Job Description O13527 Confidence 99.15% Date Mon Jul 2 19:10:08 BST 2012 Rank 20 Aligned Residues 321 % Identity 17% Template d1mu2a2 SCOP info DNA/RNA polymerases DNA/RNA polymerases Reverse transcriptase Resolution 2.35

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		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	K	M	N	T	W	D	T	D	K	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	K	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	T	G	M	Q	S	N	T	V	H	H	Y	A	L	M	T
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	E	A	L	K	E	I	C	E	K	M	E	K	E	G	Q	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	P	T	N	P	Y	N	T	P	T	F	A	I	K	K	K	D	.	.	.	.	.	R	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	F	R	E	L	N	K	V	T	Q	D	F	T	E	I	Q	L
Template Known Secondary structure																T	S				.	.	.	.	.	.	.	.			T	T				B	B										.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.			T							B
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.									50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.						.	.	70										.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		772	.	.	.	.	.	.			.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.
Query SS confidence									.	.
Query Sequence		S	L	S	L	A	L	D	.	.	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	L	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I	K	S	Y	L	I	K	Q	C	G	M	E	E	V
Query Conservation									.	.
Alig confidence									.	.																								.	.											.	.																										.				.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.											.	.																										.				.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	P	H	P	A	G	L	A	K	K	R	R	I	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	I	P	L	H	E	D	F	.	.	R	P	Y	T	A	F	T	L	K	R	.	.	Y	I	Y	K	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	H	T	M	R	Q	V	L	.	E	P	F	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S				G	G	G	S	B			S								B	S	S	G	G	G	S	B			T	T	T	.	.	G	G	G	G							.	.				S	B			T	T		T	T														.				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.											.	.																										.				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.			.	.	.	.	.	130	.	.	.	.			.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		160	.	.
		850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.		.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.			.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																		.	.
Query SS confidence																											.																		.	.
Query Sequence		R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	.	K	D	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T	L	K	K	Q	Y	.	.	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E	I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M	K	L	G	M
Query Conservation																											.																		.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																					.																		.	.																								.	.	.						.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																																																																.	.	.						.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	R	K	A	N	K	D	V	I	I	I	Q	Y	M	D	D	I	L	I	A	S	D	R	T	D	L	E	H	D	R	V	V	L	Q	L	K	E	L	L	N	G	L	G	F	S	T	P	D	E	K	F	Q	K	D	P	P	Y	H	W	M	G	Y	E	L	.	.	.	W	P	T	K	W	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.					T	T	S						T	T								S																			T	T		B			S	T	T				S	S	S				T	T				.	.	.		S	S			.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																.	.	.						.	.	.	.
Template SS confidence
							172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.
		927	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	S	L	T	E	K	L	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	K	K	L	R	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F	R	F	D	L	L	Y	Y	I	N	T	L	A	Q	H	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	Q	K	I	Q	L	P	Q	K	E	I	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	V	L	N	W	A	A	Q	.	L	Y	P	G	I	K	.	.	T	K	H	L	C	R	L	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S		B																	.		S	T	T			.	.						T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.							.	.
Template SS confidence
																																			240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270	.	.	.	.	.			.	.	.	.	280	.	.	.
		1007										.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	I	W	H	K	N	K	P	T	E	P	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N	G	K	V	I	G	G
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	K	M	T	L	T	E	E	V	Q	W	T	E	L	A	E	A	E	L	E	E	N	R	I	I	L	S	Q	E	Q	E	G	H	Y	.	Y	Q	E	E	K	E	L	E	.	.	.	.	A	T	V	Q	K	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	Q	W	T	Y	K	I	H	Q	E	E	K	I	L	K
Template Known Secondary structure			S	S	S		T	T		B																			S								.	B		T	T	S				.	.	.	.							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.		.	320	.	.	.	.	.	.					.	.	.	330	.	.	.										.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1078	.	1080	.	.	.				.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		K	S	T	K	A	S	.	.	.	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N	N
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	K	Y	A	K	V	T	H	T	N	G	I	R	L	L	A	Q	V	V	Q	K	I	G	K	E	A	L	V	I	W	G
Template Known Secondary structure																																	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.