Job Description O13559 Confidence 100.00% Date Mon Jul 2 19:10:15 BST 2012 Rank 6 Aligned Residues 355 % Identity 19% Template c1gl9B_ PDB info PDB header:topoisomerase Chain: B: PDB Molecule:reverse gyrase; PDBTitle: archaeoglobus fulgidus reverse gyrase complexed with adpnp Resolution 3.2 Å

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		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.								.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	S	S	D	H	H	Q	K	I	S	R	V	T	R	K	R	P	R	E	P	K	S	T	N	D	I	L	V	A	G	.	.	.	.	.	.	.	R	K	L	F	G	S	S	F	E	F	R	D	L	H	Q	L	R	L	C	H	E	I	Y	M	A	D	T	P	S	V	A	V	Q	A	P	P	G	Y	G	K	T	E
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.													.	.
Template Sequence		P	V	V	Y	P	V	C	G	G	L	E	S	K	E	I	E	K	H	K	R	S	L	C	L	F	P	E	D	F	L	L	K	E	F	V	E	F	F	R	K	C	V	G	E	P	R	A	I	.	.	.	.	Q	K	M	W	A	K	R	I	L	R	K	E	.	.	S	F	A	A	T	A	P	T	G	V	G	K	T	S
Template Known Secondary structure													S										S	S			T	T															T		S					.	.	.	.										T	T		.	.								B	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50					.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.			.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.													.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.			.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		L	F	H	L	P	L	I	A	L	A	S	K	G	D	V	K	Y	V	S	F	L	F	V	P	Y	T	V	L	L	A	N	C	M	I	R	L	S	R	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	C	L	N	V	A	P	V	R	N	F	I	E	E	G	C	D	G	.	.	V	T	D	L	Y	V	G	I	Y
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence																	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																	.	.	.
Template Sequence		F	G	L	A	M	S	L	F	L	A	L	K	G	K	R	.	.	.	C	Y	V	I	F	P	T	S	L	L	V	I	Q	A	A	E	T	I	R	K	Y	A	E	K	A	G	V	G	T	E	N	L	I	G	Y	Y	H	G	R	I	P	K	R	E	K	E	N	F	M	Q	N	L	R	N	F	K	I	V	I	T	T	T
Template Known Secondary structure												T	T	T			.	.	.						S	S																T	T	T					T	T	T						S												T	T	T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.				.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.										.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	L	A	S	T	N	F	T	D	R	I	A	A	W	E	N	I	V	E	C	T	F	R	T	N	N	V	K	L	G	Y	L	I	V	D	E	F	H	N	F	E	T	E	V	Y	R	Q	S	Q	F	G	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	L	D	F	D	A	F	E	K	A	I	F	L	S	G	T
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	F	L	S	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	E	L	G	H	F	D	F	I	F	V	D	D	V	D	A	I	L	K	A	S	K	N	V	D	K	L	L	H	L	L	G	F	H	Y	D	L	K	T	K	S	W	V	G	E	A	R	G	C	L	M	V	S	T	A	T
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S				S					S		S					T	S												T				B	T	T	T	T	B							S							B	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.																		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	E	A	V	A	D	A	A	L	Q	R	I	G	L	T	G	L	A	K	K	S	M	D	I	N	E	L	K	R	S	E	D	L	S	R	G	L	S	S	Y	P	T	R	M	F	N	L	I	K	E	K	S	E	V	P	L	G	H	V	H	K	I	W	K	K	V	E	S	Q	P	E	E	A	L	K	L	L	L	A
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	K	G	K	K	A	E	L	F	R	Q	L	L	N	F	D	I	G	S	S	R	I	T	V	R	N	V	E	D	V	A	V	N	D	E	S	I	S	T	L	S	S	I	L	E	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S				T	T	T								S					B	S													S				T	T	T	T					T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.					.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.													.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.													.
Query Sequence		L	F	E	I	E	P	E	S	K	A	I	V	V	A	S	T	T	N	E	V	E	E	L	A	C	S	W	R	K	Y	F	R	V	V	W	I	H	G	K	L	G	A	A	E	K	V	S	R	T	K	E	F	V	T	D	G	S	M	R	V	L	I	G	.	.	.	.	T	K	L	V	T	E	G	I	D	I	K	Q	.
Query Conservation																																																																	.	.	.	.													.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																		.											.	.	.	.													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	G	T	G	G	I	I	Y	A	R	T	G	E	E	A	E	E	I	Y	E	S	L	K	N	K	.	.	.	.	.	F	R	I	G	I	V	T	A	T	K	K	G	D	Y	E	K	F	.	V	E	G	E	I	D	H	L	I	G	T	A	H	Y	Y	G	T	L	V	R	G	L	D	L	P	E	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.		S							S	S									T	T	S	S	S	S	.	.	.	.	.	S				B		S	S	S									.		T	T	S		S												T	G	G	G	T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
								275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.						.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		697	.	.	700	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	M	M	V	I	M	L	D	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	R	F	A	V	F	V	G	C	P	S	F	R	V	T	I	E	D	I	D	S	L	S	P	Q	M	V	K	L	L	A	Y	L	Y	R	N	V	D	E	I	E	R	L	L	P	A	V	E	R	H	I	D	E	V	R	E	I	L	K	K	V	M	G	K	E	R	P	Q	A	K	D	V	V	V	R	E	G	E	V	I
Template Known Secondary structure									S								T	T	T		S	S	S		G	G	G						S	S			T	T	T	T					S	S		S	T	T		S										S	S	S	S						S	S	S	B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
			707	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.				.	.			.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																.	.	.			.	.
Query SS confidence		.																.	.	.			.	.
Query Sequence		.	L	N	I	I	E	L	I	Q	G	V	G	R	L	R	D	.	.	.	G	G	.	.	L	C	Y	L	L	S	R	K	N	S	W	A	A	R	N	R	K	G	E	L	P	P	I	K	E	G	C	I	T	E	Q	V	R
Query Conservation		.																.	.	.			.	.
Alig confidence		.																.	.	.			.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	P	D	L	R	T	Y	I	Q	G	S	G	R	T	S	R	L	F	A	G	G	L	T	K	G	A	S	F	L	L	E	D	D	S	E	L	L	S	A	F	I	E	R	A	K	L	Y	D	I	E	F	K	S	I	D	E
Template Known Secondary structure														T	T					T	T												S														T	T	S	S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.