Job Description O13559 Confidence 99.31% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 127 Aligned Residues 345 % Identity 23% Template c2ipcB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: crystal structure of the translocation atpase seca from thermus2 thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.
Query Sequence		A	G	R	K	L	F	G	S	S	F	E	F	R	D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E	L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	.	.	.	N	C	M
Query Conservation																																																																												.	.	.
Alig confidence										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.													.	.	.
Template Conservation										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.
Template Sequence		S	A	K	R	Y	L	G	M	.	R	H	F	.	.	.	.	D	V	Q	L	I	G	G	A	V	L	H	E	G	K	.	.	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	V	A	T	L	A	V	A	L	N	A	L	T	G	K	G	.	.	.	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	E	W	M
Template Known Secondary structure							T			.				.	.	.	.												T	T	S	.	.						S	T																T	T		S		.	.	.						S	S
Template Predicted Secondary structure										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.		.	80	.					.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.			.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.				.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.				.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																																																		.	.
Query SS confidence																												.	.	.																																																		.	.
Query Sequence		I	R	L	S	R	C	G	C	L	N	V	A	P	V	R	N	F	I	E	E	G	C	D	G	V	T	.	.	.	D	L	Y	V	G	I	Y	D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T	N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	.	.
Query Conservation																												.	.	.																																																		.	.
Alig confidence																												.	.	.												.	.	.																																				.	.
Template Conservation																																										.	.	.
Template Sequence		G	P	V	Y	R	G	L	G	L	S	V	G	V	I	Q	H	A	S	T	P	A	E	R	R	K	A	Y	L	A	D	V	T	Y	V	T	N	S	E	L	G	.	.	.	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	I	S	P	D	Q	L	V	L	R	H	D	H	P	L	H	Y	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D
Template Known Secondary structure							T	T	T								T	T											T	S	S											.	.	.							T	T		S	S	T	T	T			S		S	S	S	S	S						T	T					T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180				.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
																513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.															530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	T	N	L	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T	A	P	E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	K	A	T	D	L	Y	Y	K	M	A	E	I	A	K	K	L	E	R	G	L	P	A	E	P	G	V	R	K	E	P	T	G	D	Y	T	V	E	E	K	N	R	S	V	H	L	T	L	Q	G	I	A	K	A	E	K	L	L	G	I	E	G	L	F	S	P	E	N
Template Known Secondary structure		S	T	T	S							S		S	S															S								S	S	S				S	S						T	T	S																			S						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	E	L	A	H	M	L	I	Q	A	I	R	A	K	E	L	Y	H	R	D	R	D	Y	I	V	Q	D	G	Q	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	M	P	G	R	R	Y	G	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	R	I	E	R	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	Y	Q	N	F	F	R	L
Template Known Secondary structure																		S										S	S							T	T	T	T				T	T				G	G	G									T	T						S														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
							555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E	D	L	S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A	L	F	E	I	E	P	E	S
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	K	R	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	K	E	F	Q	E	I	Y	G	M	D	V	V	V	V	P	T	N	R	P	V	I	R	K	D	F	P	D	V	V	Y	R	T	E	K	G	K	F	Y	A	V	V	E	E	I	A	E	K	Y	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q
Template Known Secondary structure		S	S							S	S		G	G	G																		S	S													S	S																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.														.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	R	L	S	Q	M	L	K	E	P	R	L	Y	L	P	R	L	E	M	R	L	E	L	F	K	K	A	S	Q	K	Q	Q	G	P	E	W	E	R	L	R	K	L	L	E	R	P	A	Q	L	K	D	E	D	L	A	P	F	E	G	L	I	P	P	K	G	N	L	R
Template Known Secondary structure								S	S													S	S	T	T	S																T	T			S										T	S	S	S	T	T		S					S	G	G	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
																			650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	F	R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.												.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.												.	.
Template Sequence		T	A	W	E	G	L	K	R	A	V	H	T	L	A	V	L	R	Q	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	.	H	H	A	R	E	A	E	I	V	A	Q	.	.	A	G	R	S	K	T	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	G	N	P	E	Y	L	A	A	A	L	L	E	K	E	G
Template Known Secondary structure																			T									S	S	.	S										T	.	.	T	T	S	T	T							S	S	T	T	T	T					S	S								T	T	T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																														.												.	.
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.		.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.			.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
																																																												697	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	M	V	I	M	L	D	N	R	L	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	D	R	Y	E	W	K	V	E	L	F	I	K	K	M	V	A	G	K	E	E	E	A	R	A	L	A	Q	E	L	G	I	R	E	E	L	L	E	R	I	R	E	I	R	E	E	C	K	Q	D	E	E	R	V	R	A	L	G	G	L	F	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R
Template Known Secondary structure		S	T	T	T														T												T	T																								T	T	T								S	S			S	S										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
		719	720	.		.			.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.		.	.
Query SS confidence					.		.	.
Query Sequence		L	R	D	.	G	.	.	G	L	C	Y	L	L	S	R	K	N	S	W
Query Conservation					.		.	.
Alig confidence					.		.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	R	Q	G	D	P	G	G	S	R	F	Y	V	S	F	D	D	D
Template Known Secondary structure		S	S		S	S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700