Job Description Q9Y7Z8 Confidence 100.00% Date Sun Jul 8 12:04:58 BST 2012 Rank 21 Aligned Residues 701 % Identity 32% Template c1o1aP_ PDB info PDB header:contractile protein Chain: P: PDB Molecule:skeletal muscle myosin ii; PDBTitle: molecular models of averaged rigor crossbridges from2 tomograms of insect flight muscle Resolution 70.00 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		20	.	.	.	.	.	.	.		.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		S	T	G	K	S	N	G	I	.	K	K	A	V	Y	T	S	T	R	K	K	T	V	G	V	D	D	L	T	L	L	S	K	I	T	D	E	E	I	N	K	N	L	E	L	R	F	R	N	G	E	I	Y	T	Y	I	G	H	V	L	I	S	V	N	P	F	R	D	L	G	I	Y	T	M	D	I	L	K	S	Y	Q
Query Conservation										.
Alig confidence										.												.	.																						.																							.								.
Template Conservation																						.	.																						.																							.								.
Template Sequence		E	G	G	E	T	L	T	V	K	E	D	Q	V	F	S	M	N	P	P	Y	.	.	D	I	E	D	M	A	M	M	T	H	L	H	E	P	A	V	L	Y	N	L	E	.	R	Y	A	A	W	M	I	Y	T	Y	S	G	L	F	C	V	T	V	N	P	Y	W	.	L	P	V	Y	N	P	V	.	V	L	A	Y	R
Template Known Secondary structure			S	S				B			G	G	G									.	.				B	G	G	G		S													.		T	T	T	T							S	S										.		G	G	G				.	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.																						.																							.								.
Template SS confidence
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.			.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.		.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.		.	.	130	.	.	.	.		.	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.								.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	N	R	L	E	T	S	P	H	V	Y	A	I	A	E	N	A	Y	Y	Q	M	K	S	Y	H	E	N	Q	C	I	I	I	S	G	E	S	G	A	G	K	T	E	A	A	K	R	I	M	Q	Y	I	T	H	V	S	K	.	.	.	.	.	.	.	S	V	G	T	E	I	E	R	V	S	E	I	I	L	A	T
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	K	R	Q	E	A	P	P	H	I	F	S	I	S	D	N	A	Y	Q	F	M	L	T	D	R	E	N	Q	S	I	L	I	T	G	E	S	G	A	G	K	T	V	N	T	R	V	I	Q	Y	F	A	T	I	A	A	S	G	E	K	K	K	E	E	Q	S	G	K	M	Q	G	T	L	E	D	Q	I	I	S	A
Template Known Secondary structure		T			T	T	S	S		S																	T											T	T	S																T				S	S	T	T	S	S	S	S	T	T	S	T	T		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	L	L	E	S	F	G	C	A	K	T	L	R	N	N	N	S	S	R	H	G	K	Y	L	E	M	I	F	N	S	G	G	V	P	V	G	A	K	I	T	N	Y	L	L	E	K	N	R	I	V	N	Q	V	R	N	E	R	N	F	H	I	F	Y	Q	F	T	K	S	A	P	Q	K	Y	R	D	T	Y	G	I
Query Conservation
Alig confidence												.												.																								.																							.
Template Conservation												.												.																								.																							.
Template Sequence		N	P	L	L	E	A	F	G	N	A	.	T	V	R	N	D	N	S	S	R	F	G	.	F	I	R	I	H	F	G	A	T	G	K	L	A	S	A	D	I	E	T	Y	L	L	E	.	S	R	V	T	F	Q	L	P	A	E	R	S	Y	H	I	F	Y	Q	I	M	S	N	.	P	E	L	I	D	M	L	L	I	T
Template Known Secondary structure										B		.			S		S	S		B				.								S	S	S	S						B							.		T	T	T				T	T											T	T		.								T
Template Predicted Secondary structure												.												.																								.																							.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.		.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.		.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.		.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	P	E	N	Y	V	Y	T	S	A	C	Q	C	L	S	V	D	G	I	S	D	E	K	D	F	Q	G	T	M	N	A	M	K	V	I	G	I	T	E	P	E	Q	D	E	I	F	R	M	L	S	I	I	L	W	L	G	N	I	Q	F	Q	E	G	Q	D	G	G	S	V	I	S	D	K	S	I	T	E	F	L
Query Conservation
Alig confidence																.																													.	.																				.	.
Template Conservation																.																													.	.																				.	.
Template Sequence		T	N	P	Y	D	Y	H	Y	V	S	E	G	E	I	.	T	V	P	S	I	D	D	Q	E	E	L	M	A	T	D	S	A	I	D	I	L	G	F	S	A	D	E	T	.	.	A	I	Y	L	T	G	A	V	M	H	Y	G	N	L	K	F	Q	Q	R	.	.	E	E	Q	A	E	P	D	G	T	E	V	A	D	A
Template Known Secondary structure		S		G	G	G		G	G	G		S	S			.			T	T																	T	T			S				.	.					T	T						T	T							.	.	S						S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																.																													.	.																				.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320		.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.			.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	L	I	G	V	P	V	A	A	I	E	R	A	L	T	I	R	I	M	Q	T	Q	H	G	A	R	R	G	S	V	Y	E	V	P	L	N	P	T	Q	A	L	A	V	R	D	A	L	S	M	A	I	Y	N	C	L	F	D	W	I	V	E	R	V	N	K	A	L	V	T	S	D	N	S	V	S	N	S	I	G
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.					.																		.	.																									.
Template Conservation																									.	.	.	.	.					.																		.	.																									.
