Job Description O13535 Confidence 99.20% Date Mon Jul 2 19:10:10 BST 2012 Rank 20 Aligned Residues 315 % Identity 16% Template c3kk1B_ PDB info PDB header:transferase/dna Chain: B: PDB Molecule:reverse transcriptase p51 subunit; PDBTitle: hiv-1 reverse transcriptase-dna complex with nuceotide inhibitor gs-2 9148-diphosphate bound in nucleotide site Resolution 2.70 Å

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		1289	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Q	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	M	M	K	T	W	D	T	D	R	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	R	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	P	G	M	Q	S	N	T	V	H	H	Y	A	L	M	T
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																					.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.																					.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	A	L	V	E	I	C	T	E	M	E	K	E	G	K	I	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	P	E	N	P	Y	N	T	P	V	F	A	I	K	K	K	D	S	T	.	K	W	R	K	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	R	E	L	N	K	R	T	Q	D	F	W	E	V	Q	L
Template Known Secondary structure															T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S			B									S	S		S	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.									B		T					S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.																					.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.									50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.		70	.	.	.	.	.										.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		1369	1370	.	.			.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.						.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.
Predicted Secondary structure						.	.																										.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.																										.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	S	L	.	.	A	L	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	.	.	.	.	.	L	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I	K	S	Y	L	I	K	Q	C
Query Conservation						.	.																										.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.																										.	.	.	.	.																																									.			.
Template Conservation																																																																														.			.
Template Sequence		G	I	P	H	P	A	G	L	K	K	K	K	S	V	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	V	P	L	D	E	D	F	R	K	Y	T	A	F	T	I	P	S	I	N	N	E	T	P	G	I	R	Y	Q	Y	N	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	S	S	M	T	K	I	L	.	E	P	.
Template Known Secondary structure							T	T	T	T	T		S							T	T	G	G	G	G	G	S	B							G	G	G							G	G	G	S	S								S	B			T	T		T															.			.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.			.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170
		1442	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.																.
Query SS confidence																																	.																.
Query Sequence		G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	.	D	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T	L	K	K	Q	.	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E	I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M
Query Conservation																																	.																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.																.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	K	Q	N	P	D	I	V	I	Y	Q	Y	M	D	D	L	Y	V	G	S	D	L	E	I	G	Q	H	R	T	K	I	E	E	L	R	Q	H	L	L	R	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	G	Y	E	L	H	P	D	K	W	T	V	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S							T	T								S		T	T														T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.															.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	G	M	E	N	S	L	T	E	K	I	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	R	K	L	S	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F	R	F	D	L	L	Y	Y	I	N	T	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.							.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	V	L	P	E	K	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	K	L	N	W	A	S	Q	.	I	Y	P	G	I	K	.	.	V	R	Q	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B															T	T	.	T	S	T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.							.	.
Template SS confidence
																						243	.	.	.	.	.	.	250	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270	.	.	.	.	.			.	.	.	.
		1600	.	.	.	.	.										.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Q	H	I	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	I	W	H	K	N	K	P	T	E	P	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N	G	K
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	L	L	R	G	T	K	A	L	T	E	V	I	P	L	T	E	E	A	E	L	E	L	A	E	N	R	E	I	L	K	E	P	V	H	G	V	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	D	P	S	K	D	L	I	A	E	I	Q	K	Q	.	.	.	.	.	.	G	Q	G	Q	W	T	Y	Q	I	Y	Q	E	P	F
Template Known Secondary structure			T	T	S		S				T	T		B																		T	T	S			S	S				.	.	.	.	.	.	.		T	T	S										.	.	.	.	.	.		T	T								S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.								320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.							.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
					1671	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	V	I	G	G	K	S	T	K	A	S	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	L	K	T	G	K	Y	A	R	M	R	G	A	H	T	N	D	V	K	Q	L	T	E	A	V	Q	K	I	T	T	E	S	I	V
Template Known Secondary structure														S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.