Job Description P36006 Confidence 100.00% Date Mon Jul 2 19:17:52 BST 2012 Rank 15 Aligned Residues 683 % Identity 35% Template c2vb6A_ PDB info PDB header:motor protein Chain: A: PDB Molecule:myosin vi; PDBTitle: myosin vi (md-insert2-cam, delta insert1) post-rigor state (2 crystal form 2) Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.			.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.		.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.												.
Query SS confidence														.	.												.
Query Sequence		V	I	K	K	G	A	R	R	K	D	V	K	.	.	E	P	K	K	R	S	A	K	I	K	K	.	A	T	F	D	A	N	K	K	K	E	V	G	I	S	D	L	T	L	L	S	K	I	S	D	E	S	I	N	E	N	L	K	K	R	F	K	N	G	I	I	Y	T	Y	I	G	H	V	L	I	S	V	N	P	F
Query Conservation														.	.												.
Alig confidence														.	.												.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	D	I	G	P	D	S	L	T	I	E	P	L	N	Q	K	G	K	T	F	L	A	L	I	N	Q	V	F	P	A	E	E	D	S	K	K	D	V	E	D	N	C	S	L	M	Y	L	N	E	A	T	L	L	H	N	I	K	V	R	Y	S	K	D	R	I	Y	T	Y	V	A	N	I	L	I	A	V	N	P	Y
Template Known Secondary structure							S	S							T	T		T	T							G	G	G						S		S	S				S	B	G	G	G	S	S	S		S														T	T							T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		80	.	.	.		.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.
Query SS confidence						.
Query Sequence		R	D	L	G	.	I	Y	T	N	A	V	L	E	S	Y	K	G	K	N	R	L	E	V	P	P	H	V	F	A	I	A	E	S	M	Y	Y	N	L	K	S	Y	N	E	N	Q	C	V	I	I	S	G	E	S	G	A	G	K	T	E	A	A	K	R	I	M	Q	Y	I	A	A	A	S	N	S	H	S	E	S	I	G
Query Conservation						.
Alig confidence						.																																																																									.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		F	D	I	P	K	I	Y	S	S	E	T	I	K	S	Y	Q	G	K	S	L	G	T	M	P	P	H	V	F	A	I	A	D	K	A	F	R	D	M	K	V	L	K	L	S	Q	S	I	I	V	S	G	E	S	G	A	G	K	T	E	N	T	K	F	V	L	R	Y	L	T	E	S	Y	G	T	G	Q	D	.	.	.
Template Known Secondary structure		S			S	S	T	T	S								T	T			B	T	T	B		S																	T										S	T	T	S	S																	S		S	S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	K	D	M	V	L	A	T	N	P	L	L	E	S	F	G	C	A	K	T	L	R	N	N	N	S	S	R	H	G	K	Y	L	E	I	K	F	N	S	Q	F	E	P	C	A	G	N	I	T	N	Y	L	L	E	K	Q	R	V	V	G	Q	I	K	N	E	R	N	F	H	I	F	Y	Q	F	T	K	G	A	S
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	I	D	D	R	I	V	E	A	N	P	L	L	E	A	F	G	N	A	K	T	V	R	N	N	N	S	S	R	F	G	K	F	V	E	I	H	F	N	E	K	S	S	V	V	G	G	F	V	S	H	Y	L	L	E	K	S	R	I	C	V	Q	G	K	E	E	R	N	Y	H	I	F	Y	R	L	C	A	G	A	S
Template Known Secondary structure		.																					S	S		T	T			S	S										T	T	S														S	G	G	G	T				T	T			S	B
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	Y	K	Q	M	F	G	V	Q	M	P	E	Q	Y	I	Y	T	A	A	A	G	C	T	T	A	D	T	I	D	D	V	K	D	Y	E	G	T	L	E	A	M	R	T	I	G	L	V	Q	E	E	Q	D	Q	I	F	R	M	L	A	A	I	L	W	I	G	N	I	S	F	I	E	N	E	E	G	N	A	Q	V
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	I	R	E	R	L	H	L	S	S	P	D	N	F	R	Y	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	H	G	D	F	I	R	M	C	T	A	M	K	K	I	G	L	D	D	E	E	K	L	D	L	F	R	V	V	A	G	V	L	H	L	G	N	I	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T				G	G	G		T	T				.	.	.	.	.	.	.	.																		T																				T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.									.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	T	S	V	T	D	F	V	A	Y	L	L	Q	V	D	A	S	L	L	V	K	C	L	V	E	R	I	M	Q	T	S	H	G	M	K	R	G	S	V	Y	H	V	P	L	N	P	V	Q	A	T	A	V	R	D	A	L	A	K	A	I	Y	N	N	L	F	D	W	I	V	D	R	V	N	V	S	L	Q	A	F
Query Conservation
Alig confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	S	T	Q	A	L	E	Y	C	A	E	L	L	G	L	D	Q	D	D	L	R	V	S	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	L	K	V	E	Q	A	N	N	A	R	D	A	L	A	K	T	V	Y	S	H	L	F	D	H	V	V	N	R	V	N	Q	C	F	P	F	E
Template Known Secondary structure		.												T	T										T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	A	D	K	S	I	G	I	L	D	I	Y	G	F	E	I	F	E	H	N	S	F	E	Q	I	C	I	N	Y	V	N	E	K	L	Q	Q	I	F	I	Q	L	T	L	K	A	E	Q	E	T	Y	E	R	E	K	I	K	W	T	P	I	K	Y	F	D	N	K	V	V	C	D	L	I	E	A	K	N	P	P	G
Query Conservation
Alig confidence				.																																																								.	.	.	.	.														.