Template Sequence		A	Y	L	M	G	L	N	S	A	E	L	L	K	A	L	C	Y	P	R	V	G	V	G	.	.	.	.	.	N	E	A	V	.	T	G	E	T	V	S	E	V	H	N	S	V	G	A	L	A	A	.	.	V	Y	E	M	F	L	W	M	V	I	R	I	N	Q	Q	L	D	T	K	Q	P	R	Q	Y	.	F	I	G
Template Known Secondary structure						T												S						S	.	.	.	.	.	S	S			.																		.	.																T			S	S					.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.					.																		.	.																									.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.						410	.	.	.		.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430			.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.		.	.	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.		.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		I	L	D	I	Y	G	F	E	I	F	E	N	N	S	F	E	Q	L	C	I	N	Y	V	N	E	K	L	Q	Q	I	F	I	E	L	T	L	K	T	E	Q	E	E	Y	V	R	E	Q	I	A	W	T	P	I	K	Y	F	.	N	N	K	V	V	C	D	L	I	E	S	K	R	P	P	G	L	F	A	A	M	N	D
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																											.																		.	.												.											.	.	.
Template Conservation																											.																		.	.																							.	.	.
Template Sequence		V	L	D	I	A	G	F	E	I	F	D	F	N	S	F	E	Q	L	C	I	N	F	T	N	E	.	L	Q	Q	F	F	N	H	H	M	F	V	L	E	Q	E	E	Y	.	.	E	G	I	E	W	E	F	I	D	F	G	M	D	L	A	A	C	I	E	L	I	E	.	.	.	P	M	G	I	F	S	I	L	E	E
Template Known Secondary structure												S	S	B													.																		.	.										S	T												.	.	.			S
Template Predicted Secondary structure																											.																		.	.																							.	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.			.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.				.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.								.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	A	T	A	H	A	D	S	A	A	A	D	S	A	F	A	Q	R	L	N	F	L	S	S	N	P	H	F	E	Q	R	Q	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	F	I	V	K	H	Y	A	G	D	V	T	Y	S	I	T	G	M	T	D	K	N	K	D	Q	L	A	T	D	I	L	N	L	I	H	S	S	N	N
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation								.	.	.	.																																																					.	.
Template Sequence		E	C	M	F	P	K	.	.	.	.	A	T	D	T	S	F	N	L	Y	D	E	H	L	G	K	S	N	N	F	Q	K	P	K	P	A	K	G	K	A	E	A	H	F	S	L	V	H	Y	A	G	T	V	D	Y	N	I	S	G	W	L	E	N	.	.	D	P	L	N	E	T	V	I	G	L	Y	Q	S	S	V	T
Template Known Secondary structure			T	T		T	T	.	.	.	.			T	T	T								B	T	T	B	S	S								S	S					S						S	S								S	S					.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.																																																					.	.
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.					.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.			.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
		564	.	.	.	.	.	570										.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	F	M	K	S	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	A	E	E	S	N	S	R	R	R	P	P	T	A	G	D	R	I	K	T	S	A	N	D	L	V	E	T	L	M	K	C	Q	P	S	Y	I	R	T	I	K	P	N	Q	T	K	S	P	N	D	Y	D	Q	Q	M	V	L	H	Q	I	K	Y	L
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.																					.
Template Conservation																																									.																					.
Template Sequence		L	A	L	L	F	A	T	Y	G	G	E	A	E	G	G	G	G	K	K	G	G	K	K	K	G	S	S	F	Q	T	V	S	A	L	F	R	E	N	L	.	N	L	M	A	N	L	R	S	T	H	P	H	F	V	R	C	I	I	P	N	.	E	T	T	P	G	A	M	E	H	E	L	V	L	H	Q	L	R	C	N
Template Known Secondary structure											T	T	G	G	G	G		S	S	S	S		G	G	G	G	T			S		S	S								.								T	S												.				T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.																					.
Template SS confidence
		619	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.		.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.		.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	Q	E	N	I	R	I	R	R	A	G	F	A	Y	R	Q	A	F	D	T	F	A	Q	R	F	A	V	L	S	G	K	T	S	Y	A	G	E	Y	T	W	Q	G	D	D	K	S	A	C	E	Q	I	L	K	D	T	N	I	P	S	S	E	Y	Q	M	G	T	S	K	V	F	I	K	N	P	E	T	L	F	A
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.																															.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.																															.	.	.
Template Sequence		G	V	L	E	G	I	R	I	C	R	K	G	F	P	S	R	V	L	Y	A	D	F	K	Q	R	Y	R	V	L	N	A	S	A	I	P	E	G	Q	F	M	.	.	.	D	S	K	K	A	S	E	K	L	L	G	G	G	D	V	D	H	T	Q	Y	A	F	G	H	T	V	F	F	A	G	.	.	.	L	L	G	L
Template Known Secondary structure		S									T	T	S				B											G	G	G	S	T	T									.	.	.		T	T							T	T	S	S	S			S	S	S		B						B			T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.																															.	.	.
Template SS confidence
		699	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.				.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.				.	770	.	.
		715	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.									.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	D	M	R	D	K	F	W	D	T	M	A	T	R	I	Q	R	A	W	R	S	Y	V	R	R	R	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	A	C	I	Q	K	L	W	N	R	N	K	V	N	M	E	L	E	R	V	R
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.																						.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation									.																																														.
Template Sequence		L	E	E	M	R	D	D	.	L	A	E	I	I	T	A	T	Q	A	R	C	R	G	F	L	M	R	V	E	Y	R	A	M	V	E	R	R	E	S	I	F	C	I	Q	Y	N	V	R	S	F	M	N	V	H	.	W	P	W	M	L
Template Known Secondary structure									.		T	T	T	T																																									.		T	T
Template Predicted Secondary structure									.																																														.
Template SS confidence
		775	.	.	.	.	780	.		.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.		.	.	.	830	.