Job Description O13535 Confidence 99.66% Date Mon Jul 2 19:10:10 BST 2012 Rank 16 Aligned Residues 378 % Identity 16% Template c1rthA_ PDB info PDB header:nucleotidyltransferase Chain: A: PDB Molecule:hiv-1 reverse transcriptase; PDBTitle: high resolution structures of hiv-1 rt from four rt-2 inhibitor complexes Resolution 2.20 Å

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		1289	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.											.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Q	A	Y	H	K	E	V	N	Q	L	L	M	M	K	T	W	D	T	D	R	Y	Y	D	R	K	E	I	D	P	K	R	V	I	N	S	M	F	I	F	N	R	K	R	D	G	T	H	K	A	R	F	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	G	D	I	Q	H	P	D	T	Y	D	P	G	M	Q	S
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.																									.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Sequence		I	K	A	L	V	E	I	C	T	E	M	E	K	E	G	K	I	.	.	.	.	.	.	.	S	K	I	G	P	E	N	P	Y	N	T	P	V	F	A	I	K	K	K	D	S	T	K	W	.	.	R	K	L	V	D	F	R	E	L	N	K	R	T	Q	D	F	W	E	V	Q	L	G	I	P	H	P	A	G	L	K
Template Known Secondary structure															T	T	S		.	.	.	.	.	.	.					S	S				B	B								T	T		S	S		.	.													B				S		S			S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.								.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.			.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		1359	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.						.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		N	T	V	H	H	Y	A	L	M	T	S	L	S	L	A	L	D	N	N	Y	Y	I	T	Q	L	D	I	S	S	A	Y	L	Y	A	D	I	K	E	E	L	.	.	.	.	.	Y	I	R	P	P	P	H	L	G	M	N	D	K	L	I	R	L	K	K	S	L	Y	G	L	K	Q	S	G	A	N	W	Y	E	T	I
Query Conservation																																										.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	S	V	T	V	L	D	V	G	D	A	Y	F	S	V	P	L	D	E	D	F	R	K	Y	T	A	F	T	I	P	S	I	N	N	E	T	P	G	I	R	Y	Q	Y	N	V	L	P	Q	G	W	K	G	S	P	A	I	F	Q	S	S	M
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S								G	G	G	T	T	T	S	B			T	T	G	G	G	G	G							T	T			S								S	B			T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		102																		.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		1434	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.						.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	Y	L	I	K	Q	C	G	M	E	E	V	R	G	W	S	C	V	F	K	N	S	Q	V	T	I	C	L	F	V	D	D	M	I	L	F	S	K	D	.	.	.	.	.	L	N	A	N	K	K	I	I	T	T	L	K	K	Q	Y	D	T	K	I	I	N	L	G	E	S	D	N	E	I	Q	Y	D	I	L	G
Query Conservation																																										.	.	.	.	.
Alig confidence						.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.												.							.
Template Conservation						.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.							.
Template Sequence		T	K	I	L	.	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	K	Q	N	P	D	I	V	I	Y	Q	Y	M	D	D	L	Y	V	G	S	D	L	E	I	G	Q	H	R	T	K	I	E	E	L	R	Q	H	L	.	L	R	W	G	L	T	.	T	P	D	K	K	H	Q	K	E	P	P	F	L	W	M	G
Template Known Secondary structure						.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T							T	T								S																	.			T	T			.				G	G	G				S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure						.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.							.
Template SS confidence
		165	.	.	.		.	170											.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		1509	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	I	K	Y	Q	R	G	K	Y	M	K	L	G	M	E	N	S	L	T	E	K	I	P	K	L	N	V	P	L	N	P	K	G	R	K	L	S	A	P	G	Q	P	G	L	Y	I	D	Q	D	E	L	E	I	D	E	D	E	Y	K	E	K	V	H	E	M	Q	K	L	I	G	L	A	S	Y	V	G	Y	K	F
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Sequence		Y	E	L	H	.	.	.	P	D	K	W	T	V	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	L	P	E	K	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	T	V	N	D	I	Q	K	L	V	G	K	L	N	W	A	S	Q	.	I
Template Known Secondary structure						.	.	.	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T	.	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template SS confidence
		232	.	.	.				.	.	.	.	240	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	250	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.		270
		1589	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.							.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	D	L	L	Y	Y	I	N	T	L	A	Q	H	I	L	F	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Q	V	L	D	M	T	Y	E	L	I	Q	F	M	W	D	T	R	D	K	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	P	G	I	K	V	R	Q	L	K	L	L	R	G	T	K	A	L	T	E	V	I	P	L	T	E	E	A	E	L	E	L	A	E	N	R	E	I	L	K	E	P	V	H	G	V	Y	Y	D	P	S	K	D	L	I	A	E	I	Q	K	Q	G	Q	G	Q	W	T	Y	Q	I	Y	Q	E	P	F	K	N	L	K	T
Template Known Secondary structure		S	T	T				S				T	T	T	T				T	T																				T	T	S									T	T	S											T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
																																																																											1630	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	W	H	K	N	K	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	Y	A	R	M	R	G	A	H	T	N	D	V	K	Q	L	T	E	A	V	Q	K	I	T	T	E	S	I	V	I	W	G	K	T	P	K	F	K	L	P	I	Q	K	E	T	W	E	T	W	W	T	E	Y	W	Q	A	T	W	I	P	E	W	E	F	V	N	T	P	P	L	V	K	L	W	Y	Q	L	E	K
Template Known Secondary structure										S																								S	S							S	S													S	S						S							S	S										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
		1637	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	P	D	N	K	L	V	A	I	S	D	A	S	Y	G	N	Q	P	Y	Y	K	S	Q	I	G	N	I	Y	L	L	N	G	K	V	I	G	G	K	S	T	K	A	S	L	T	C	T	S	T	T	E	A	E	I	H	A	I	S	E	S	V	P	L	L	N	N	L	S	H	L	V	Q	E	L	N	K	K	P	I
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.																										.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.																										.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	P	I	V	G	A	E	T	F	Y	V	D	G	A	A	N	.	.	.	.	R	E	T	K	L	G	K	A	G	Y	V	T	N	R	G	R	Q	K	V	V	T	L	T	D	T	.	.	.	T	N	Q	K	T	E	L	Q	A	I	Y	L	A	L	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	L
Template Known Secondary structure		S			T	T	S											.	.	.	.	T	T	T	T									T	T	S								S	S		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																										.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.					.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.				.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.														.	490	.
		1717	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.		.	.	.	.	1760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1770	.
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		T	K	G	L	L	T	D	S	K	S	T	I	S	I	I	I	S	N	N	E	E	K	F	R	N	R	F	F	G	T	K	A	M	R	L	R	D	E	V	.	S	G	N	H	L	H	V	C	Y	I	E	T	K	K	N	I
Query Conservation																																									.
Alig confidence																												.	.	.	.	.									.
Template Conservation																												.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	N	I	V	T	D	S	Q	Y	A	L	G	I	I	Q	A	Q	P	D	Q	S	E	S	E	L	.	.	.	.	.	V	N	Q	I	I	E	Q	L	I	K	K	E	K	V	Y	L	A	W	V	P	A	H	K	G	I
Template Known Secondary structure																					S			S				.	.	.	.	.												S									T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.						.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.