Job Description O13535 Confidence 20.85% Date Mon Jul 2 19:10:10 BST 2012 Rank 75 Aligned Residues 188 % Identity 15% Template c2de0X_ PDB info PDB header:transferase Chain: X: PDB Molecule:alpha-(1,6)-fucosyltransferase; PDBTitle: crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, fut8 Resolution 2.61 Å

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		1281	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	I	K	E	K	E	K	Y	I	Q	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	M	M	K	T	W	D	T	D	R	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	R	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	P	G	M	Q	S	N	T
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	T	D	G	A	G	D	W	R	E	K	E	A	K	D	L	T	E	L	V	Q	R	R	I	T	Y	L	Q	N	.	.	.	.	.	.	P	K	D	C	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	K	K	L	V	C	N	I	N	K	G	C	G	.	.	.	.	.	.	Y	G	C	Q
Template Known Secondary structure			T	T	T																										.	.	.	.	.	.		S		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S										S	S		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200							.	.	.	.	.																	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.							220	.	.	.
		1361	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	1400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	H	Y	A	L	M	T	S	L	S	L	A	L	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	Y	I	R	P	P	P	H
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		L	H	H	V	V	Y	C	F	M	I	A	Y	G	T	Q	R	T	L	I	L	E	.	.	S	Q	N	W	R	Y	A	T	G	G	W	E	T	V	F	R	P	V	S	E	T	C	T	D	R	S	G	I	S	T	G	H	W	S	G	E	V	K	D	K	N	V	Q	V	V	E	L	P	I	V	D	S	L	H	P	R	P
Template Known Secondary structure																T							.	.		T	T		S	S		T	T		G	G	G	T	B			S		S	S							S				B				T	T	G	G	G	G		S							G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.			.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		1406	.	.	.	1410	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																		.
Query SS confidence										.																		.
Query Sequence		L	G	M	N	D	K	L	I	.	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	.	E	T	I	K	S	Y	L	I	K	Q	C	G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	D	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T
Query Conservation										.																		.
Alig confidence										.																		.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	L	P	L	A	V	P	E	D	L	A	D	R	L	V	R	V	H	G	D	P	A	V	W	W	V	S	Q	F	V	K	Y	L	I	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	W	L	E	K	E	I	E	E
Template Known Secondary structure		S			T	T				G	G	G									S															T		B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
		1484	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.				.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.
Query Sequence		L	K	K	Q	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G	L	E	I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M	K	L	G	M	E	N	S	.	.	.	L	T	E	K	I	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	R	K	L
Query Conservation																																													.	.	.
Alig confidence										.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.														.	.	.
Template Conservation										.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Sequence		A	T	K	K	L	G	F	K	.	.	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	G	V	H	V	.	.	R	R	T	E	A	A	F	H	P	I	E	E	Y	M	V	H	V	E	E	H	F	Q	L	L	A	R	R	M	Q	V	D	K	K	R	V
Template Known Secondary structure							T			.	.	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.							S		S																	T	T	S			S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.			.	.											.	360	.	.	.	.			.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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