Job Description O13527 Confidence 99.47% Date Mon Jul 2 19:10:08 BST 2012 Rank 17 Aligned Residues 378 % Identity 21% Template c1mu2A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:hiv-2 rt; PDBTitle: crystal structure of hiv-2 reverse transcriptase Resolution 2.35 Å

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		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.												.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	Y	I	E	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	K	M	N	T	W	D	T	D	K	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	K	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	T
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	K	I	E	A	L	K	E	I	C	E	K	M	E	K	E	G	Q	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	P	T	N	P	Y	N	T	P	T	F	A	I	K	K	K	D	.	.	.	.	.	R	M	L	I	D	F	R	E	L	N	K	V	T	Q	D	F	T	E	I	Q	L	G	I	P	H	P	A
Template Known Secondary structure																			T	S				.	.	.	.	.	.	.	.			T	T				B	B										.	.	.	.	.						T							B									S				G	G
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.									50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.						.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	M	Q	S	N	T	V	H	H	Y	A	L	M	T	S	L	S	L	A	L	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	L	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I	K
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.															.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.															.	.
Template Sequence		G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	K	R	R	I	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	I	P	L	H	E	D	.	.	F	R	P	Y	T	A	F	T	L	K	R	Y	I	Y	.	.	K	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	H	T	M	R
Template Known Secondary structure		G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B			S								B	S	S	G	G	G	S	B			T	T	.	.	T	G	G	G	G										.	.	S	B			T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.															.	.
Template SS confidence
		99	100																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.			.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.			.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		838	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.		.	880	.	.	.	.	.	.	.				.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.										.	.	.
Query SS confidence																																											.										.	.	.
Query Sequence		S	Y	L	I	K	Q	C	G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	D	L	N	.	A	N	K	K	I	I	T	T	L	.	.	.	K	K	Q	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E
Query Conservation																																											.										.	.	.
Alig confidence					.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.										.	.	.								.
Template Conservation					.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template Sequence		Q	V	L	.	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	K	A	N	K	D	V	I	I	I	Q	Y	M	D	D	I	L	I	A	S	D	R	T	D	L	E	H	D	R	V	V	L	Q	L	K	E	L	L	N	G	L	G	F	S	.	T	P	D	E	K	F	Q	K	D	P	P	Y	H	W	M	G	Y	E
Template Known Secondary structure					.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S						T	T								S																			T	T		B	.			S	T	T				S	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure					.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template SS confidence
		166	.	.		.	170											.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		914	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M	K	L	G	M	E	K	S	L	T	E	K	L	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	K	K	L	R	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F	R	F
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation			.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Sequence		L	.	.	.	W	P	T	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	Q	K	I	Q	L	P	Q	K	E	I	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	V	L	N	W	A	A	Q	.	L	Y	P
Template Known Secondary structure			.	.	.		S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S		B																	.		S	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template SS confidence
		234				.	.	.	.	.																																						240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270	.	.
		994	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.										.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.																																.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	L	Y	Y	I	N	T	L	A	Q	H	I	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		G	I	K	.	.	T	K	H	L	C	R	L	I	S	G	K	M	T	L	T	E	E	V	Q	W	T	E	L	A	E	A	E	L	E	E	N	R	I	I	L	S	Q	E	Q	E	G	H	Y	Y	Q	E	E	K	E	L	E	A	T	V	Q	K	D	Q	D	N	Q	W	T	Y	K	I	H	Q	E	E	K	I	L	K	V
Template Known Secondary structure		T			.	.						T	T	S		S	S	S		T	T		B																			S								B		T	T	S										S	S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		273	.	.			.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		1034	.	.	.	.	.	1040	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	H	K	N	K	P	T	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	Y	A	K	V	T	H	T	N	G	I	R	L	L	A	Q	V	V	Q	K	I	G	K	E	A	L	V	I	W	G	R	I	P	K	F	H	L	P	V	E	R	E	I	W	E	Q	W	W	D	N	Y	W	Q	V	T	W	I	P	D	W	D	F	V	S	T	P	P	L	V	R	L	A	F	N	L	V	G	D	P
Template Known Secondary structure																																S	S							S	B													S	S						S							S	S		B								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
			1043	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N	G	K	V	I	G	G	K	S	T	K	A	S	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N	N	L	S	Y	L	I	Q	E	L	N	K	K	P	I	I	K
Query Conservation		.
Alig confidence		.													.	.	.	.																											.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.																											.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	G	A	E	T	F	Y	T	D	G	S	C	.	.	.	.	N	R	Q	S	K	E	G	K	A	G	Y	V	T	D	R	G	K	D	K	V	K	K	L	E	Q	T	.	.	.	T	N	Q	Q	A	E	L	E	A	F	A	M	A	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	G	P	K	V
Template Known Secondary structure			T	T											.	.	.	.		T	T	T										T	T	S								S	S		.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.																											.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.					.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.				.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.														.	.	.	490	.	.
		1122	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1180
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.
Query Sequence		G	L	L	T	D	S	R	S	T	I	S	I	I	K	S	T	N	E	E	K	F	R	N	R	F	F	G	T	K	A	M	R	L	R	D	E	V	S	G	N	N	L	Y	V	Y	Y	I	E	T	K	.	.	.	.	.	K	N	I	A	D	V	M	T	K
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.																															.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.
Template Sequence		N	I	I	V	D	S	Q	Y	V	M	G	I	V	A	S	Q	.	.	.	.	P	T	E	S	E	S	K	I	V	N	Q	I	I	E	E	M	I	K	K	E	A	I	Y	V	A	W	V	P	A	H	K	G	I	G	G	N	Q	E	V	D	H	L	V	S
Template Known Secondary structure						S										T		.	.	.	.		S			S															S									S	S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.					.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.