Job Description O13559 Confidence 99.93% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 47 Aligned Residues 348 % Identity 20% Template c2d7dA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein b; PDBTitle: structural insights into the cryptic dna dependent atp-ase2 activity of uvrb Resolution 2.10 Å

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		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure																.	.	.
Query SS confidence																.	.	.
Query Sequence		D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	.	.	.	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E	L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	N	C	M	I	R	L	S	R	C	G	C	L	N	V	A	P
Query Conservation																.	.	.
Alig confidence																.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	D	Q	P	K	A	I	E	K	L	V	K	G	I	Q	E	G	K	K	H	Q	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	F	T	V	S	N	L	I	K	E	V	.	.	.	.	.	.	N	K	P	T	L	V	I	A	H	N	K	T	L	A	G	Q	L	Y	S	E	F	K	E	F	F	P	N	N	A	V	E
Template Known Secondary structure			T	T														T	T		S								T	T	S														.	.	.	.	.	.									S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.							.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		451																																				.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	F	I	E	E	G	C	D	G	V	T	D	L	Y	V	G	I	Y	D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	Q	T	D	T	F	I	E	K	D	A	S	I	N	D	E	I	D	K	L	R	H	S	A	T	S	A	L	F	E	R	R	D	V	I	I	I	A	S	V	S	C	I	Y	G	L	G	S	P	E	E	Y	R	E	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	T	T	T	T																												S								G	G	G	G	S		B										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	T	N	L	D	F	D	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T	A	P	E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E	D	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	V	V	S	L	R	T	E	M	E	I	E	.	.	.	.	.	.	R	N	E	L	L	R	K	L	V	D	I	Q	Y	A	R	N	D	I	D	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	D	V	V	E	I	F	P	A	S	R	D	E	H	C	V	R	V	E	F	F	G	D	E	I	E	R	I	R	E	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.						T	T		B			.	.	.	.	.	.											T	T					S	S	S			T	T						T	T							T	T		S	S								S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.							.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A	L	F	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	L	T	G	E	I	L	G	D	R	D	H	V	A	I	F	P	A	S	H	F	V	T	R	A	E	K	M	E	K	A	I	Q	N	I	E	K	E	L	E	E	Q	L	K	V	M	H	E	N	G	K	L	L	E	A	Q	R	L	E	Q	R	T	R	Y	D	L	E	M	M	R	E	M	G	F	C	S	G	I	E
Template Known Secondary structure			T	T	T								S							S	S	S	S																												T	T																							S			T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	S	R	H	L	T	L	R	P	P	G	S	T	P	Y	T	L	L	D	Y	F	P	D	D	F	M	I	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	V	R	G	M	F	N	G	D	Q	A	R	K	Q	V	L	V	D	H	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	E	K	H	M	H
Template Known Secondary structure		G	G					T	T			T	T				B		G	G	G	G	S		S	S							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S											T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
																																																								625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	P	E	S	K	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	.	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation
Template Sequence		N	I	V	Y	V	S	A	T	P	G	P	Y	E	I	E	H	T	D	E	M	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	I	D	V	R	P	I	E	G	Q	I	D	D	L	I	G	E	I	Q	A	R	I	E	R	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	K	M	S	E	D	L	T	D	Y	L	K	E
Template Known Secondary structure								S	S										S	S								T	T												S	T	T														T	T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.						.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.		720	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.													.				.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.													.				.
Query Sequence		K	Y	F	R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	K	Q	L	M	M	V	I	M	L	D	N	R	L	.	.	.	.	.	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R	L	.	R	D	G	.
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.													.				.
Alig confidence																										.																																		.	.	.	.	.													.				.
Template Conservation																										.
Template Sequence		I	G	I	K	V	N	Y	L	H	S	E	I	K	T	L	E	R	I	E	I	I	R	D	L	.	R	L	G	K	Y	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	E
Template Known Secondary structure		T	T								T	T														.			T	S		S					S				S	T	T				T	T							T	T	T	T			T	T	T	T	S										T	T	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.		.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
		723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	C	Y	L	L	S	R	K	N	S	W	A	A	R	N	R	K	G	E	L	P	P	I	K	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	R	V	I	M	Y	A	D	K	I	T	K	S	M	E	I	A	I	N	E	T	K	R	R	R	E
Template Known Secondary structure									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.