Job Description A2P2R3 Confidence 100.00% Date Mon Jul 2 19:10:01 BST 2012 Rank 8 Aligned Residues 218 % Identity 20% Template d1ofda3 SCOP info Ntn hydrolase-like N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) Class II glutamine amidotransferases Resolution 2.00

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.									.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	G	I	F	G	Y	C	N	F	L	I	E	K	T	R	G	E	I	I	D	T	L	I	E	G	L	Q	A	L	E	Y	K	E	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	S	G	I	S	I	Q	G	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																			.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.
Template Sequence		C	G	V	G	F	I	A	N	L	R	G	K	P	D	H	.	T	L	V	E	Q	A	L	K	A	L	G	C	M	E	H	R	G	G	C	S	A	D	N	D	S	G	D	G	A	G	V	M	T	A	I	P	R	E	L	L	A	Q	W	F	N	T	R	N	L	P	M	P	D	G	D	R	L	G	V	G	M	V	F	L
Template Known Secondary structure										S	S	S			B	S	.													T	G	G	G	S		B		T	T	S	S	S	B	S																				T	T						G	G	G
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.		.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	E	P	S	A	R	E	V	A	R	A	Y	V	E	E	V	V	R	L	E	K	L	T	V	L	G	W	R	E	V	P	V	N	S	D	V	L	G	I	Q	A	K	N	N	Q	P	H	I	E	Q	I	L	V	T	C	P	E	G	C	A	G	D	E	L	D	R	R	L	Y	I	A	R	S	I	I	G	K	K	L
Template Known Secondary structure			S	S																		T	T											B		G	G	G	S																			T	T																			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
											47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.				.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	S	L	N	I	Y	K	Q	T	G	K	I	S	S	L	.	.	.	K	E	E	I	D	L	Y	N	L	N	K	N	L	P	F	I	S	H	C	G	I	A	H	T	R	R	A	T	H	G	G	L	R	R	A	N	C	H	P	H	N	S	D	P	S	N	E	F	V	V	V	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.													.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	D	F	Y	V	C	S	F	S	C	R	T	I	V	Y	K	G	M	V	R	S	I	I	L	G	E	F	Y	L	D	L	K	N	P	G	Y	T	S	N	.	.	.	.	.	.	F	A	V	Y	H	R	R	F	S	T	N	T	M	P	K	W	P	L	A	Q	P	M	.	.	.	.	.	.	.	R	L	L	G	H
Template Known Secondary structure		B	T	T	B							S	S							S	S									B						T	T			B	S	.	.	.	.	.	.										S	S	S				G	G	G	S	S			.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.							200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.								.	.	.	.	.
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query Sequence		N	G	V	I	T	N	F	A	N	L	K	A	L	L	M	A	K	G	Y	V	F	K	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	T	E	C	I	P	K	L	Y	K	H	I	Y	D	T	S	I	E	L	G	Y	N	L	D	F	H	V	L	T	N	L	V	L	.	.	.	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	E	I	N	T	L	L	G	N	I	N	W	M	A	A	R	E	K	E	L	E	V	S	G	W	T	K	A	E	L	E	A	L	T	P	I	V	N	Q	A	N	S	D	S	Y	N	L	D	S	A	L	E	L	L	V	R	T	.	.	.	.	.	.	G	R	S	P	L	E	A	A	M	I	L	V	P	E	A	Y
Template Known Secondary structure						T	T												G	G	G				T	T												S			T	T	S																T	.	.	.	.	.	.	T											S
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.							.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
																									173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.								.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	L	E	G	S	Y	G	L	L	C	T	S	S	H	F	P	D	E	V	V	A	A	R	K	G	S	P	L	V	I	G	.	.	.	.	.	.	.	V	K	G	K	T	D	M	D	V	N	F	V	E	V	E	Y	L	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	Q	P	A	L	K	D	Y	P	E	I	S	D	F	H	D	Y	Y	S	G	L	Q	E	P	W	D	G	P	A	L	L	V	F	S	D	G	K	I	V	G	A	G	L	D	R	N	G	L	R	P	A	R	Y	C	I	T	K	D	D	Y	I	V	L	G	S	E	A	G	V	V	D	L	P	E	V	D	I	V	E
Template Known Secondary structure		T	T		G	G	G	T	T												T	T	T						S	S								S	S								T	T			S								T	T							S	S	T	T		S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		223					.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.
Query Sequence		Q	.	.	.	.	E	E	D	Y	L	K	L	N	T	Q	T	K	S	S	G	N
Query Conservation			.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	R	L	A	P	G	Q	M	I	A	V	D	L	A	E	Q	K	I	L	K
Template Known Secondary structure							T	T							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.

---

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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