Job Description O13559 Confidence 99.46% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 120 Aligned Residues 324 % Identity 21% Template c3dinB_ PDB info PDB header:membrane protein, protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: crystal structure of the protein-translocation complex formed by the2 secy channel and the seca atpase Resolution 4.50 Å

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		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.
Query Sequence		A	G	R	K	L	F	G	S	S	F	E	F	R	D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E	L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	.	.	.	N	C	M
Query Conservation																																																																												.	.	.
Alig confidence									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.													.	.	.
Template Conservation									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.
Template Sequence		A	A	R	R	T	L	G	.	.	M	R	P	F	D	V	.	Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	K	.	.	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	G	K	G	.	.	.	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M
Template Known Secondary structure									.	.					S	T	.	T										S	S	.	.	.	.					S	S	S	S															T	T	S	S		.	.	.						S												T
Template Predicted Secondary structure									.	.							.													.	.	.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		67	.	.	70	.	.	.			.	.	.	.	.	.		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.					.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	L	S	R	C	G	C	L	N	V	A	P	V	R	N	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	G	C	D	G	V	T	D
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	V	Y	L	F	L	G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	C	D
Template Known Secondary structure								T	T								S	S							S		T	T	T	T															S	S		S	S	S				S										G	G	G														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	V	G	I	Y	D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T	N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	T	N	L	D
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D	Y	N	D	K	.	.	.	.	.	.	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V
Template Known Secondary structure																	S	S	S		S		T	T			.	.	.	.	.	.		S	S									T					T	T			S											T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.							.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		529	530
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P
Template Known Secondary structure		T	S		S		S				S	S	S					S										S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B			T	T		S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
																																							531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T	A	P	E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.													.
Template Conservation																																																					.	.													.
Template Sequence		G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	K	E	E	S	I	T	Y	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	.	.	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	.	V	V	V	I	P	T	H	K	P	M	I	R	K	D
Template Known Secondary structure		S			S	S	S	S									S	S														T	T	T	T	T	G	G	G	S	S						S			S			.	.								T	S				.							S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.													.
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.			.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.		.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.		.	650	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.
Query SS confidence																																																																													.
Query Sequence		D	L	S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A	L	F	E	I	E	P	E	S	K	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	.	R	K	Y	F
Query Conservation																																																																													.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	D	D	L	V	F	R	T	Q	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E	I	E	K	R	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	G	I
Template Known Secondary structure									S	S	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								S	S														T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.									.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.
Query Sequence		R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	M	M	V	I	M	L	D	N	R	L	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R	L	R	D	.	G	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.
Alig confidence										.												.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.
Template Conservation										.												.	.
Template Sequence		P	H	Q	V	L	N	A	K	.	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	.	.	A	G	Q	K	G	M	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	C	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D
Template Known Secondary structure							S	S	S	.												.	.	S	S	S	S	S							G	G	G	S	S	S							S	S	G	G	G	S	S	S						S	S			S	S										T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure										.												.	.
Template SS confidence
		500	.	.	.	.	.	.	.		.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.			.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
			723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	G	L	C	Y	L	L	S	R	K	N	S	W
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	E	S	I	F	F	L	S	L	E	D	D
Template Known Secondary structure											T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.