Job Description O13527 Confidence 99.29% Date Mon Jul 2 19:10:08 BST 2012 Rank 19 Aligned Residues 356 % Identity 15% Template c3kk1B_ PDB info PDB header:transferase/dna Chain: B: PDB Molecule:reverse transcriptase p51 subunit; PDBTitle: hiv-1 reverse transcriptase-dna complex with nuceotide inhibitor gs-2 9148-diphosphate bound in nucleotide site Resolution 2.70 Å

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		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	K	M	N	T	W	D	T	D	K	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	K	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	T	G	M	Q	S	N	T	V	H	H	Y	A	L	M	T
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.																				.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.																				.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	A	L	V	E	I	C	T	E	M	E	K	E	G	K	I	S	K	I	.	.	.	.	.	.	.	G	P	E	N	P	Y	N	T	P	V	F	A	I	K	K	K	D	S	T	.	.	K	W	R	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	F	R	E	L	N	K	R	T	Q	D	F	W	E	V	Q	L
Template Known Secondary structure															T	T	S					.	.	.	.	.	.	.		T	T	S			B									S	S		S	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.										B		T					S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.																				.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50								.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.			70	.	.	.	.										.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		772	.	.	.	.	.			.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800						.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																								.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.																								.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	S	L	A	L	.	.	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	.	.	.	.	.	L	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I	K	S	Y	L	I	K	Q	C
Query Conservation								.	.																								.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.																								.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	P	H	P	A	G	L	K	K	K	K	S	V	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	V	P	L	D	E	D	F	R	K	Y	T	A	F	T	I	P	S	I	N	N	E	T	P	G	I	R	Y	Q	Y	N	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	S	S	M	T	K	I	L	E	P	F	R
Template Known Secondary structure							T	T	T	T	T		S							T	T	G	G	G	G	G	S	B							G	G	G							G	G	G	S	S								S	B			T	T		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		845	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.		.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.
Query SS confidence																																	.
Query Sequence		G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	.	D	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T	L	K	K	Q	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E	I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M	K
Query Conservation																																	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Q	N	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	I	Y	Q	Y	M	D	D	L	Y	V	G	S	D	L	E	I	G	Q	H	R	T	K	I	E	E	L	R	Q	H	L	L	R	W	G	L	M	G	Y	E	L	H	P	D	K	W	T	.	V	Q	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T								S		T	T														T	T	T							B		G	G	G			.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		173	.	.	.	.												.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.		.	.	.	.
		924	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	M	E	K	S	L	T	E	K	L	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	K	K	L	R	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F	R	F	D	L	L	Y	Y	I	N	T	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	P	E	K	D	S	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	K	L	N	W	A	S	Q	I	Y	P	.	.	.	G	I	K	V	R	Q	L	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S		B															T	T	T	S	T	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template SS confidence
																																											245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.				.	.	.	.	.	.	.	280
		1004	.	.	.	.										.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Query Sequence		Q	H	I	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	I	W	H	K	N	K	P	T	E	P	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N	G	K	.
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.								.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation																																							.								.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	L	R	G	T	K	A	L	T	E	V	I	P	L	T	E	E	A	E	L	E	L	A	E	N	R	E	I	L	K	E	P	V	H	G	V	.	Y	Y	D	P	S	K	D	.	.	.	.	.	.	L	I	A	E	I	Q	K	Q	.	.	.	.	.	.	G	Q	G	Q	W	T	Y	Q	I	Y	Q	E	P	F	K
Template Known Secondary structure		T	T	S		S				T	T		B																		T	T	S			S	S		.				T	T	S		.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.		T	T								S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.								.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.		.	.	320	.	.	.	.							.	.	.	.	.	330	.	.							.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
				1074	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	V	I	G	G	K	S	T	K	A	S	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N	N	L	S	Y	L	I	Q	E	L	N	K	K	P	I	I	K	G	L	L	T	D	S	R	S	T	I	S	I	I	K	S	T	N	E	E	K	F	R	N	R	F	F	G	T	K	A
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	K	T	G	K	Y	A	R	M	R	G	A	H	T	N	D	V	K	Q	L	T	E	A	V	Q	K	I	T	T	E	S	I	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	G	K	T	P	K	F	K	L	P	I	Q	K
Template Known Secondary structure													S	S	S																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		1152	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		M	R	L	R	D	E	V	S	G	N	N	L	Y	V	Y	Y	I	E	T	K	K	N	I	.	A	D	V	M
Query Conservation																									.
Alig confidence												.													.
Template Conservation												.
Template Sequence		E	T	W	E	T	W	W	T	E	Y	.	W	Q	A	T	W	I	P	E	W	E	F	V	N	T	P	P	L
Template Known Secondary structure								G	G	G	T	.				S	S											T	T
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.		.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.