	Q
Query Conservation
Alig confidence							.	.																	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template Conservation							.	.																	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template Sequence		N	P	D	A	P	.	.	I	S	S	T	F	E	L	I	N	V	I	K	E	E	A	L	.	.	.	.	.	.	T	R	D	G	P	T	I	V	H	D	E	Y	G	A	V	S	A	G	M	L	C	A	L	T	T	L	S	Q	Q	L	E	N	E	N	A	.	.	.	V	D	V	F	Q	V	A	K	M	I	N	L	M
Template Known Secondary structure			T	T	S		.	.	G	G	G													T	.	.	.	.	.	.	T			S							S	S	S																					S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.																	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template SS confidence
		1321	.	.	.	.			.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.							.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.				.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	G	L	V	Q	T	E	A	Q	Y	K	F	V	Y	Y	A	V	Q	H	Y	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	P	G	V	F	T	D	I	E	Q	Y	Q	F	I	Y	K	A	M	L	S	L	V
Template Known Secondary structure		S	T	T	S	S		S													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.