Template Conservation				.																																																								.	.	.	.	.														.
Template Sequence		T	S	.	S	Y	F	I	G	V	L	D	I	A	G	F	E	Y	F	E	H	N	S	F	E	Q	F	C	I	N	Y	C	N	E	K	L	Q	Q	F	F	N	E	R	I	L	K	E	E	Q	E	L	Y	Q	K	E	G	L	G	Y	.	.	.	.	.	V	D	N	Q	D	C	I	D	L	I	E	A	R	.	L	V	G
Template Known Secondary structure				.	S															S	S	B																																		T				.	.	.	.	.													T	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure				.																																																								.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
		447	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.						.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.		.	.	.	510	.	.	.	.	.	.														.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	L	A	A	M	N	D	S	I	A	T	A	H	A	D	S	N	A	A	D	Q	A	F	A	Q	R	L	N	.	L	F	N	S	N	P	Y	F	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	N	K	F	V	I	K	H	Y	A	G	D	V	T	Y	D	I	N	G	I	T	D	K	N	K	D	Q
Query Conservation																														.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.														.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.
Template Sequence		I	L	D	I	L	D	E	E	N	R	L	.	.	.	.	P	Q	P	S	D	Q	H	F	T	S	A	V	H	Q	K	H	K	D	H	F	R	L	S	I	P	R	K	S	K	L	A	I	H	R	N	I	R	D	D	E	G	F	I	I	R	H	F	A	G	A	V	C	Y	E	T	T	Q	F	V	E	K	N	N	D	A
Template Known Secondary structure												S	.	.	.	.	S	S														T	T	T		T	T				G	G	G	S	S	S					T	S		G	G	G							T	T								T	T					T	B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.					.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	K	D	L	I	E	L	I	G	T	T	T	N	T	F	L	S	T	I	F	P	D	D	V	D	K	D	S	K	R	R	P	P	T	A	G	D	K	I	I	K	S	A	N	E	L	V	E	T	L	S	K	A	E	P	S	Y	I	R	T	I	K	P	N	Q	T	K	S	P	N	D	Y	D	D	H	Q	V	L	H
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	H	M	S	L	E	S	L	I	C	E	S	R	D	K	F	I	R	E	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	F	I	S	V	G	N	K	F	K	T	Q	L	N	L	L	L	D	K	L	R	S	T	G	A	S	F	I	R	C	I	K	P	N	L	K	M	T	S	H	H	F	E	G	A	Q	I	L	S
Template Known Secondary structure												T		S									.	.	.	.	.	.	.	.	.					B																		T	S												S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		601	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.										.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
		625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	K	Y	L	G	L	Q	E	N	V	R	I	R	R	A	G	F	A	Y	R	Q	T	F	E	K	F	V	E	R	F	Y	L	L	S	P	D	C	S	Y	A	G	D	Y	T	W	D	G	D	T	L	E	A	V	K	L	I	L	R	D	A	M	I	P	E	K	E	F	Q	L	G	V	T	S	V	F	I	K	T	P
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		Q	L	Q	C	S	G	M	V	S	V	L	D	L	M	Q	G	G	F	P	S	R	A	S	F	H	E	L	Y	N	M	Y	K	K	Y	M	P	D	K	L	A	R	L	.	.	.	.	.	.	D	P	R	L	F	C	K	A	L	F	K	A	L	G	L	N	E	I	D	Y	K	F	G	L	T	K	V	F	F	R	P	.
Template Known Secondary structure						T	T										T	S															G	G	G	S						T	S	.	.	.	.	.	.														T			T	T	T					S	S						T	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
		688	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.							730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
		705	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.						.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		E	S	L	F	A	L	E	D	M	R	D	K	Y	W	Y	N	M	A	A	R	I	Q	R	A	W	R	R	F	L	Q	R	R	.	.	.	.	.	I	D	A	A	I	K	I	Q	R	T	I	R	E	K	K	G	G
Query Conservation																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																									.									.	.	.	.	.
Template Conservation																									.
Template Sequence		G	K	F	A	E	F	D	Q	I	M	K	S	D	P	D	H	L	A	E	L	V	K	R	.	V	N	H	W	L	I	C	S	R	W	K	K	V	Q	W	C	S	L	S	V	I	K	L	K	N	K	I	K	Y	R
Template Known Secondary structure		T											S											T	.	T																													T
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		761	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.		.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.