Job Description P29349 Confidence 100.00% Date Tue Jan 22 11:46:53 GMT 2013 Rank 40 Aligned Residues 279 % Identity 18% Template c1g4wR_ PDB info PDB header:signaling protein Chain: R: PDB Molecule:protein tyrosine phosphatase sptp; PDBTitle: crystal structure of the salmonella tyrosine phosphatase2 and gtpase activating protein sptp Resolution 2.20 Å

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		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.		.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure																																						.																																					.
Query SS confidence																																						.																																					.
Query Sequence		F	N	A	T	R	I	T	A	A	G	I	N	A	R	V	E	Q	L	V	K	G	G	F	W	E	E	F	E	S	L	Q	Q	D	S	R	D	.	T	F	S	R	N	E	G	Y	K	Q	E	N	R	L	K	N	R	Y	R	N	I	L	P	Y	D	H	T	R	V	K	L	L	D	V	E	H	.	S	V	A	G	A	E
Query Conservation																																						.																																					.
Alig confidence																						.																.																																					.
Template Conservation																						.
Template Sequence		V	G	V	A	R	F	S	Q	W	E	V	E	R	W	V	D	A	S	T	H	.	E	L	T	Q	A	V	K	K	I	H	V	I	A	K	E	L	K	N	V	T	A	E	L	E	K	I	P	Q	T	M	S	G	P	T	L	G	L	A	R	F	A	V	S	S	I	P	I	N	Q	Q	T	Q	V	K	L	S	D	G	M
Template Known Secondary structure		S	S	S	S		G	G	G													.																									T											S			S	S		T	T	T	S				S	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.			.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		Y	I	N	A	N	Y	I	R	L	P	T	D	G	D	L	Y	N	M	S	S	S	S	E	S	.	.	L	N	S	S	V	P	S	C	P	A	C	T	A	A	Q	T	Q	R	N	C	S	N	C	Q	L	Q	N	K	T	C	V	Q	C	A	V	K	S	A	I	L	P	Y	S	N	C	A	T	C	S	R	K	S	D	S
Query Conservation																										.	.
Alig confidence										.	.	.														.	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	V	P	V	N	T	L	T	.	.	.	F	D	G	K	P	V	A	L	A	G	S	Y	P	K	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										.	.	.		T	T									S			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	K	H	K	R	S	E	S	S	A	S	S	S	P	S	S	G	S	G	S	G	P	G	S	S	G	T	S	G	V	S	S	V	N	G	P	G	T	P	T	N	L	T	S	G	T	A	G	C	L	V	G	L	L	K	R	H	S	N	D	S	S	G	A	V	S	I	S	M	A	E	R	E	R	E	R	E	R	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		M	F	K	T	Y	I	A	T	Q	G	C	L	L	T	Q	Q	V	N	T	V	T	D	F	W	N	M	V	W	Q	E	N	T	R	V	I	V	M	T	T	K	E	Y	E	R	G	K	E	K	C	A	R	Y	W	P	D	E	G	R	S	E	Q	F	G	H	A	R	I	Q	C	V	S	E	N	S	T	S	D	.	Y	T
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	A	L	E	A	H	M	K	M	L	L	E	K	E	C	S	C	L	V	V	L	T	S	E	D	Q	M	Q	A	K	Q	L	P	P	Y	F	R	.	.	.	G	S	Y	T	F	G	E	V	H	T	N	S	Q	K	V	S	S	A	S	Q	G	E	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T		S												T	T	T	T				T	T	T	.	.	.	S					T	T									G	G	G	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.
Template SS confidence
																		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.				.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.			.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																																														.	.
Query SS confidence										.																																														.	.
Query Sequence		L	R	E	F	L	V	S	W	.	R	D	Q	P	A	R	R	I	F	H	Y	H	F	Q	V	W	P	D	H	G	V	P	A	D	P	G	C	V	L	N	F	L	Q	D	V	N	T	R	Q	S	H	L	A	Q	A	.	.	G	E	K	P	G	P	I	C	V	H	C	S	A	G	I	G	R	T	G	T	F	I	V	I
Query Conservation										.																																														.	.
Alig confidence										.																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	D	Q	Y	N	M	Q	L	S	C	G	E	K	R	Y	T	I	P	V	L	H	V	K	N	W	P	D	H	Q	P	L	P	S	T	D	Q	L	E	Y	L	A	D	R	V	K	N	S	N	Q	N	G	A	P	G	R	S	S	S	D	K	H	L	P	M	I	H	C	L	G	G	V	G	R	T	G	T	M	A	A	A
Template Known Secondary structure												T	T												S			T	T	S			S	S													T	S						T	T		S		T	T	S	S						S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.		.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.
Query SS confidence																																	.
Query Sequence		D	M	I	L	D	Q	I	V	R	N	G	L	D	T	E	I	D	I	Q	R	T	I	Q	M	V	R	S	Q	R	S	G	.	L	V	Q	T	E	A	Q	Y	K	F	V	Y	Y	A	V	Q	H	Y	I
Query Conservation																																	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	L	K	D	.	.	.	.	.	.	.	N	P	H	S	N	L	E	Q	V	R	A	D	F	R	D	S	R	N	N	R	M	L	E	D	A	S	Q	F	V	Q	L	K	A	M	Q	A	Q	L	L
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.		T	T														T		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		495	.	.	.	.								500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.