Job Description O13559 Confidence 99.93% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 48 Aligned Residues 322 % Identity 18% Template c3dl8B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the complex of aquifex aeolicus secyeg and2 bacillus subtilis seca Resolution 7.50 Å

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		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	R	K	L	F	G	S	S	F	E	F	R	D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E	L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	N	C	M	I	R	L
Query Conservation
Alig confidence									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.
Template Conservation									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.
Template Sequence		A	S	R	R	V	T	G	.	.	M	F	P	F	K	V	.	Q	L	M	G	G	V	A	L	H	D	G	N	.	.	.	.	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	S	T	L	P	V	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	.	.	.	V	H	V	V	T	V	N	E	Y	L	A	S	R	D	A	E	Q	M
Template Known Secondary structure							S	S	.	.					S	T	.	T										S	S	.	.	.	.					S	S	S	S		T													T	T	S	S		.	.	.						S												T
Template Predicted Secondary structure									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.			.	80	.	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.					.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.				.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		441	.	.	.							.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.																																																																					.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.																																																																					.	.
Query Sequence		S	R	C	G	.	.	.	.	.	.	C	L	N	V	A	P	V	R	N	F	I	E	E	G	C	D	G	V	T	D	L	Y	V	G	I	Y	D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T	N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	.	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.																																																																					.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	I	F	E	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	M	S	K	D	E	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	L	Y	K	E	Q	M	.	.	.	.	.	.	V	Q	R	P	L	H	F	A	V	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D
Template Known Secondary structure								T	T					B			S	S			S	S								S	S																T	T	T		S		S				.	.	.	.	.	.												T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.							.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
																513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	T	N	L	D	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	Q	A	A	K	S	T	K	L	Y	V	Q	A	N	A	F	V	R	T	L	K	A	E	K	D	Y	T	Y	D	I	K	T	K	A	V	Q	L	T	E	E	G	M	T	K	A	E	K	A	F	G	I	D	N	L	F	D	V	K	H	V	A	L	N	H	H	I	N	Q	A	L	K
Template Known Secondary structure			S				B							S	S																		S		S	T	T				S	S	S															S	S				S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
																																																																					531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T	A	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	H	V	A	M	Q	K	D	V	D	Y	V	V	E	D	G	Q	V	V	I	V	D	S	F	T	G	R	L	M	K	G	R	R	Y	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	L	E	I	Q	N	E	S	M	T	L	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K
Template Known Secondary structure						S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B		T	T	T		S		B		S			S		T	T										S										B										T	T	S	S						S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E	D	L	S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A	L	F
Query Conservation
Alig confidence			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	.	.	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	Q	V	V	T	I	P	T	N	R	P	V	V	R	D	D	R	P	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	R	T	M	E	G	K	F	K	A	V	A	E	D	V	A
Template Known Secondary structure			.	.								T	T										S	S	T	T		S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	T
Template Predicted Secondary structure			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		376			.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		624	.	.	.	.	.	630		.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.		.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.				.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.																			.																																															.	.	.
Query SS confidence									.																			.																																															.	.	.
Query Sequence		E	I	E	P	E	S	K	.	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	.	R	K	Y	F	R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	.	.	.	K	Q	L	M
Query Conservation									.																			.																																															.	.	.
Alig confidence									.																			.																										.				.	.																.	.	.
Template Conservation																																																						.				.	.
Template Sequence		Q	R	Y	M	T	G	Q	P	V	L	V	G	T	V	A	V	E	T	S	E	L	I	S	K	L	L	K	N	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	Q	I	I	E	E	A	G	.	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	K
Template Known Secondary structure							T								S	S															T							S	S	S												S	S	.	S	S	S	.	.							T	T	T	S	S								S	S	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																						.				.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.		.	.	.			.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
							699	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.			.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																								.		.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																								.		.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	M	V	I	M	L	D	N	R	L	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R	L	R	D	.	G	.	.	G	L	C	Y	L	L	S	R	K	N	S
Query Conservation		.	.	.	.	.																								.		.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																								.		.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	G	G	L	A	V	V	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	I	T	Q	F	Y	L	S	M	E	D
Template Known Secondary structure		G	S	S	S						S	S			S	S										T	S		S	S	S											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.