Job Description Q8IR23 Confidence 96.80% Date Tue Jan 22 11:23:02 GMT 2013 Rank 271 Aligned Residues 296 % Identity 20% Template c3hm6X_ PDB info PDB header:signaling protein Chain: X: PDB Molecule:plexin-b1; PDBTitle: crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin b1 Resolution 2.40 Å

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		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640			.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.				.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.						670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.													.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.													.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		S	P	L	Q	Q	L	L	L	E	S	E	.	.	L	Y	A	V	K	A	L	A	E	L	C	H	.	.	.	N	D	R	V	P	L	A	T	A	L	L	R	V	F	R	Q	E	.	.	.	.	.	K	R	E	T	E	L	I	R	M	L	C	Q	A	E	V	T	R	E	N	E	T	T	T	L	F	R	G	A	S	L
Query Conservation													.	.													.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.													.	.	.																		.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																					.
Template Sequence		G	Q	L	S	N	L	L	N	S	K	L	F	L	T	K	F	I	H	T	L	E	T	Q	R	T	F	S	A	R	D	R	A	Y	V	A	S	L	L	T	V	A	L	H	G	K	L	E	Y	F	T	D	I	L	R	T	L	L	S	D	L	V	A	Q	Y	V	A	K	.	N	P	K	L	M	L	R	R	T	E	T	V
Template Known Secondary structure									T																T	T																	T	T	T																						T	S	.		G	G	G	T	T		S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.
Template SS confidence
		1604	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.
		700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730		.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	T	L	M	D	L	Y	M	R	T	E	C	S	G	F	L	Q	S	A	V	S	E	T	V	Q	R	I	L	E	S	.	K	Q	S	A	E	L	N	P	T	K	M	D	V	N	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	K	L	L	T	N	W	M	S	I	C	L	Y	T	F	V	R	D	S	V	G	E	P	L	Y	M	L	F	R	G	I	K	H	Q	V	D	K	G	P	V	D	S	V	T	G	K	A	K	Y	T	L	N	D	N	R	L	L	R	E	D	V	E	Y	R	P	L	T	L	N	A	L	L	A	A	Q	G	V	P	V
Template Known Secondary structure																					T	T																	T	S		B		T	T	T			B	S	S		S		S	S	S	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1683	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1760	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	L	D	C	D	T	I	S	Q	A	K	E	K	M	L	D	Q	L	Y	K	G	V	P	L	T	Q	R	P	D	P	R	T	L	D	V	E	W	R	S	G	V	A	G	H	L	I	L	S	D	E	D	V	T	S	E	V	Q	G	L	W	R	R	L	N	T	L	Q	H	Y	K	V	P	D	G	A	T	V	A	L
Template Known Secondary structure					T	T	S	B													T	T	T	S		G	G	G	S			G	G	G								S	S	S							S	S	S	T	T					T	T						B	T	T	T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1840	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																									747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	C	T	N	A	E	F	L	L	Q	I	L	D	L	V	T	Q	S	I	F	T	S	P	D	A	C	P	R	N	V	R	F	I	C	S	C	L	Q	K	A	V	M	A	K	W	P	T	E	R	L	V	R	T	R	V	V	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	C	G	G	I	R	P	W	H	L	V	K	P	S	I	P	E	I	Y	L	T	R	L	L	S	M	K	G	T	L	Q	K	F	V	D	D	L	F	Q	V	I	L	S	T	S	R	P	V	P	L	A	V	K	Y	F	F	D	L	L	D	E	Q	A	Q	Q	H	G	I	S	D	Q	D	T	I	H	I	W	K	T
Template Known Secondary structure											S	S	S																																	S	S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1920	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		804	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.		.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		G	F	I	F	L	R	L	L	C	P	A	L	L	N	P	R	Q	F	G	L	V	S	E	T	P	P	M	A	A	T	R	S	L	V	M	V	A	K	C	L	Q	N	L	A	N	L	I	E	F	G	G	.	K	E	Q	Y	M	E	V	V	N	P	F	I	L	K	N	K	E	R	M	I	V	F	L	D	Q	L	S	S
Query Conservation																																																					.
Alig confidence																				.	.																																.								.	.	.	.
Template Conservation																				.	.																																								.	.	.	.
Template Sequence		N	S	L	P	L	R	F	W	I	N	I	I	K	N	P	Q	F	V	.	.	F	D	V	Q	T	S	D	N	M	D	A	V	L	L	V	I	A	Q	T	F	M	D	A	C	T	L	A	D	S	P	I	N	K	L	L	Y	A	R	D	.	.	.	.	I	P	R	Y	K	R	M	V	E	R	Y	Y	A	D	I	R	Q
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	T								G	G	G	T	.	.	B	S																																		T	T	T	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.																																								.	.	.	.
Template SS confidence
		1979	1980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1990	.	.	.	.	.	.			.	.	.	2000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2030	.	.	.	.	.					.	.	.	.	2040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2050	.	.
		883	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	N	D	P	N	Q	P	L	G	M	F	V	E	Q	S	T	N	L	N	S	Q	D	T	G	R	E	L	A	T	L	H	H	I	C	V	S	H	S	Q	E	L	H	E	L	S	N	I	L	S	I	K	K	L	V	T	V	T	D	M	L	T	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	P	A	S	D	Q	E	M	N	S	V	L	A	E	L	S	W	N	Y	S	G	D	L	G	A	R	V	A	L	H	E	L	Y	.	K	Y	I	N	K	Y	Y	D	Q	I	I	T	A	L	E	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																		S	S		S													.						T										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
													2059	2060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.		.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.	.	.	.	.	.	.