Job Description O13527 Confidence 99.35% Date Mon Jul 2 19:10:08 BST 2012 Rank 18 Aligned Residues 316 % Identity 14% Template d2zd1b1 SCOP info DNA/RNA polymerases DNA/RNA polymerases Reverse transcriptase Resolution 1.80

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		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.						.	.	.	760	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	K	M	N	T	W	D	T	D	K	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	K	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	.	.	.	.	.	T	G	M	Q	S	N	T	V	H	H
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	A	L	V	E	I	C	T	E	M	E	K	E	G	K	I	S	K	I	.	.	.	.	.	.	.	G	P	E	N	P	Y	N	T	P	V	F	A	I	K	K	K	D	S	T	K	W	R	K	L	V	D	F	R	E	L	N	K	R	T	Q	D	F	W	E	V	Q	L	G	I	P	H	P	A	G	L	K	K	K
Template Known Secondary structure															T	T	S					.	.	.	.	.	.	.		T	T				B	B								T	T		S	S							T							B						T	T	S						T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50								.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		767	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800						.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	L	M	T	S	L	S	L	A	L	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	.	.	.	.	.	L	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I	K	S	Y	L	I
Query Conservation																																				.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																																									.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	V	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	V	P	L	D	E	D	F	R	K	Y	T	A	F	T	I	P	S	I	N	N	E	T	P	G	I	R	Y	Q	Y	N	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	S	S	M	T	K	I	L	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S								G	G	G	G	G	G	S	B			T	T	T	G	G	G	G							G	G	G		S								S	B			T	T		T															.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Template SS confidence
																104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		842	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.		.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		K	Q	C	G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	.	D	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T	L	K	K	Q	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E	I	K	Y	Q	R	G	K
Query Conservation																																				.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.									.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.									.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template Sequence		E	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	Q	N	P	D	I	V	I	Y	Q	Y	M	D	D	L	Y	V	G	S	D	L	E	I	G	Q	H	R	T	K	I	E	E	L	R	Q	H	.	.	L	L	R	W	G	L	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	W	M	G	Y	E	L	.	.	.	H	P	D
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T							T	T								S																.	.								T	.	.	.	.	.	.	.	.	T						.	.	.		G	G
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.									.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.											.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.			.	210	.	.	.	.	.	.									.	.	.	220	.	.				.	.	.
		921	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	M	K	L	G	M	E	K	S	L	T	E	K	L	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	K	K	L	R	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F	R	F	D	L	L	Y	Y	I	N
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template Sequence		K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	Q	P	I	V	L	P	E	K	D	S	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	K	L	N	W	A	S	Q	.	I	Y	P	G	I	K	.	.	V	R
Template Known Secondary structure		G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S																	T	T	.	T		T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template SS confidence
		238	.																																						240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270	.	.	.	.	.			.	.
		1001	.	.	.	.	.	.	.										.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	A	Q	H	I	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	I	W	H	K	N	K	P	T	E	P	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.							.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.							.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	S	K	L	L	R	G	T	K	A	L	T	E	V	I	P	L	T	E	E	A	E	L	E	L	A	E	N	R	E	I	L	K	E	P	V	H	G	V	Y	.	Y	D	P	S	K	D	.	.	.	.	.	.	L	I	A	E	I	Q	K	Q	.	.	.	.	.	.	G	Q	G	Q	W	T	Y	Q	I	Y	Q	E
Template Known Secondary structure						T	T		S				T	T																				T	T	S			T	T			.			T	T	S		.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.		T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure																																											.							.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.		.	320	.	.	.	.							.	.	.	.	.	330	.	.							.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		1072	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		G	K	V	I	G	G	K	S	T	K	A	S	.	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N
Query Conservation														.
Alig confidence														.
Template Conservation
Template Sequence		P	F	K	N	L	K	T	G	K	Y	A	R	M	R	G	A	H	T	N	D	V	K	Q	L	T	E	A	V	Q	K	I	T	T	E	S
Template Known Secondary structure		T	T												S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.