Job Description O13559 Confidence 99.48% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 115 Aligned Residues 323 % Identity 20% Template c1nl3B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca 1 subunit; PDBTitle: crystal structure of the seca protein translocation atpase2 from mycobacterium tuberculosis in apo form Resolution 2.80 Å

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		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.
Query Sequence		A	G	R	K	L	F	G	S	S	F	E	F	R	D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E	L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	.	.	.	N	C	M
Query Conservation																																																																												.	.	.
Alig confidence										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.													.	.	.
Template Conservation										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.
Template Sequence		A	A	W	R	V	L	D	Q	.	R	P	F	.	.	.	.	D	V	Q	V	M	G	A	A	A	L	H	L	G	N	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	C	V	L	P	A	Y	L	N	A	L	A	G	N	G	.	.	.	V	H	I	V	T	V	N	D	Y	L	A	K	R	D	S	E	W	M
Template Known Secondary structure								S		.				.	.	.	.												T	T		.	.						T	T	S						T									T	T	S	S		.	.	.						S	S
Template Predicted Secondary structure										.				.	.	.	.															.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80		.	.	.					.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.			.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.				.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.				.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																																																		.	.
Query SS confidence																												.	.	.																																																		.	.
Query Sequence		I	R	L	S	R	C	G	C	L	N	V	A	P	V	R	N	F	I	E	E	G	C	D	G	V	T	.	.	.	D	L	Y	V	G	I	Y	D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T	N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	.	.
Query Conservation																												.	.	.																																																		.	.
Alig confidence																												.	.	.																											.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	V	H	R	F	L	G	L	Q	V	G	V	I	L	A	T	M	T	P	D	E	R	R	V	A	Y	N	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	H	S	L	D	D	L	.	.	.	.	.	.	V	Q	R	G	H	H	Y	A	I	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D
Template Known Secondary structure								T	T								T	T												S	S																	T	T		S	S	T	T	T		.	.	.	.	.	.											T	T						T	G
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.							.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
																513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	T	N	L	D	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	D	G	A	S	N	W	Y	T	E	F	A	R	L	A	P	L	M	E	K	D	V	H	Y	E	V	D	L	R	K	R	T	V	G	V	H	E	K	G	V	E	F	V	E	D	Q	L	G	I	D	N	L	Y	E	A	A	N	S	P	L	V	S	Y	L	N	N	A	L	K
Template Known Secondary structure		G	G	G	S										S												G	G	G	S		B	T	T	T					T	T	T	T																T	T		S		T	T		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
																																																																					531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T	A	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	E	L	F	S	R	D	K	D	Y	I	V	R	D	G	E	V	L	I	V	D	E	F	T	G	R	V	L	I	G	R	R	Y	N	E	G	M	H	Q	A	I	E	A	K	E	H	V	E	I	K	A	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	L	Q	N	Y	F	R	L	Y	D	K	L	A	G	M	T	G	T	A	Q
Template Known Secondary structure								B	T	T	T				S	S	S					B		S	S	S			B		T	T				S	T	T									T	T																				T	T		S							S			G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E	D	L	S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A	L	F
Query Conservation
Alig confidence			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	.	.	E	A	A	E	L	H	E	I	Y	K	L	G	V	V	S	I	P	T	N	M	P	M	I	R	E	D	Q	S	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	K	T	E	E	A	K	Y	I	A	V	V	D	D	V	A
Template Known Secondary structure		G	.	.	G																		S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		377			.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		624		.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.		.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																									.																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.																									.																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	.	I	E	P	E	S	K	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	.	R	K	Y	F	R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	K	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.																									.																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																									.																				.					.	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.					.	.
Template Sequence		E	R	Y	A	K	G	Q	P	V	L	I	G	T	T	S	V	E	R	S	E	Y	L	S	R	Q	F	T	K	R	R	I	P	H	N	V	L	N	A	K	Y	H	E	Q	E	A	T	.	I	I	A	V	.	.	A	G	R	R	G	G	V	T	V	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	N	V	D
Template Known Secondary structure							T								S														T	T	T								S	S	S							.				T	.	.	T	T	S	T	T							T	T		S	T	T	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.					.	.
Template SS confidence
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.			.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
																																																696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	M	M	V	I	M	L	D	N	R	L	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R	L	R	D	.	G	.	.	G	L	C	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.		.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	T	D	Q	R	L	R	E	R	G	L	D	P	V	E	T	P	E	E	Y	E	A	A	W	H	S	E	L	P	I	V	K	E	E	A	S	K	E	A	K	E	V	I	E	A	G	G	L	Y	V	L	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	R
Template Known Secondary structure											T	T			T	T	T	S																													T	T	S						S	S			S	S									T	T	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
		727	.	.	730	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	S	R	K	N	S	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	Y	L	S	L	G	D	E
Template Known Secondary structure						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		582	.	.	.	.	.	.	.